9ihq

;Closed state with NUQM and without flavoprotein (classification state 2) of Pichia pastoris mitochondrial complex I in cMSP26 nanodiscs ;

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 268.1 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9ihq
沉积日期 deposition_date	2025-02-21
最后修订 last_revision	2025-10-15
结构标题 title	;Closed state with NUQM and without flavoprotein (classification state 2) of Pichia pastoris mitochondrial complex I in cMSP26 nanodiscs ;
关键词 keywords	NADH:ubiquinone oxidoreductase nanodisc membrane protein complex, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	72.54 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	72.06 Å
零角强度 I(0) i0	10094300000.00
分子量 molecular_weight	909990.0 kDa
排除体积 excluded_volume	1161000 Å³
包络体积 envelope_volume	1543400 Å³
水化壳体积 shell_volume	176260 Å³
包络直径 envelope_diameter	257.1 Å
壳层 Rg shell_rg	72.08 Å
包络 Rg envelope_rg	71.70 Å
形状 Rg shape_rg	72.05 Å
总 Rg total_rg	72.10 Å
总原子数 total_atoms	64071
残基数 n_residues	7721
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	268.1 Å
Rg (实空间) rg_real	76.89 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.04 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0180e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.1710e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	71.78 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	10070000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8605
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	73.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.566
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.165
角度范围 angular_range	— – 0.1100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	1.0780
最高正则化参数 α highest_alpha	1085000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	23
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.717; Stabil: 0.855; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.567

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (51)

Entity 1 polymer

描述 description	Altered inheritance of mitochondria protein 41, mitochondrial
分子量 formula_weight	22019.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1
原子数 atom_count	64071

MFTLAARRLAIRLPRVRFGSSSAYDEALATIRNDLKLNFRFKADVLEKNVIRSILAETKNLEIDNKDKDLDEFKLYDLLSKMIKQRQDSAAIYLKEGSPDRFRQTGWNELREVDYITKYLEALPVASAEEIEAKVEPIVQSVLEEEGELKSPKEIFSRIPWKVVNQDWQASEGAVKNTVLRLYNLYKTDA

Entity 2 polymer

描述 description	NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3
分子量 formula_weight	16019.8 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.1.2
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

MLQDLFNNYVILVGILGLIFLGVNYFIVESPRMDENNGNISDYIEKSGPFECGFSSFEQSHNPIPIAFILVALLFLPFDLEVSSMLPYIVSIYSVGIYGLIIFILFLLILIVGFIYEFNTKSLSITTILHKKNKALVKNLY

Entity 3 polymer

描述 description	BA75_00622T0
分子量 formula_weight	23354.0 kDa
EC 编号 ec_number	1.6.5.3
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MFVPCRTQISRSLAHSVRYASKQVATSHSYSSDLPTDIPVLSKRPHTNLLDYTFTTFDKMKNWARKSSFWPMTFGLACCAVEMMHVSAPRYDQDRLGIIFRASPRQSDIMIVAGTVTNKMAPALRQVYDQMPYPRWVISMGSCANGGGYYHYSYSVVRGVDRIVPVDIYVPGCPPTSEALMYGVFQLQKKMMDGQTHRMWYRSY

Entity 4 polymer

描述 description	NUGM (30 kDa) subunit of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I)
分子量 formula_weight	33183.7 kDa
EC 编号 ec_number	1.6.5.3
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MIAARSIQRAIGTKPLAVRAVVLTTNSFRGFSKSSMSRKADEEPLPVLRDLPRPEYGELHAPVYNPAEKYKEQIEELHKFGRYIMGCLPKFVQQFSVWKDELVIYVAPSALTQVATFLKDHTSAQFKACMDVTAADYPTRTNRFDVVYNLLSVRHNSRIRIKTYASEVSPVPSVVPLFQGANWFERETYDLFGIFFEGHPDLRRIMTDYGFQGHPLRKDFPTTGYTEVRYDAEKRRVVYEPLELTQAWRNFTVGSSVWEQVGDGKDFTPESFKLPTPAPDPEPEADKKK

