9isa

Dimeric amylosucrase from Deinococcus geothermalis

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 118.3 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9isa
沉积日期 deposition_date	2024-07-17
最后修订 last_revision	2025-01-22
结构标题 title	Dimeric amylosucrase from Deinococcus geothermalis
关键词 keywords	amylosucrase, dimerization, sucrose isomer, CARBOHYDRATE; CARBOHYDRATE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	35.05 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	34.05 Å
零角强度 I(0) i0	320329000.00
分子量 molecular_weight	142950.0 kDa
排除体积 excluded_volume	178190 Å³
包络体积 envelope_volume	220660 Å³
水化壳体积 shell_volume	52431 Å³
包络直径 envelope_diameter	115.6 Å
壳层 Rg shell_rg	41.92 Å
包络 Rg envelope_rg	33.74 Å
形状 Rg shape_rg	34.09 Å
总 Rg total_rg	34.47 Å
总原子数 total_atoms	10119
残基数 n_residues	1267
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	118.3 Å
Rg (实空间) rg_real	36.02 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.38 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.1790e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.4870e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	35.01 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	320400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7019
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	42.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.378
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.187
角度范围 angular_range	— – 0.2250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	2.6220
最高正则化参数 α highest_alpha	81360000.0000
实空间数据点数 n_real_points	46
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.872; Stabil: 0.911; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.803

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

描述 description	Amylosucrase
分子量 formula_weight	72805.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	10170

LTSELAAQVRDAFDDDRDAETFLLRLERYGEDLWESLRAVYGDQVRALPGRLLEVMLHAYHARPAELRRLDEARLLRPDWLQRPEMVGYVAYTDRFAGTLKGVEERLDYLEGLGVKYLHLMPLLRPREGENDGGYAVQDYRAVRPDLGTMDDLSALARALRGRGISLVLDLVLNHVAREHAWAQKARAGDPKYRAYFHLFPDRRGPDAFEATLPEIFPDFAPGNFSWDEEIGEGEGGWVWTTFNSYQWDLNWANPDVFLEFVDIILYLANRGVEVFRLDAIAFIWKRLGTDCQNQPEVHHLTRALRAAARIVAPAVAFKAEAIVAPADLIHYLGTRAHHGKVSDMAYHNSLMVQLWSSLASRNTRLFEEALRAFPPKPTSTTWGLYVRCHDDIGWAISDEDAARAGLNGAAHRHFLSDFYSGQFPGSFARGLVFQYNPVNGDRRISGSAASLAGLEAALETGDPGRIEDAVRRLLLLHTVILGFGGVPLLYMGDELALLNDYAFEDVPEHAPDNRWVHRPQMDWALAERVRQEPSSPAGRVNTGLRHLLRVRRDTPQLHASIESQVLPSPDSRALLLRRDHPLGGMVQVYNFSEETVMLPSHVLRDVLGDHVQDRLSGSAFRLDRPTVRLEGYRALWLTAGEAPA

来源 Source

来源生物 organism	Deinococcus geothermalis (strain DSM 11300 / CIP 105573 / AG-3a)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	319795
宿主生物 host_organism	Escherichia coli str. K-12 substr. DH10B

Entity 2 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	40

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	149.917 Å
晶胞边长 b length_b	149.917 Å
晶胞边长 c length_c	188.131 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.690 Å
最低分辨率 resolution_low	46.220 Å
R 因子 r_factor	0.1785
R_work r_work	0.1764
R_free r_free	0.2198

fit	/app/data/saxs_computation/is/9isa/9isa.fit
pddf	/app/data/pr_computation/is/9isa/9isa.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/is/9isa/9isa.dat

Dimeric amylosucrase from Deinococcus geothermalis

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)