9ig7

KOD-H4 DNA polymerase mutant in a binary complex with DNA:DNA containing two AtNA nucleotides

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 93.5 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9ig7
沉积日期 deposition_date	2025-02-19
最后修订 last_revision	2026-03-04
结构标题 title	KOD-H4 DNA polymerase mutant in a binary complex with DNA:DNA containing two AtNA nucleotides
关键词 keywords	Polymerase, AtNA, modified nucleotides, Reverse transcriptase, TRANSFERASE, DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.63 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.93 Å
零角强度 I(0) i0	160232000.00
分子量 molecular_weight	97462.0 kDa
排除体积 excluded_volume	120740 Å³
包络体积 envelope_volume	153470 Å³
水化壳体积 shell_volume	41749 Å³
包络直径 envelope_diameter	96.1 Å
壳层 Rg shell_rg	37.97 Å
包络 Rg envelope_rg	29.64 Å
形状 Rg shape_rg	29.93 Å
总 Rg total_rg	30.63 Å
总原子数 total_atoms	6839
残基数 n_residues	783
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	93.5 Å
Rg (实空间) rg_real	30.46 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.52 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.6020e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.4040e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.54 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	160200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9077
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	37.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.124
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.566
角度范围 angular_range	— – 0.2600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	28440000.0000
实空间数据点数 n_real_points	53
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.956; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.992; Smooth: 0.936

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (11)

Entity 1 polymer

描述 description	DNA polymerase
分子量 formula_weight	89976.5 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.7
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	7003

MILDTDYITEDGKPVIRIFKKENGEFKIEYDRTFEPYFYALLKDDSAIEEVKKITAERHGTVVTVKRVEKVQKKFLGRPVEVWKLYFTHPQDQPAIRDKIREHPAVIDIYEYDTPFAKRYLIDKGLVPMEGDEELKMLAFAIATLYHEGEEFAEGPILMISYADEEGARVITWKNVDLPYVDVVSTEREMIKRFLRVVKEKDPDVLITYNGDNFDFAYLKKRCEKLGINFALGRDGSEPKIQRMGDRFAVEVKGRIHFDLYPVIRRTINLPTYTLEAVYEAVFGQPKEKVYAEEITTAWETGENLERVARYSMEDAKVTYELGKEFLPMEAQLSRLIGQSLWDVSRSSTGNLVEWFLLRKAYERNELAPNKPDEKELARRRQKYEGGYVKEPERGLWENIVYLDFRSLYPSIIITHNVSPDTLNREGCGEYDVAPQVGHRFCKDLPGFIPSLLGDLLEERQKIKKKMKATIDPIERKLLDYRQRLIKILANSVYGHMGFENARWYCKECAESVTAWGREYLTMTIKEIEEKYGFKVIYSDTDGFFATIPGADAETVKKKAMEFLKYINAKLPGALELEYEGFYKRGFFVTKKKYAVIDEEGKITTRGLEIVRRDWSEIAKETQARVLEALLKDGDVEKAVRIVKEVTEKLSKYEVPPEKLVIHKQITRDLKDYKATGPHVAVAKRLAARGVKIRPGTVISYIVLKGSGRIGDRAIPFDEFDPTKHRYDAEYYIEKQVLPAVERILRAFGYRKEDLRYQKTRQVGLSAWLKPKGT

来源 Source

来源生物 organism	Thermococcus kodakarensis KOD1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	69014
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(GPAPCPCPAPCPGPGPCPCPAPCP*A)-3') ;
分子量 formula_weight	3930.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	P

GACCACGGCCACA

Entity 3 polymer

描述 description	;DNA/RNA (5'-D(APAPC)-R(P(A6U)P(A6G))-D(PTPGPGPCPCPGPTPGPGPTPC)-3') ;
分子量 formula_weight	4976.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	T

AACXXTGGCCGTGGTC

Entity 4 non-polymer

描述 description	IMIDAZOLE
分子量 formula_weight	69.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 6 non-polymer

描述 description	FORMIC ACID
分子量 formula_weight	46.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 non-polymer

描述 description	2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	195.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 9 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 10 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 11 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	140

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	111.472 Å
晶胞边长 b length_b	153.471 Å
晶胞边长 c length_c	69.030 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.600 Å
最低分辨率 resolution_low	43.370 Å
R 因子 r_factor	0.2005
R_work r_work	0.1988
R_free r_free	0.2586

fit	/app/data/saxs_computation/ig/9ig7/9ig7.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ig/9ig7/9ig7.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ig/9ig7/9ig7.dat

KOD-H4 DNA polymerase mutant in a binary complex with DNA:DNA containing two AtNA nucleotides

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (11)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 non-polymer

Entity 9 non-polymer

Entity 10 non-polymer

Entity 11 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)