Entity 5 polymer

描述 description	NUCM (49 kDa) subunit of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I)
分子量 formula_weight	54962.5 kDa
EC 编号 ec_number	1.6.5.3
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MFARLHAKRGWKSLARARVGSRFLSNSSIARAAQTKDNNDFYDVKTKKNDFFPVQVDGIESSLGKYEEFAKDAHEWESWNLQNEDHPEYPVKRTKIRHFTLNFGPQHPAAHGVLRLILELHGEEILRSDPHVGLLHRGTEKLIESKTYMQALPYFDRLDYVSMMTNEQVFSLAVEKLLNLEVPERGQYIRTLFGEITRVLNHLMSVLSHAMDVGALTPFLWGFEEREKLMEFYERVSGARLHSAYVRPGGVSQDLPAGLLDDIYMWATQFGDRLDETEELLTDSRIWKQRTIGIGEVTAEDALNYGLSGVMLRGSGVPFDIRKSQPYDAYDKVDFDIAVGTKGDCYDRYLIRMTEFRQSLRIIEQCCNQMPPGPVKVEDFKVAPPPRALMKEDMEALIHHFLLYTKGYAVPAGETYTAIEAPKGEMAVYVVSDGSERPYRCKIRAPGFAHLGAFDHIARGHFLPDAVAIIGTMDLVFGEVDR

Entity 6 polymer

描述 description	NUAM (75 kDa) subunit of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I)
分子量 formula_weight	79646.4 kDa
EC 编号 ec_number	1.6.5.3
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MLSVKRSISRIPTARLFSTTRRQLKEVELTVDGVKVSIEAGSSIIQAAEKAGVTIPRYCYHEKLAVAGNCRMCLVEIERSPKLAASCAMPVQNGMSVLTNTPKIKKAREGVTEMLLENHPLDCPVCDQGGECDLQEQSLRYGSDRGRFHEIVGKRAVENKAIGPLIKTSMNRCIHCTRCVRFLNDVAGAPEFGTAGRGNDMQIGTYVERNVNSELSANVIDLCPVGALTSKPYAFRARPWELKRTETIDVHDALGSNVRVDTRGIEVMRVLPRLNDEINEEWISDKTRFACDGLKTQRLTKPLIRQGNTFVDATWEEALATIAEGFQKVQPKENEIKAIVGSLTDLESIVALKDLVNKLGSENVSTDGDATTVPPAHGADFRSNYIFNSTIDNIEEADQILLVGTNPRHEAAVLNARIRKVWLRSDLEVHHVGEEFDSTFELNHLGSDVNALAKALTGEVGKKLSEASKPLIIIGSGVTETQDAEAVYATVAKFVTSNANIVTPEWNGFNLLHREASRVGALDVGFTTQSPEVANTKAKFIYLLGADEIVNKDIPKDAFVVYQGHHGDLGASFADVILPGSAYTEKTATYVNTEGRVQSTRAATNPPGVAREDWMIIRALSEYLGATLPYDNLYEMRSRLADVAPHLLRHEVVEPVSEGIAKVGFQSLVKPGIQSKGVLLKNPIENFYFTDVISKSSPTMAKCVGSFGSKIEKIKDEKANSYLSFA

Entity 7 polymer

描述 description	NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1
分子量 formula_weight	39698.8 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.1.2
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MLNNLFDFIEYIEYWLIIVAFVASVLIVVAYLTVAERKTMGYMQRRLGPNAVGYYGVLMAVADALKLLSKEIVLPHNGDIIYVMSGPLISLFSVLLSWAVIPFGPGLSLLDSEYSIIYLLASGSIGVFGTVIVGWMSNSKYTVLATVRTTAQLISYELVLTTVVFIIALIVSSLNINVIIESQYNIWYIIPFFPLCLIFFISALAETARPPFDNVEAESELVSGHMTELSASPFVIFFLSEYCSMVLMSTLTAIFFFGGYLPFSNTIHHLILNLFDQHSIYYFIIEGILLSGYLAIKANFFMFSFVWIRAAAPRLRYDLLILFCWYVLLPIVFAIVVFAPGILYCFDALPVII

Entity 8 polymer

描述 description	NUIM (TYKY) subunit of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I)
分子量 formula_weight	25544.2 kDa
EC 编号 ec_number	1.6.5.3
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

MFRPLALKPSCRAINRIPVCRFSTGLIAQKPTLALTSGSIQGTHPEGFRLPRPKTWEESSESALSKATKWYLLSEIFRGLYITLEMYFRAPYTIYYPFEKGPVSPRFRGEHALRRYPSGEERCIACKLCEAVCPAQAITIEAEERIDGSRRTYKYDIDMTKCIYCGYCQESCPVDAIVETPNVEYATETREELLYNKEKLLANGDKWEQEIQYALDADAPYR

