9imr

Crystal structure of geranylgeranyl pyrophosphate synthase Rv0562 from Mycobacterium tuberculosis in complex with IPP

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 85.1 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9imr
沉积日期 deposition_date	2024-07-04
结构标题 title	Crystal structure of geranylgeranyl pyrophosphate synthase Rv0562 from Mycobacterium tuberculosis in complex with IPP
关键词 keywords	geranylgeranyl pyrophosphate synthase, isoprenyl diphosphate synthases, terpenoids, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	27.03 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	26.28 Å
零角强度 I(0) i0	91056200.00
分子量 molecular_weight	72001.0 kDa
排除体积 excluded_volume	89048 Å³
包络体积 envelope_volume	104190 Å³
水化壳体积 shell_volume	32988 Å³
包络直径 envelope_diameter	90.3 Å
壳层 Rg shell_rg	34.03 Å
包络 Rg envelope_rg	26.48 Å
形状 Rg shape_rg	26.30 Å
总 Rg total_rg	26.95 Å
总原子数 total_atoms	5039
残基数 n_residues	662
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	85.1 Å
Rg (实空间) rg_real	26.99 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.40 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.1060e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1800e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	27.01 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	91060000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6923
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	30.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.322
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.419
角度范围 angular_range	— – 0.2950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	26740000.0000
实空间数据点数 n_real_points	60
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.924; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.089; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.960

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Nonaprenyl diphosphate synthase
分子量 formula_weight	35598.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.5.1.85,2.5.1.10,2.5.1.29
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	5967

MRTPATVVAGVDLGDAVFAAAVRAGVARVEQLMDTELRQADEVMSDSLLHLFNAGGKRFRPLFTVLSAQIGPQPDAAAVTVAGAVIEMIHLATLYHDDVMDEAQVRRGAPSANAQWGNNVAILAGDYLLATASRLVARLGPEAVRIIADTFAQLVTGQMRETRGTSENVDSIEQYLKVVQEKTGSLIGAAGRLGGMFSGATDEQVERLSRLGGVVGTAFQIADDIIDIDSESDESGKLPGTDVREGVHTLPMLYALRESGPDCARLRALLNGPVDDDAEVREALTLLRASPGMARAKDVLAQYAAQARHELALLPDVPGRRALAALVDYTVSRHG

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium tuberculosis H37Rv
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83332
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	3-METHYLBUT-3-ENYL TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	246.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 4 non-polymer

描述 description	BICINE
分子量 formula_weight	163.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 5 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	919

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	48.796 Å
晶胞边长 b length_b	115.643 Å
晶胞边长 c length_c	119.270 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.890 Å
最低分辨率 resolution_low	32.780 Å
R 因子 r_factor	0.1442
R_work r_work	0.1416
R_free r_free	0.1930

fit	/app/data/saxs_computation/im/9imr/9imr.fit
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