9ifw

FSP1 (tetrapod ancestor) bound to FAD and NAD+ and compound 4

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 93.7 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9ifw
沉积日期 deposition_date	2025-02-18
最后修订 last_revision	2026-03-04
结构标题 title	FSP1 (tetrapod ancestor) bound to FAD and NAD+ and compound 4
关键词 keywords	Flavin, NAD, coenzyme Q, ferroptosis, myristoylation, inhibitor discovery, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.76 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.18 Å
零角强度 I(0) i0	213699000.00
分子量 molecular_weight	77036.0 kDa
排除体积 excluded_volume	74047 Å³
包络体积 envelope_volume	124160 Å³
水化壳体积 shell_volume	35197 Å³
包络直径 envelope_diameter	95.2 Å
壳层 Rg shell_rg	36.61 Å
包络 Rg envelope_rg	29.08 Å
形状 Rg shape_rg	29.22 Å
总 Rg total_rg	29.61 Å
总原子数 total_atoms	5803
残基数 n_residues	728
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	93.7 Å
Rg (实空间) rg_real	29.70 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.51 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.1370e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.1690e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.73 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	213700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9086
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	33.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.211
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.630
角度范围 angular_range	— – 0.2650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	48270000.0000
实空间数据点数 n_real_points	54
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.953; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.955

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (10)

Entity 1 polymer

描述 description	FSP1 (Tetrapod ancestor)
分子量 formula_weight	39810.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	6112

SVDDSVHVVIVGGGFGGIAAASQLKSWGVPFVLVDMKDAFHHNVAALRASVESGFAKKTFIPYAATFGDSFKQGKVVGIDLEKQHVLLEDGEELHFSHLILATGSDGPFPGKFNQPVSMETAIQMYEDMVKEVQKAQRIVVVGGGSAGVEMAAEIKTDYPDKEVTLIHSKIALADVELLPSVRQGVKEILLQKGVQLLLGQRVSNLQELTLNQVQENMKVKTDKGTEITADLVICCTGIKVNSSAYSSAFGDKLAENGALKVNEHLQVEGYDNVYAIGDCADVKEPKMAYHAGLHANVAVTNIINSLTNKPLKSYKPGSLTMLLSMGRNDGVGQLNGYYVGRFVVRIAKSRDLFVGKSWKEMGQTMPH

来源 Source

来源生物 organism	Mammalia
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	40674
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

Entity 2 non-polymer

描述 description	FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	785.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	663.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	[3-[4-(methylsulfanylmethyl)-1,2,3-triazol-1-yl]phenyl]-[4-(5-phenyl-4~{H}-1,2,4-triazol-3-yl)piperidin-1-yl]methanone
分子量 formula_weight	459.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	IMIDAZOLE
分子量 formula_weight	69.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 8 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 9 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 10 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	273

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	43.660 Å
晶胞边长 b length_b	79.510 Å
晶胞边长 c length_c	112.785 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	98.79 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.740 Å
最低分辨率 resolution_low	42.520 Å
R 因子 r_factor	0.2071
R_work r_work	0.2049
R_free r_free	0.2483

fit	/app/data/saxs_computation/if/9ifw/9ifw.fit
pddf	/app/data/pr_computation/if/9ifw/9ifw.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/if/9ifw/9ifw.dat