9in6

Capsid of Vibrio cholerae phage mature VP1

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 234.5 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9in6
沉积日期 deposition_date	2024-07-05
结构标题 title	Capsid of Vibrio cholerae phage mature VP1
关键词 keywords	phage, virus, vibrio cholera phage, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	62.30 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	62.68 Å
零角强度 I(0) i0	1439990000.00
分子量 molecular_weight	317600.0 kDa
排除体积 excluded_volume	397050 Å³
包络体积 envelope_volume	607710 Å³
水化壳体积 shell_volume	82415 Å³
包络直径 envelope_diameter	227.8 Å
壳层 Rg shell_rg	59.01 Å
包络 Rg envelope_rg	63.85 Å
形状 Rg shape_rg	62.67 Å
总 Rg total_rg	62.66 Å
总原子数 total_atoms	22373
残基数 n_residues	2897
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	234.5 Å
Rg (实空间) rg_real	62.81 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.72 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4400e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.1910e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	61.88 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1438000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8435
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	65.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.454
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.274
角度范围 angular_range	— – 0.1250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0062
最高正则化参数 α highest_alpha	68530000.0000
实空间数据点数 n_real_points	26
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.732; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.944; Smooth: 0.821

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

描述 description	major capsid of VP1
分子量 formula_weight	43886.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	7

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M,N,O,P,Q,R,T
原子数 atom_count	22373

MATIAGLRGTGDWGNQERPTDFRETILWMEPNGQAPLQALMSKMSSQPTTDPEFSWWEEKLTHNRLEVKTEAAAGVTTLAVDTDQAWACVKGDILMVESVGGLWANEILKVVEDPTAGNALKVARGFAGTTAAVIPAGTFIIAIGTSFAEGSLAPKSATRNPVKLNNFCQIFKKSYEITKTADATKARTGSALANDKKRRMFDYYRDVEMAFIYGRKSETVGENGKPERTTGGLLNFITTNRTQFGTGAGKTELTEDSLIDFFANVFNYDGQGAGNQRIAFVGNTALTKINKLARNSPSTRINFDKQVTQVYGMNFTRWVLPQGEIFFKTHPLFNVHPELSKAMMVLNPKGIKERVLRATKPENDIQQVGQDSIKGQWIGEFGLEVNHEETMAFAGGIA

Entity 2 polymer

描述 description	SHP of VP1
分子量 formula_weight	11801.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	c

MLVHYGKLSDMPTVVDVNTTMGTDVPEDLLEIYVGCYAADGKTPAAGTGVLTFHGSWNGVHKRLIGTVDLAAAGEVIAYNPPLMFGGCKKLFVSYTGVGTQIVDVYVHRGE

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.80 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	441860

fit	/app/data/saxs_computation/in/9in6/9in6.fit
pddf	/app/data/pr_computation/in/9in6/9in6.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/in/9in6/9in6.dat

Capsid of Vibrio cholerae phage mature VP1

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)