9io5

Cryo-EM structure of G1-ATPase dimer from Mycoplasma mobile gliding machinery

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 265.5 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9io5
沉积日期 deposition_date	2024-07-08
最后修订 last_revision	2025-03-12
结构标题 title	Cryo-EM structure of G1-ATPase dimer from Mycoplasma mobile gliding machinery
关键词 keywords	ATPase, Complex, kinase, Ring, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	76.18 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	76.07 Å
零角强度 I(0) i0	12164100000.00
分子量 molecular_weight	986840.0 kDa
排除体积 excluded_volume	1255300 Å³
包络体积 envelope_volume	1906600 Å³
水化壳体积 shell_volume	202920 Å³
包络直径 envelope_diameter	295.5 Å
壳层 Rg shell_rg	78.70 Å
包络 Rg envelope_rg	75.25 Å
形状 Rg shape_rg	76.12 Å
总 Rg total_rg	75.91 Å
总原子数 total_atoms	69678
残基数 n_residues	8952
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	265.5 Å
Rg (实空间) rg_real	76.31 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.76 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2160e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.7530e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	75.55 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	12140000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8481
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	75.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.445
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.182
角度范围 angular_range	— – 0.1050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	2148000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	22
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.798; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.980; Smooth: 0.653

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (12)

Entity 1 polymer

描述 description	G1-ATPase subunit beta
分子量 formula_weight	88510.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.3.14
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,H,I,J
原子数 atom_count	69678

MTTNNLTELEILNIKKYLKTVNLNTLRAYARRNVKDFSEKLIKVKVIEKIVEHDKKFDNIEDSIFVQISSQFGVNFETILDGSFFLGQKAAKAMPKTFDTKIISETKSVQKFEEVKFATSSKTEKIISEEKEILHLIEQSKRDRDFIDNFSKILEEKNLTEEHQHMSCQVCYDHEKKHSDHNEKYATEHCDACVYHDFSDLDPEFVASTYTEEEIIHNLLFKLYSVEQLALFTIDQLNALLFARGLGLEKNKVRAIKSLLTLQTSYEFMEKSQAALLPKVSFNPTNPLKPIEEKEFTIFGEIVEIRSQVYKIRIDKAEEEVLPKVIFYADVNGKEIQLEVADIFDKNLVSTFVLGNETGLKIGTKVKSKNQSYAIKISKRLLGRVIDPIGKILDDSIATPVHGNMYAPLEMQHDSEATRYVVSPKNAILETGIKVIDVLLPIPKGGKTGLLGGAGVGKTVIVQELINAFIKFHDGVSVFAGIGERIREGHELWKEAEALGFLNKTAFIFGQMNESPGLRFRSGISGVKVAEYFRNNLGKSVLLFMDNIFRYVQAGSEISSLLEKTPSAVGYQPTLFSEMGQLQERINSTKDGDITSIQAMYIPADDFTDPAAVAAFAHFDSTIILSRQLAAEGVYPAIDPLESNSKMLSIKYTSREHLDIAKKTVQTLEKTKTLEDIINILGFDALSEDDKKVVEVGRRLKWFLTQPFVVAEKFSGVPGKFVRLKDSLKGIKTILDGDLNHIPVSYFSFVGVVEEIIEKFNLDAKKEALKNELEQNQKDLASII

Entity 2 polymer

描述 description	G1-ATPase subunit alpha
分子量 formula_weight	58794.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.3.14
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E,F,K,L,M

MKNLKITAIKDNLIFVEGEHQFSFLEIIKFSDKVEGVVLKANDRSAIVAILNEDKDLNLTVGSLAEATGELYKIPIYDNYLGSIINVLGESLVKQYERTNVALDKKYVFTEAQPIFTRSAVNEPLVTGITVVDGVLPVGRGQKELIIGDRGTGKTAIALNAMLAQENTDVINIFIAIGKKRDEIVEIYGTFKKHNILHKSIIVSAASDDAVAARYLAPYAGMAIAEFFQQIGKDVLVVMDDLTNHADAYRELSLLAGIAPAREAYPGDIFYVHSSLLERGGKYGPEFGGGSITILPIAQTLAGDISGYIPTNLISITDGQIYTSAKLFNEGTRPAIDVNLSVSRLGSAAQSKFMAFASSGLKKIYTEYKYLKRLSSFSSKISNRDLETLQKGKAFESLIDQAEYEVIDYETSAILFLLLKKGFLNFYTEKTEALKVIIGVIKVFLAKDVLGRKMRAILVEHGIDSIVWNLYLNHMILPLLKYHLLSELQYLATNREFIKKFKDIRNDGRILLAYERKGYERGIAYDYK

