9ig3

Fe/alpha-KG-Dependent Decarboxylase TraH in complexes with Mn2+, alpha-KG, and Substrate

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 90.3 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9ig3
沉积日期 deposition_date	2025-02-19
结构标题 title	Fe/alpha-KG-Dependent Decarboxylase TraH in complexes with Mn2+, alpha-KG, and Substrate
关键词 keywords	Fe/alpha-KG-Dependent Decarboxylase, Complex, Alpha-Ketoglutarate, Substrate, Metal Binding, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	26.94 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	26.16 Å
零角强度 I(0) i0	136100000.00
分子量 molecular_weight	62381.0 kDa
排除体积 excluded_volume	60694 Å³
包络体积 envelope_volume	101730 Å³
水化壳体积 shell_volume	32284 Å³
包络直径 envelope_diameter	92.4 Å
壳层 Rg shell_rg	33.68 Å
包络 Rg envelope_rg	26.01 Å
形状 Rg shape_rg	26.15 Å
总 Rg total_rg	26.75 Å
总原子数 total_atoms	4738
残基数 n_residues	591
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	90.3 Å
Rg (实空间) rg_real	26.90 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.69 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3610e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.9180e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	26.91 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	136100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8846
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	32.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.309
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.382
角度范围 angular_range	— – 0.2950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	22550000.0000
实空间数据点数 n_real_points	60
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.846; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.976; Smooth: 0.983

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	2-oxoglutarate-dependent dioxygenase traH
分子量 formula_weight	37546.3 kDa
EC 编号 ec_number	1.14.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	4738

MSVDAAVVKNEDKYIPTIDLRDYFDAYSEEKRAKVIEQVRKACLEHGFFQVEGHGVPVESQRRMFAACKALFDLPLEKKRRISLYKYSWRRGYEGPGEQQANDPHHGDFERDAKEGFFVGKELPLDQVDFGKGPNVWPPDLAENDFHRPVMEYYEHARKVGFKVMELLAVSLGHPPSILKDFTTDAAMFLKLLRYPAHTWTDTRKFGSGQHTDYGGITILLQDPGQDGLEVWHEATQQWVELPALEDKFVINLGDMVQRWTGGKYKSTLHRVINKTGGERYAVPAFWHGDLDAKNPLDPNDTSDETVLEFIKKKFYKGYGLTDDTSL

来源 Source

来源生物 organism	Penicillium crustosum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	36656
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	2-OXOGLUTARIC ACID
分子量 formula_weight	146.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	methyl 2-[(2~{S})-3-oxidanyl-4-[(4~{S})-4-oxidanylhexanoyl]-5-oxidanylidene-2~{H}-furan-2-yl]ethanoate
分子量 formula_weight	286.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	76.350 Å
晶胞边长 b length_b	76.350 Å
晶胞边长 c length_c	223.350 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	tetragonal

分辨率 resolution	2.890 Å
最低分辨率 resolution_low	33.970 Å
R 因子 r_factor	0.2426
R_work r_work	0.2399
R_free r_free	0.2928

fit	/app/data/saxs_computation/ig/9ig3/9ig3.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ig/9ig3/9ig3.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ig/9ig3/9ig3.dat

Fe/alpha-KG-Dependent Decarboxylase TraH in complexes with Mn2+, alpha-KG, and Substrate

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction