SAXSdb — 9ikb

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9ikb
沉积日期 deposition_date	2024-06-27
结构标题 title	Crystal structure of heterotrimeric Kinesin-2
关键词 keywords	Kineisin, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	39.06 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	39.14 Å
零角强度 I(0) i0	114435000.00
分子量 molecular_weight	87191.0 kDa
排除体积 excluded_volume	109630 Å³
包络体积 envelope_volume	158690 Å³
水化壳体积 shell_volume	35730 Å³
包络直径 envelope_diameter	139.2 Å
壳层 Rg shell_rg	41.90 Å
包络 Rg envelope_rg	39.38 Å
形状 Rg shape_rg	39.21 Å
总 Rg total_rg	39.09 Å
总原子数 total_atoms	6108
残基数 n_residues	781
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	131.4 Å
Rg (实空间) rg_real	39.50 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.55 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1440e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.9960e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	39.23 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	114400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8068
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	29.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.446
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.530
角度范围 angular_range	— – 0.2000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	17080000.0000
实空间数据点数 n_real_points	41
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.761; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.635; Smooth: 0.566

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Kinesin-like protein
分子量 formula_weight	28119.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	6108

HHHHSQDGGAYSDERQDLDQTIAEVSKELKLKLLIVENFIPRDVSERIKERAEWNEDSFEWNVNAFQSTSSNSSTPLNNTIEVNEDGVFTRSSGADSGVSVSGGNGTPATSQFLDKRLVATPGCRRPMSMCERMLVETAREQFGAQRRPPISGSGSFVEATIPEETIRFCGENVVVFSALERFVPEVTDSDPSTFSNSMMMSARRPSIENLTIDASKVLVPILNQSTMILKNSKNGQARNDTMPPNGSMRRSQN

来源 Source

来源生物 organism	Caenorhabditis elegans
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	6239
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

Entity 2 polymer

描述 description	Kinesin-like protein klp-20
分子量 formula_weight	13985.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

EDHQRQVEAMLDDIRQLRKELLLNIAIIDEYIPVEHVELIEKYVSWSEEHGDWQLKAIAYTGNNMRASAPPAKKEFSNNNQTVPMYYSYRADLGASTAEHRPRTSSKKHRASIRLQQLLT

来源 Source

来源生物 organism	Caenorhabditis elegans
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	6239
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	Kinesin-associated protein
分子量 formula_weight	66828.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

ELGKIDEYIECFYGETSVEKNKGAVALYELSKNPQNLTQLVNNETLMMALARVFREDWKKHFEVGTNIMNLFVNISKFSCLHGILLHHKIGTLCVNAMEHETKRYDFWIAEMKKTDQETLRKLKTAIRKQAMLLAACVTFLTNLATDISVELKMVRRNLVALLVKCLQMSSESTSSLTTATIKFLLKLSIFDENKIVMEQNGTIEKLLKLFPIQDPELRKAVIMLLFNFSFDSKNLPKMVNGGLVPHMASLLDSDTKALNMMYLLSCNDDAKAMLAYTDAIKLLMKDVLSGTGSEVTKAVLLNICLEKRNAQLVCGQRGQGLDLLMEMSINSRDLMLIKVVRAISSHEGATQNMFLKWIETLIGIAKNEGADNSESKSSFGLECMGTVAELKVAPWAKIIQSENLVPWMKTQLQEGIDESEEVTVLRDIKPLQLQIVIACGTMARQLDAARLLAPLIDTFVQLLQSCQIDDEFVVQLLYVFLQFLKHKELSARLMTQDSALGAHMIDLMHDANAVVREVCDNALLIMGEHSKEWAKRIAGERFKWHNAQWLEMVERDDSEFVDYDDEDFGADLKFDHYDDGFDMNEPLF

来源 Source

来源生物 organism	Caenorhabditis elegans
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	6239
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	107.445 Å
晶胞边长 b length_b	107.445 Å
晶胞边长 c length_c	255.397 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.540 Å
最低分辨率 resolution_low	37.570 Å
R 因子 r_factor	0.2317
R_work r_work	0.2297
R_free r_free	0.2705

fit	/app/data/saxs_computation/ik/9ikb/9ikb.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ik/9ikb/9ikb.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ik/9ikb/9ikb.dat

Crystal structure of heterotrimeric Kinesin-2

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)