Entity 9 polymer

描述 description	NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6
分子量 formula_weight	18564.4 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.1.2
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J

MNLEILDLSILGFYSLISSNSFESIAILVATIMPVITELWYNYSQLFALLYTLIYVGAVVILFVFILSVINEKEEYEYEYSGLFILILVLLLDDLDDNESNDNDYNNVYITDYADWFNNYNESDLSVIGNLLFTEYALLLLIISFILLMSIIGLILIVKKD

Entity 10 polymer

描述 description	NULM (ND4L) subunit of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I)
分子量 formula_weight	9118.7 kDa
EC 编号 ec_number	1.6.5.3
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

MDLILLMLVAVGLNIIDIYIMIEILIMGCTVNTIYSASLDNDMIGLIYSLIQIIIAGVESAIGLSILVNYNRIRNSEEIENE

Entity 11 polymer

描述 description	NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5
分子量 formula_weight	72436.1 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.1.2
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

MILLCIFTPFLGSLISGFFGRYIGVNSSKWIVCLSIFVSVVSTYILFIDVIFNEIEYTYNIMNWLNVEYLVVDWSFTIDKLSVSMLVPVVTVSFLVHLYSVSYMSHDPHQQRFFSYLSMFTFAMIVLVTGDNYLILFVGWEFIGVASYLLISFWFTRFNAVKSGLSALLINRFGDALLVLGLSYLVLVTGSVNYNTVFALGSYLDVNMITVILICFLVASMAKSAQLGLHSWLLLAMEGPTPVSSLLHAACLVIAGVFLLMRSSPLLEYTPIVLLLILWLGGLSTLISGLIAMVSNDIKKIIALSTMSQVGIMMIAIGVSCYNLALFHLICHSFFKALLFMSAGSVIHSIISEYQDIRMYGGFRQFIPLAYTCIFIASLSLMAIPGLTGFYSKDIIIESMYGEYTFSGFIIYWFALISATCTSLYSIRLIYYTFLNNPNSPKYIYINLKENDIVLITPMIILTILSIFGGYLLRDIYLGMGSPFNELFIHPNNLSLIETEFSLPSILKVLPLITGLGGGLILLLIYEFNYSLFLVYNNKNLSKLYSFFNQKIMFDQLLNNLILRSGLNIGWLLNVHIDRGILQLFGPLGLWKLSTFISSKLNKLVFLNIGFILEIIVLSWLLIVFKVSLLKYILLLIIFIIL

Entity 12 polymer

描述 description	NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4
分子量 formula_weight	54784.2 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.1.2
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

MLVQNLIIFNIIGIVLLVLLNNNNNGILNKKSLLTIKNELKLKQIGLIISIINILIIIENWIGFNSNYYGFQNIERFLNIYWGIDGISLLLVLLTLILGPIAILSNWKNLKGYYTYYVISINMLVILMALNFICLDLVSFYILFESTLAPLFLLIGIYGANNKNKAAYYVLIYTLASSLFMLLSIVIYYIIINSTDYIYINNIILSINLQSLLFIGIIIGIAVKTPLMPVHTWLPTVHSESPLGGSILLAGVILKLAIYGVIRLLLPNLSEISMMFTPIIYIISILTLIYSSLITLKQTDLKVIIAYSSISHLAVCMIGIFANNLIGINGSLILCLAHGFVSPALFILVGGILYDRYHNRLINYYQGLSTFMPIFSIYLVVFSFCNTGTPLSGNFVGEFLSITGAVIRHPIIGSLTAASVLLSACYQMKLTNRLTGSVFSQYLHITNDVTNREIFLLNWLLIPTIIIGIYPSFVTNILNLASSTLIYSVLI

Entity 13 polymer

描述 description	NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2
分子量 formula_weight	59097.9 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.1.2
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N

