9igq

Crystal structure of PPK2 class III from Erysipelotrichaceae bacterium in complex with AppCH2p and polyphosphate

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 99.1 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9igq
沉积日期 deposition_date	2025-02-20
结构标题 title	Crystal structure of PPK2 class III from Erysipelotrichaceae bacterium in complex with AppCH2p and polyphosphate
关键词 keywords	Polyphosphate Kinase, PPK2-III, NTP, EbPPK, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	32.76 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.75 Å
零角强度 I(0) i0	350246000.00
分子量 molecular_weight	144330.0 kDa
排除体积 excluded_volume	177550 Å³
包络体积 envelope_volume	220700 Å³
水化壳体积 shell_volume	55094 Å³
包络直径 envelope_diameter	110.2 Å
壳层 Rg shell_rg	40.76 Å
包络 Rg envelope_rg	31.61 Å
形状 Rg shape_rg	31.75 Å
总 Rg total_rg	32.44 Å
总原子数 total_atoms	19648
残基数 n_residues	1165
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	99.1 Å
Rg (实空间) rg_real	32.48 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.53 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.5020e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.6820e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.60 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	350300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6848
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	43.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.070
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.530
角度范围 angular_range	— – 0.2400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	78690000.0000
实空间数据点数 n_real_points	49
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.934; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.049; Positv: 1.000; Valcen: 0.975; Smooth: 0.972

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

描述 description	Polyphosphate--nucleotide phosphotransferase
分子量 formula_weight	36625.2 kDa
突变 mutation	I2A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	20776

MANIYKIDKLNNFNLNNHKTDDYSLCKDKDTALELTQKNIQKIYDYQQKLYAEKKEGLIIAFQAMDAAGKDGTIREVLKALAPQGVHEKPFKSPSSTELAHDYLWRVHNAVPEKGEITIFNRSHYEDVLIGKVKELYKFQNKADRIDENTVVDNRYEDIRNFEKYLYNNSVRIIKIFLNVSKKEQAERFLSRIEEPEKNWKFSDSDFEERVYWDKYQQAFEDAINATSTKDCPWYVVPADRKWYMRYVVSEIVVKTLEEMNPKYPTVTKETLERFEGYRTKLLEEYNYDLDTIRPIEKLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Erysipelotrichaceae bacterium
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2049044
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

Entity 2 non-polymer

描述 description	PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER
分子量 formula_weight	505.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 3 non-polymer

描述 description	bis[oxidanyl-[oxidanyl-[oxidanyl-[oxidanyl(phosphonooxy)phosphoryl]oxy-phosphoryl]oxy-phosphoryl]oxy-phosphoryl] hydrogen phosphate
分子量 formula_weight	897.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	BENZOIC ACID
分子量 formula_weight	122.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

Entity 7 non-polymer

描述 description	(4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL
分子量 formula_weight	118.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 8 non-polymer

描述 description	bis[oxidanyl-[oxidanyl(phosphonooxy)phosphoryl]oxy-phosphoryl] hydrogen phosphate
分子量 formula_weight	577.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1008

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	77.888 Å
晶胞边长 b length_b	110.734 Å
晶胞边长 c length_c	152.585 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.700 Å
最低分辨率 resolution_low	48.900 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1671
R_free r_free	0.1969

fit	/app/data/saxs_computation/ig/9igq/9igq.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ig/9igq/9igq.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ig/9igq/9igq.dat