9iig

Cryo-EM structure of hetero-bacterioferritin SoBfr12 from Shewanella oneidensis

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 132.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9iig
沉积日期 deposition_date	2024-06-20
结构标题 title	Cryo-EM structure of hetero-bacterioferritin SoBfr12 from Shewanella oneidensis
关键词 keywords	24-mer bacterioferritin, metal transport, oxidoreductase, heme-binding protein; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	51.75 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	51.02 Å
零角强度 I(0) i0	2799200000.00
分子量 molecular_weight	439820.0 kDa
排除体积 excluded_volume	549120 Å³
包络体积 envelope_volume	860010 Å³
水化壳体积 shell_volume	137550 Å³
包络直径 envelope_diameter	135.3 Å
壳层 Rg shell_rg	61.40 Å
包络 Rg envelope_rg	46.06 Å
形状 Rg shape_rg	50.98 Å
总 Rg total_rg	51.49 Å
总原子数 total_atoms	30876
残基数 n_residues	3744
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	132.2 Å
Rg (实空间) rg_real	51.27 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.42 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.7990e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.8870e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	52.13 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2802000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7900
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	83.7 Å
偏度 Skewness skewness	-0.381
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.638
角度范围 angular_range	— – 0.1500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	42380000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	31
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.817; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.808; Smooth: 0.006

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Bacterioferritin
分子量 formula_weight	17997.4 kDa
EC 编号 ec_number	1.16.3.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L
原子数 atom_count	30876

MKGDKDVIDALNRLLTGELSAMDQYFVHAHMYEDWGLNELYERIAHESDDEKGHAAKLVQRILFLEGVPNVAAREALNIGSNVEEMLRNDLAYEYKVADDLRKVIALCEQKKDYQTREILEVLLDDTESDHMYWLEKQLGLIDRIGLANYLQTKM

来源 Source

来源生物 organism	Shewanella oneidensis MR-1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	211586
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	Bacterioferritin
分子量 formula_weight	18408.0 kDa
EC 编号 ec_number	1.16.3.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X

MKGHPKVVGQLNRVLTCELTAINQYFLHARMFKHWGLEKLNHVEYKKSIEDMKHADKLIERVLFLEGLPNLQQLEKLRIGEHAQEMLDCDLAMVQEQLTLLRDAITLCEAEQDYVSRDLLEDILEDEEEHLDWLESQRELIGLTGIQNYLQSQISES

来源 Source

来源生物 organism	Shewanella oneidensis MR-1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	211586
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 4 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	2.60 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	736353

fit	/app/data/saxs_computation/ii/9iig/9iig.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ii/9iig/9iig.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ii/9iig/9iig.dat

Cryo-EM structure of hetero-bacterioferritin SoBfr12 from Shewanella oneidensis

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)