9in9

Structure of the viral channelrhodopsin OLPVR1 at low pH obtained by soaking

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 69.5 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9in9
沉积日期 deposition_date	2024-07-05
结构标题 title	Structure of the viral channelrhodopsin OLPVR1 at low pH obtained by soaking
关键词 keywords	rhodopsin, ChR2, open state, open channel, ChRMine, cation-conducting ChR, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	19.23 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	18.37 Å
零角强度 I(0) i0	8442860.00
分子量 molecular_weight	29727.0 kDa
排除体积 excluded_volume	40681 Å³
包络体积 envelope_volume	43154 Å³
水化壳体积 shell_volume	19366 Å³
包络直径 envelope_diameter	65.6 Å
壳层 Rg shell_rg	25.01 Å
包络 Rg envelope_rg	18.83 Å
形状 Rg shape_rg	18.35 Å
总 Rg total_rg	19.74 Å
总原子数 total_atoms	2112
残基数 n_residues	224
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	69.5 Å
Rg (实空间) rg_real	20.22 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.21 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.4950e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.4060e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	19.23 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	8443000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6353
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	21.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.552
峰度 Kurtosis kurtosis	0.065
角度范围 angular_range	— – 0.4150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	4.9590
最高正则化参数 α highest_alpha	1838000.0000
实空间数据点数 n_real_points	73
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.773; Stabil: 0.871; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.871; Smooth: 0.542

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Viral rhodopsin OLPVR1
分子量 formula_weight	28127.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2985

MDNIIMTAYISIFVQIITAIISVYGLFIPLNFKDIILREILILELIVQIIEFIFYIWLIITLQSINEDITYVRYFDWVLTTPVMLLTTVYFFEYMNSDDGIRKKEINDRDYVYLFYICLSNFFMLLIGYLGETKQINKMLTLFGGSFFLFLTFYLLYVKYTKENWMNYIVFYFMFLVWFLYGFAFMFPFSIKNQMYNILDIVSKNIYSIFIFIVILNQSYKLLLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Organic Lake phycodnavirus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	938083
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	RETINAL
分子量 formula_weight	284.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	(2S)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-hexadec-9-enoate
分子量 formula_weight	328.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	EICOSANE
分子量 formula_weight	282.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	20

Entity 5 non-polymer

描述 description	(2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate
分子量 formula_weight	356.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	111

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	46.235 Å
晶胞边长 b length_b	115.755 Å
晶胞边长 c length_c	53.214 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	1.410 Å
最低分辨率 resolution_low	33.420 Å
R 因子 r_factor	0.1892
R_work r_work	0.1877
R_free r_free	0.2180

fit	/app/data/saxs_computation/in/9in9/9in9.fit
pddf	/app/data/pr_computation/in/9in9/9in9.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/in/9in9/9in9.dat