MLFTSLLLIIVYGSLVNKSHLLTKLINRLGLIIIIYTLLIHLNINTLENLSIGINMFNNLLLINSFNNTIIELILIICILYVLLISFNITGLSIIDNLNYSKRTFIVIVLFNIIGLTLLPLVNDIMILFIIIELQSYSLYLLTAIFNESHNSTKSALYYFIVGSIASFIILDATVSIYDDLGLTNIQYILMYIDKLEIFDLLCLLFGLFIKIGLAPFYSYSITIYSLSPTIITNYISLMPKLSILTLIYIIMHYINIVNNTDLNYVISFLILISMFIGSFGGLNVIRIKTLLAYSSLLNVSYMLLAILSNSNESIIAYIYYIIQYSLTHINIFSIILVISIYLPIMNNNITSNTVDNKYSNNGGNMLNVMITKYSPIEYINQLKNLFINNIFIAIALCISIFSLIGIPPLTGFYGKYLVLISGLNNGYVLLSIVLIIASSISTVYYATILKVLSFDTLSFKDIISNNLIINTSPENNNNEIKPEISNVISYVISSLTLIILLIIIQYENIVKGAYLVLLYNWV

Entity 14 polymer

描述 description	NUXM subunit of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I)
分子量 formula_weight	22263.1 kDa
EC 编号 ec_number	1.6.5.3
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	O

XMETYELIDSDPKFSRVVRYFRPSDYLTWALGTIGAPGLMVLFEKIEPAKGNTFKMPPPSIMRIATTIGFFGGFYYAYTSSTKRFWGYSENAKEVAKDRYEVKKALSEKKSPYGSSLLNPYQQDMSARNSTNSQLLLAIFPWFNVANHQSHGIDLRKYYEVRDGEENWNFTLPPLDQVKDLDVAQYKEYSNYP

Entity 15 polymer

描述 description	NUEM (39 kDa) subunit of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I)
分子量 formula_weight	43350.0 kDa
EC 编号 ec_number	1.6.5.3
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P

MFRQARFVSTFPLKSDINITKSGKTLLSVGQGGRSSRTGFTATVFGGTGFLGRVVVSKLAKHGTNVVVPFRNDRARRQLKVNGDLGVVNFVEFDIRNLKSIEDSVKYSDIVINLIGTEHFSKNFSIEDVNIGAAERIAKAAKEAGVSRLIHVSSYNANPSSSSDFYATKGIGEQVVRDNFGPDATIVRPAPMYFRNSPFLNELLQIKALGGNVIFKKEVYPVHALQVGEAIERIAFDDATAGQTYELFGKERYSKKELREMIKHIIHIGQRGYYPYSAGFYLPAPEPFLYAFALIRQYISSQPRFNVDQLKRSHINQEIDQSAKTFTDLGMVPDELSEYLYRYVKPHISYTSQTQNRTVYSKEDIEKLRDYVNTPNDSFNLFNV

Entity 16 polymer

描述 description	NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial
分子量 formula_weight	18241.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Q

MLRSLLKVQVRGFSCGRVVSAAKNTNITPAINEGHTDLAKELVSGAPKELITERVARIYQEAKAATQSGQHNTETWKIDWDILNKGNRWENDLMGYQSSSDYMQGTILKFDTREGAIRFAKGQGWDYYIQEPKVRRFVKKDYSANFYHSKGPLKHIRTK

Entity 17 polymer

描述 description	NUMM (13 kDa) subunit of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I)
分子量 formula_weight	15717.8 kDa
EC 编号 ec_number	1.6.5.3
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	R

MLRLTRASIRRISTKELTTARIKDISKPDENNLQQQAPNRISPWSKSQKPRAEAQDNVRFAVKDLAKQPRPYAAIDLIYKQPIRYIEHDNVAVCDGNGGAQGHPKVYINLDQNKAIPCGYCGLRFAQAAFKEDIESSQN

Entity 18 polymer

描述 description	NI8M (B8) subunit of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I)
分子量 formula_weight	9858.5 kDa
EC 编号 ec_number	1.6.5.3
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	S

XSSKFVFPKVVKELRFFLSQTGEASVPLRSFLTKTYPAIKKANPTLPILIREAYGIPPSVTARLEKGHEVKTNLEGFSADQIAKTLQSIA

Entity 19 polymer

描述 description	Acyl carrier protein
分子量 formula_weight	15507.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	T

MLRNVSRQLLRSSKVYLPQVAVVRTQTPAFVSPSIISKRFNITQSASTLTKEDVLTRSVSVLRGFEVKTKDIDLQTTFVQDLGMDSLDLNDALVALEEEFDVVFDDKTANEIKTVGEVVDFVLANYLPTEQSINHTIR

Entity 20 polymer

描述 description	Acyl carrier protein
分子量 formula_weight	14780.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	U

MNRFNHPILRTAFSKSKWNLSKYTSPLFRPSYARTMIPLRTYSSTPSLTKEIIYDRIVEILESYDNVKQGSTISPAASFSKDLGLDSLDTVEVLLELENEFSILIPDNEADEIKTVQQAVDYIAAQEDSI

Entity 21 polymer

描述 description	NUFM (B13) subunit of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I)
分子量 formula_weight	15590.8 kDa
EC 编号 ec_number	1.6.5.3
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	V

MRAFTYLRQAQEILIKANKGNPTGLTGLFQHPSPRPTLITLYKATLKNLEEKIPKESVYRTAVEAFTKERLSIVENNEIIEDIEKKIGSGLVEELIVQANEEYDLIDKMAEWKAWEELEEKPLDDQWTYFGKKL

Entity 22 polymer

描述 description	BA75_04796T0
分子量 formula_weight	14783.0 kDa
EC 编号 ec_number	1.6.5.3
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	W

MTNPTAFAQTTRYVKDSTEMRTLVLNLYRRYLRHSRGFVNNYNLDIPASQVRTKIRQEFERQRFVKDLPLKNVLYMKAQMEFQELVNFWKQQCHVMQYFESIDHQNKIKGDSFVQKFLKGAQ

Entity 23 polymer

描述 description	NADH-ubiquinone oxidoreductase
分子量 formula_weight	20718.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	X

XSSTHTNDSLNSSNYVDKLKDTHFVFENDKLPSEIPDVEEVGATTAPLLSAAYFIGAKCQDYNDDFMLCQKEAKGNGPIDCLKEGRRVTRCASGVLKDLNTHCSDEFRLHWQCLSFSNLEYKNCRKAESLLNKCVFEKMNLVKKIPGIPEDRQIHLKQNPVLKPVALHQDSEVAFKKAQNENSI

Entity 24 polymer

描述 description	NUJM (B14.7) subunit of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I)
分子量 formula_weight	23507.6 kDa
EC 编号 ec_number	1.6.5.3
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Y

MSETTAEQTVVEQFHLPQPFWPTTKTKEGEYVPKDSIREASKVFIGSGVLLGGMHFRRLMQYKKGSARPGLAKYLNLFSLSKSQLIGFPVALGAFSFLSHSFANLQEGQTATGEFAASSIASLIGLSIFRTKKPLSSNVAIAVGMGSLFGFLTWAGNFNLGDNSYRAALEAGNGNEGGFDNKVIKTERQGFWEGVYRRPLSQTVEDLGEGRGIITQ

Entity 25 polymer

描述 description	NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13
分子量 formula_weight	17243.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Z

XATQDLPPISGYAPIQWKRNLPSRGFRPVIWFLGLCTATGYGFYQISLANREKIELKREKLWARAHLMPLLQAEQDRNVVRRTFAYYKREGEIMKDVPWWEVKSTYSNKDIFHPPQTVLFGKHIDRDSGLMYANSRNRFGPDEEETK

Entity 26 polymer

描述 description	NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1
分子量 formula_weight	17446.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	a

MIPFEALIPYAIMFAGFCLGGGVMNSAITADITKRARGPNQEIKRNVGEDEGPRNYTKPRYNTDQWDKYFAVRDLRLTGSLRGQSDNAVAEESFKTNSIQPYSNTRRPWVLRRHIIMKNSPTKWARKYSSRRDEREQEIKDDYIRGMGEH

Entity 27 polymer

描述 description	NI9M (B9) subunit of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I)
分子量 formula_weight	9181.5 kDa
EC 编号 ec_number	1.6.5.3
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	b

MAIGDYPVYYKQPIRWLSYHAHTRPHVFYAIAVAALGPVFMMATPLRRKFLYDDHEPLPANGYPLPNRSRDKTLTGYDD

Entity 28 polymer

描述 description	BA75_00589T0
分子量 formula_weight	20111.0 kDa
EC 编号 ec_number	1.6.5.3
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	c

XSGGPVPVFKKYTTGSKGIWEKIRQLLTLVPNRSTGNPLVKNYRVPPPGSQTLKYKDPVTIPAGDIVKNQYYDRDHRRNYPRLVAFDQTKVSGLLTLGSAQNPRISVGEKGQKELAVFDQSVSLSSTLATIDPKVVKSELLAEGGSPVVAPSLNKKMKFRLTEESEHGMYPEDYPIRIFAQN

Entity 29 polymer

描述 description	Pichia pastoris NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit NEBM
分子量 formula_weight	9050.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	d

MIASLAGWGLFGVTVRAYQQGIRKVPFSYYPLGYVYSALGWVAFGYGFNLWTERNDKLLEKRVEKLKESRNLRLSKDD

Entity 30 polymer

描述 description	BA75_05084T0
分子量 formula_weight	12251.0 kDa
EC 编号 ec_number	1.6.5.3
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	e

MAPLQQVGRHGGPNKCFGEFQRVVECMTNAKHDSYEPCNNLKNDYLECRKHKVERYKAFLMQKHAEELGKDPEEIGAPFVRKRRFLTSKTLGLVDGDDYEIGVEKI

Entity 31 polymer

描述 description	NUTM subunit of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I)
分子量 formula_weight	9864.3 kDa
EC 编号 ec_number	1.6.5.3
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	f

MPYLVAFRPAVLVFFFIRQPIGAGLLAGGFLFWQADRHFNFGIRDNIHNFKQTILGFPTQASKWETFKQVDAQKRAQLVSGPSEEH

Entity 32 polymer

描述 description	NESM (ESSS) subunit of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I)
分子量 formula_weight	27250.3 kDa
EC 编号 ec_number	1.6.5.3
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	g

MYPVIQSAARRLGVRCFSGTTSVRAFNLQLEKEIRSKIDSLPKLNNIFQNANGSVRQPSDTELQTIAELNSLVTNRKLSLTDYLFQNAANQALYVDNEADLKELDISSRQVVDKVPFKDAKTGEIKWKVVRENENEGWEKIMYVGFVPTMILIFAIVLFKDDKSIDEWAMDELLLRLKEKNLSDVELIDELDKLSKSHVGKIGASEINKRDAVIIERILNGEYDQLSGLKKKELPIIDL

Entity 33 polymer

描述 description	NUSM subunit of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I)
分子量 formula_weight	21224.6 kDa
EC 编号 ec_number	1.6.5.3
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	h

MLTRRSVGLLQSTRISPVLTNFSSSRFYSAHHESDKKHDDHHEEHHDEHHDDHHTPLGPAENIFNKWNVTPFVWLFATVGIFQWDKSHRESHDGKGILDFLGEIKVKESLDTYFKEYQTKVASTADLYGLISFTPKRDIHHYVIRVDEVPGKHFPTNTTGNFGNTVDFENLEPRRKPINPYL

Entity 34 polymer

描述 description	NUUM subunit of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I)
分子量 formula_weight	8335.5 kDa
EC 编号 ec_number	1.6.5.3
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	i

MSGHHIHTPSYIKPPTGGWNFTPANWKQNTVLVLVGFTACCVGLYKLGEAGSYNPKLKYKEEELSRWNQSAKKN

Entity 35 polymer

描述 description	Subunit of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I)
分子量 formula_weight	7071.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	j

MSAHHAFKYVRGAIVPKPKVHPGYVITSKFLGGLMWFWIFYRAKQDYPVWFGLKHPWEH

Entity 36 polymer

描述 description	NB2M (B12) subunit of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I)
分子量 formula_weight	7142.0 kDa
EC 编号 ec_number	1.6.5.3
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	k

MAGNPWKRRDAWRSQGAFTRANRFRGALPGFFWGLGAFGVYCVYEKVFLTNDHHGHHEEHH

Entity 37 polymer

描述 description	NIAM (ASHI) subunit of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I)
分子量 formula_weight	17944.2 kDa
EC 编号 ec_number	1.6.5.3
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	l

MLRQAYRLAGKTNSITSSSVFIRNKSFLPHFIPKNYSYGDYPRLKPENLQKRDPYLKYDDQANKRNFNEPLHPQQDDLDMWAPDHFDFVQDSIALKWFGTFFGVLAVFSSVIYIGGLYPEKPANPRNYPFSGLAKDLGASSEEDTLLYAAKIDKSI

