9isk

Cryo-EM structure of KpFtsZ-ZapA complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 164.0 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9isk
沉积日期 deposition_date	2024-07-18
最后修订 last_revision	2025-07-23
结构标题 title	Cryo-EM structure of KpFtsZ-ZapA complex
关键词 keywords	bacterial cell division, divisome, FtsZ, ZapA, CELL CYCLE; CELL CYCLE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	47.19 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	47.11 Å
零角强度 I(0) i0	973442000.00
分子量 molecular_weight	249010.0 kDa
排除体积 excluded_volume	308520 Å³
包络体积 envelope_volume	424780 Å³
水化壳体积 shell_volume	76535 Å³
包络直径 envelope_diameter	176.1 Å
壳层 Rg shell_rg	49.82 Å
包络 Rg envelope_rg	46.65 Å
形状 Rg shape_rg	47.08 Å
总 Rg total_rg	47.30 Å
总原子数 total_atoms	17394
残基数 n_residues	2324
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	164.0 Å
Rg (实空间) rg_real	47.30 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.88 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.7340e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.8680e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	47.19 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	973300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8657
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	54.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.436
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.098
角度范围 angular_range	— – 0.1650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	60120000.0000
实空间数据点数 n_real_points	34
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.805; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.835

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Cell division protein FtsZ
分子量 formula_weight	40379.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	17394

MFEPMELTNDAVIKVIGVGGGGGNAVEHMVRERIEGVEFFAVNTDAQALRKTAVGQTIQIGSGITKGLGAGANPEVGRNAADEDREALRAALDGADMVFIAAGMGGGTGTGAAPVVAEVAKDLGILTVAVVTKPFNFEGKKRMAFAEQGITELSKHVDSLITIPNDKLLKVLGRGISLLDAFGAANDVLKGAVQGIAELITRPGLMNVDFADVRTVMSEMGYAMMGSGVASGEDRAEEAAEMAISSPLLEDIDLSGARGVLVNITAGFDLRLDEFETVGNTIRAFASDNATVVIGTSLDPDMNDELRVTVVATGIGMDKRPEITLVTNKQVQQPVMDRYQQHGMSPLTQEQKPAAKVVNDNTPQTAKEPDYLDIPAFLRKQAD

来源 Source

来源生物 organism	Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae MGH 78578
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	272620
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Cell division protein ZapA
分子量 formula_weight	12609.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,I,H,J,K,M,L,N

MSAQPVDLQIFGRSLRVNCPPEQRDALNQAAEDLNQRLQDLKERTRVTNTEQLVFIAALNISYELTQEKAKTRDYASSMEQRIRMLQQTIEQALLEQGRISERPGSKFE

来源 Source

来源生物 organism	Klebsiella pneumoniae 342
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	507522
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 non-polymer

描述 description	PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER
分子量 formula_weight	521.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 5 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	2.730 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	2.73 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	54670

fit	/app/data/saxs_computation/is/9isk/9isk.fit
pddf	/app/data/pr_computation/is/9isk/9isk.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/is/9isk/9isk.dat

Cryo-EM structure of KpFtsZ-ZapA complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)