9ibp

VCA0144 from Vibrio cholerae

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 99.7 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9ibp
沉积日期 deposition_date	2025-02-13
最后修订 last_revision	2025-12-24
结构标题 title	VCA0144 from Vibrio cholerae
关键词 keywords	TAXI TRAP secreted, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.01 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.22 Å
零角强度 I(0) i0	74131800.00
分子量 molecular_weight	67774.0 kDa
排除体积 excluded_volume	84773 Å³
包络体积 envelope_volume	102370 Å³
水化壳体积 shell_volume	30376 Å³
包络直径 envelope_diameter	99.6 Å
壳层 Rg shell_rg	35.23 Å
包络 Rg envelope_rg	29.20 Å
形状 Rg shape_rg	29.20 Å
总 Rg total_rg	29.86 Å
总原子数 total_atoms	4763
残基数 n_residues	619
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	99.7 Å
Rg (实空间) rg_real	30.13 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.74 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.4130e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0570e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.08 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	74130000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8712
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	28.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.409
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.485
角度范围 angular_range	— – 0.2650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	35680000.0000
实空间数据点数 n_real_points	54
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.853; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.894; Smooth: 0.869

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Immunogenic protein
分子量 formula_weight	34998.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	5316

TLLAAITSFGLIGGAYAAEERSYILATASTGGTYYPVGVALATLTKVKLTPSYHFSLSAISSAGSGENVKLMNDNEAQFAILQGLYGAWAWAGEGPYAERQNQLRSVSMLWQNVEHFIVRSDLAPTGTIADLASMKGKKFSIGSKNSGTEFSGRQIMKGVGVDPDTFNLAYLGYGGSASALQNGTIDGMNTPAGVPVGAVTQAFAAMGNDIKILSFTDEQIKQANGNYNLWTKFDIPANTYPGVDKTITTIAQPNFLAVRTDISEEDVYQLTKAMYENLAFLQGIHKATKDMAIEKAIEGLPMPLHAGAARYYQEVGIKIPAHLMPQ

来源 Source

来源生物 organism	Vibrio cholerae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	666
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	479

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	123.400 Å
晶胞边长 b length_b	123.400 Å
晶胞边长 c length_c	226.085 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	36

空间群 space_group	H 3 2
空间群编号 int_tables_number	155
晶系 crystal_system	trigonal

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	48.310 Å
R 因子 r_factor	0.1522
R_work r_work	0.1512
R_free r_free	0.1822

fit	/app/data/saxs_computation/ib/9ibp/9ibp.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ib/9ibp/9ibp.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ib/9ibp/9ibp.dat

VCA0144 from Vibrio cholerae

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction