9in8

True-atomic resolution crystal structure of the open state of the viral channelrhodopsin OLPVR1

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 62.8 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9in8
沉积日期 deposition_date	2024-07-05
结构标题 title	True-atomic resolution crystal structure of the open state of the viral channelrhodopsin OLPVR1
关键词 keywords	rhodopsin, ChR2, open state, open channel, ChRMine, cation-conducting ChR, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	19.51 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	18.48 Å
零角强度 I(0) i0	9148330.00
分子量 molecular_weight	30410.0 kDa
排除体积 excluded_volume	41444 Å³
包络体积 envelope_volume	44210 Å³
水化壳体积 shell_volume	19698 Å³
包络直径 envelope_diameter	63.5 Å
壳层 Rg shell_rg	25.12 Å
包络 Rg envelope_rg	18.88 Å
形状 Rg shape_rg	18.46 Å
总 Rg total_rg	19.85 Å
总原子数 total_atoms	2156
残基数 n_residues	223
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	62.8 Å
Rg (实空间) rg_real	19.49 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.48 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.1480e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1550e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	19.49 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	9148000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6687
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	55.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.299
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.441
角度范围 angular_range	— – 0.4100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2041000.0000
实空间数据点数 n_real_points	72
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.882; Stabil: 0.999; Sysdev: 0.356; Positv: 1.000; Valcen: 0.977; Smooth: 0.000

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	Viral rhodopsin OLPVR1
分子量 formula_weight	28127.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3031

MDNIIMTAYISIFVQIITAIISVYGLFIPLNFKDIILREILILELIVQIIEFIFYIWLIITLQSINEDITYVRYFDWVLTTPVMLLTTVYFFEYMNSDDGIRKKEINDRDYVYLFYICLSNFFMLLIGYLGETKQINKMLTLFGGSFFLFLTFYLLYVKYTKENWMNYIVFYFMFLVWFLYGFAFMFPFSIKNQMYNILDIVSKNIYSIFIFIVILNQSYKLLLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Organic Lake phycodnavirus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	938083
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	RETINAL
分子量 formula_weight	284.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	(2S)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-hexadec-9-enoate
分子量 formula_weight	328.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	(2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate
分子量 formula_weight	356.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 6 non-polymer

描述 description	EICOSANE
分子量 formula_weight	282.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

Entity 7 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	151

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	46.427 Å
晶胞边长 b length_b	115.029 Å
晶胞边长 c length_c	53.337 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	1.340 Å
最低分辨率 resolution_low	39.110 Å
R 因子 r_factor	0.1853
R_work r_work	0.1838
R_free r_free	0.2120

fit	/app/data/saxs_computation/in/9in8/9in8.fit
pddf	/app/data/pr_computation/in/9in8/9in8.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/in/9in8/9in8.dat