Entity 3 polymer

描述 description	G1-ATPase subunit gamma
分子量 formula_weight	39810.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,N

MKRKDVEEKKQNLDFYHNYIDISKIKVLQKLNEEIASLNMLKLQKGESHYLLNRIINKWFPHNSNIYHELHHENDRKELYILIDPKKLDLFSEALLRKLSQTVKERIRPDKDFVITVGTNVDNIARQLNLNIIDHYDLDLFNQIDDFANRIGELVDVGLNNKIFNYVSLLIAQSSTKNNGGLVQERIVPFNTKNIKVWNESNQDENGMPIVSEENEVEIMSYAKTLRNINFKKHTWLPNINTFYEQFVKSVFKQELFEFKSISVIEELKIELQLLDEKKKRLEEQKKELILKWNRARKEEATLQSTLLFSAFKVKNQKSTRDEILRLSKGKNRNGA

Entity 4 polymer

描述 description	Phosphoglycerate kinase
分子量 formula_weight	56680.8 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.2.3
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	O,P,Q

MKKTLDQISLKNKKVIIRVDFNVPIVNGIVTSNKRIEAVIPTIKKVVNEGGKAILMSHLGRVKSEEDLKKKSLAPVVEILVNLLGMPITFVPATNGTELEETINSMKSGEIVMMENTRFEDLNNDAESSNNPDLGMYWASLGDVFINDAFGTVHRKHASNVGISTYIAESGIGYLVEKEIKNLDKALSRPERPIVAILGGAKVSDKIGVLNNLLKYVDKIIIGGAMAYTFLAAQGIGIGKSLVEEDKIDLAREYLKNNLDKFVLPIDYALAKDFEDVKPFYNLENTLEIPNGYMGLDIGPKSIEVFKKYIKDAKTILWNGPLGVTEFKYFKEGTKAIAKAITELKGNVYTVVGGGDSVAIIEELGLDRRFSHVSTGGGATLEFLEGKELPGIQAIQNEGELGRTKEEIFSILTQNSEEVLHEHTAAFSTSEVEPANEEFPSEYNDSNSQTYFSNEVENDEDFLLNTNDFPTREASFPNEVKTEEIILNENDDEFDIEDEELDSLPNDDIKF

Entity 5 polymer

描述 description	G1-ATPase subunit D
分子量 formula_weight	33754.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	R,S,T,U,V,W

MKKTDKNQTGKEIMKKELLIKTNEQDINLAPKSQSTSKKLSNTWNYEELINQTKEIDVNSKIVKTELEYVEEDSRLRKEKIELIQKNYDNLNAKPLVGVDLYESYSLVLNKSAWNYNEIIQRDTQLTILDMALQVHLFLYEGKIIDIAHIQKIIKTFVLNVFAKIIKGVPIVLNPIIIFDSVRFDKSKILPVAVANPKLMPPLGVQDWDTIVDEDEEIKKIVSTFIKLLENALTVGHEVEFFQDTLLVRNVDGITSLYVSEKAAQVFNNSVIDQIMPEKPKYEALEDPFSNKK

Entity 6 polymer

描述 description	G1-ATPase subunit E
分子量 formula_weight	13264.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	X

MTKNIFANKIANQKAYFKRDIKTVHTFLGRVNYIQRASKFNDEKRVFRPLQIELSGTNEIVDIYLEATTYISKKALDEIRQNSYIFLEAKWLPESNFLNNPLFEIQNIVIEN

Entity 7 polymer

描述 description	UNKNOWN HELIX
分子量 formula_weight	1124.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Y

XXXXXXXXXXXXX

Entity 8 polymer

描述 description	UNKNOWN HELIX
分子量 formula_weight	784.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Z

XXXXXXXXX

Entity 9 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 10 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

Entity 11 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 12 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.20 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	142490

fit	/app/data/saxs_computation/io/9io5/9io5.fit
pddf	/app/data/pr_computation/io/9io5/9io5.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/io/9io5/9io5.dat

Cryo-EM structure of G1-ATPase dimer from Mycoplasma mobile gliding machinery

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (12)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

Entity 9 non-polymer

Entity 10 non-polymer

Entity 11 non-polymer

Entity 12 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)