9ioa

Cryo-EM structure of the tetrameric DRT9-ncRNA complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 205.9 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9ioa
沉积日期 deposition_date	2024-07-08
结构标题 title	Cryo-EM structure of the tetrameric DRT9-ncRNA complex
关键词 keywords	RNA BINDING, PROTEIN-RNA COMPLEX, ANTIVIRAL PROTEIN/RNA, ANTIVIRAL PROTEIN-RNA complex; ANTIVIRAL PROTEIN/RNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	60.36 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	57.23 Å
零角强度 I(0) i0	5396620000.00
分子量 molecular_weight	455600.0 kDa
排除体积 excluded_volume	502120 Å³
包络体积 envelope_volume	837630 Å³
水化壳体积 shell_volume	120310 Å³
包络直径 envelope_diameter	231.6 Å
壳层 Rg shell_rg	60.62 Å
包络 Rg envelope_rg	56.64 Å
形状 Rg shape_rg	57.02 Å
总 Rg total_rg	57.77 Å
总原子数 total_atoms	55068
残基数 n_residues	2660
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	205.9 Å
Rg (实空间) rg_real	60.25 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.64 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.3960e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0880e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	60.42 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	5398000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8681
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	71.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.299
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.320
角度范围 angular_range	— – 0.1300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0008
最高正则化参数 α highest_alpha	299100000.0000
实空间数据点数 n_real_points	27
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.827; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.963; Smooth: 0.835

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

描述 description	RNA (177-MER)
分子量 formula_weight	56793.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	D,F,H,B
原子数 atom_count	55068

AUUCUCUCAUAGGGAUAACGGUGUGGCCUUCUACCUGUUAGAAAUAAUGGGUCUUCAGUUGUAAUUCGUUGCAACUGACGGGGGGGUGGUGUCAAAGCCGUUUCAACCAAGUGGUAACUUACUUUUACUUGGGUUUAUACCGUGGAAAAGCCUGAGUCUAACUCAGGCUUUUUUGUU

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

Entity 2 polymer

描述 description	RNA-dependent DNA polymerase
分子量 formula_weight	58319.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G

MKLEQQIQRVILEEAKALIKDYHEYHNRVHLESVRNKKRLGDSAPDKKIHRPNYWSFDKKFDPFYVKSNYKSIARSIANKIENRTYLPNEPFTKDVPKPDGGIRKVSIYQIPDAAISKLFFNRLLAKNRHRFSSFSYAYRNDRNVHFAIQDISVDLKKNERTFLAEFDFSDFFGSISHSFLNEQFNENGFYISPEEKFIIRSFLRERKVGIPQGTSISLFLANLTCWKLDQDLEREGVKFSRYADDTIIWSQEYSKICNAFNIITNFSKSAGIKINPKKSEGISLLTKKGLPSEITSKNNLDFLGYTLSVENVSIKEKSVKKIKKQISYILYRNLIQPLKKTSLAGQTIPANDRDKNFLIAICEIRRYMYGGLSKSQIKDYLSGRSNRLYFKGIMSFYPLVNDVEQLKQLDGWIVSVIYRALKLRCQLLSKWGYNRSHNFPFILDREDIVDKCSKKTIAGRKLFEIPSFLLIHKALQKGLQESGIEKIMNPQSLNYDYE

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.590 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

fit	/app/data/saxs_computation/io/9ioa/9ioa.fit
pddf	/app/data/pr_computation/io/9ioa/9ioa.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/io/9ioa/9ioa.dat

Cryo-EM structure of the tetrameric DRT9-ncRNA complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)