Entity 38 polymer

描述 description	NB5M (B15) subunit of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I)
分子量 formula_weight	9437.8 kDa
EC 编号 ec_number	1.6.5.3
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	m

MAGHGPHLLREDASFQRYGQLRDNLATYWKFNRKAARNVFIFLVAVPAGLGYLAYNYEGKTPFVGKRRTEPIFEQDYVPRK

Entity 39 polymer

描述 description	NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9
分子量 formula_weight	12845.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	n

MSSIARKAVVPFSEANKKYVSSLYRKSLRTAHDWINKTEFYRVKASEIRSRFDANKHINDPNELKVIFKETEALLEDYAHPDPIIPPCRPGGSKFERNIPPRVEARIPIDV

Entity 40 polymer

描述 description	NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7
分子量 formula_weight	10473.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	o

MGVSELPELLSHEEMKQNKIPLAYRDRCARLLVPLNKCRKEGWYMPWNCVQERHDYEQCQYLDFKRRVKELEEIKKQRDAADASADL

Entity 41 polymer

描述 description	NIDM (PDSW) subunit of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I)
分子量 formula_weight	10787.0 kDa
EC 编号 ec_number	1.6.5.3
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	p

MVDHVRSPNVSFDDIDYNNSQDLHNAQESLLREQWIRVSALKVCRKALESCYKTSGPNHYEDCREIAEKYLNMLPDHRIQGFLGYQKNDPSK

Entity 42 polymer

描述 description	NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit
分子量 formula_weight	16331.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	q

XSSSIQRTLRNLWKNGFKKSFKQLQGYNDIKSGRLVGTDSFGNKFYEVDDPVEIHMRTRFVEYTGFWRQDMSEVEPGWHYWLAYGTDVPPNQLKPEEKSVRAYPVKKHVPNLTYTDGAYVPYNTARPKCATWDPKVTERP

Entity 43 non-polymer

描述 description	DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE
分子量 formula_weight	622.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	21

Entity 44 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 45 non-polymer

描述 description	FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
分子量 formula_weight	175.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 46 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 47 non-polymer

描述 description	1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine
分子量 formula_weight	748.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	21

Entity 48 non-polymer

描述 description	CARDIOLIPIN
分子量 formula_weight	1464.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 49 non-polymer

描述 description	NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE
分子量 formula_weight	745.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 50 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 51 non-polymer

描述 description	;~{S}-[2-[3-[[(2~{R})-3,3-dimethyl-2-oxidanyl-4-phosphonooxy-butanoyl]amino]propanoylamino]ethyl] (3~{S})-3-oxidanyltetradecanethioate ;
分子量 formula_weight	584.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	2.90 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	61256

fit	/app/data/saxs_computation/ih/9ihq/9ihq.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ih/9ihq/9ihq.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ih/9ihq/9ihq.dat

;Closed state with NUQM and without flavoprotein (classification state 2) of Pichia pastoris mitochondrial complex I in cMSP26 nanodiscs ;

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (51)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

Entity 9 polymer

聚合体 Polymer

Entity 10 polymer

聚合体 Polymer

Entity 11 polymer

聚合体 Polymer

Entity 12 polymer

聚合体 Polymer

Entity 13 polymer

聚合体 Polymer

Entity 14 polymer

聚合体 Polymer

Entity 15 polymer

聚合体 Polymer

Entity 16 polymer

聚合体 Polymer

Entity 17 polymer

聚合体 Polymer

Entity 18 polymer

聚合体 Polymer

Entity 19 polymer

聚合体 Polymer

Entity 20 polymer

聚合体 Polymer

Entity 21 polymer

聚合体 Polymer

Entity 22 polymer

聚合体 Polymer

Entity 23 polymer

聚合体 Polymer

Entity 24 polymer

聚合体 Polymer

Entity 25 polymer

聚合体 Polymer

Entity 26 polymer

聚合体 Polymer

Entity 27 polymer

聚合体 Polymer

Entity 28 polymer

聚合体 Polymer

Entity 29 polymer

聚合体 Polymer

Entity 30 polymer

聚合体 Polymer

Entity 31 polymer

聚合体 Polymer

Entity 32 polymer

聚合体 Polymer

Entity 33 polymer

聚合体 Polymer

Entity 34 polymer

聚合体 Polymer

Entity 35 polymer