9itt

Chloroflexus aurantiacus ADP-bound ATP synthase, state 2

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 215.4 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9itt
沉积日期 deposition_date	2024-07-20
结构标题 title	Chloroflexus aurantiacus ADP-bound ATP synthase, state 2
关键词 keywords	ATP synthesis, proton channels, proton-motive force, proton translocation, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	63.39 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	64.01 Å
零角强度 I(0) i0	4111670000.00
分子量 molecular_weight	535410.0 kDa
排除体积 excluded_volume	668530 Å³
包络体积 envelope_volume	1008000 Å³
水化壳体积 shell_volume	131960 Å³
包络直径 envelope_diameter	231.4 Å
壳层 Rg shell_rg	63.79 Å
包络 Rg envelope_rg	64.29 Å
形状 Rg shape_rg	64.11 Å
总 Rg total_rg	63.68 Å
总原子数 total_atoms	37735
残基数 n_residues	5217
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	215.4 Å
Rg (实空间) rg_real	63.89 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.96 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.1120e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.3900e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	62.92 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	4105000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8168
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	60.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.513
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.371
角度范围 angular_range	— – 0.1250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	612400000.0000
实空间数据点数 n_real_points	26
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.729; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.433

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (12)

Entity 1 polymer

描述 description	ATP synthase subunit alpha
分子量 formula_weight	56563.3 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.2.2
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	37735

MTTITEELIARLKQGITSGVDLQPRQVNVGTVIAVGDGVARLSGLDQVVASEIVEFPPKAGRNESIYGIALNLEQDSVAAIILGDDETIEEGDMVTSTGRVISVPVGQGLLGRVVNPLGQPIDGKGPIVYEKTRPIERIAPGVITRKSVDTPVQTGIIAIDALIPIGRGQRELIIGDRQTGKTAVAIDTILNQKGQGMVCIYVAIGQRRAQVAQVVGTLERFGAMEYTIVVSATASESAALQYIAPYAGCAMGEEIMENGVMLNGQLVKDALIVYDDLSKHAVAYRQVSLLLRRPPGREAYPGDVFYLHSRLLERAARLNEEYGGGSLTALPVIETQANDVSAYIPTNVISITDGQIYLESDLFNAGQRPALNVGISVSRVGGAAQTRAMRAVAGKLKGELAQFRDLAAFAQFASDLDATTKAQIERGQRLQELLKQPQYQPLPVEDQVAVLYAATNNYLDDVPVPLITKWRDDFLAFLRTAHPEVRKLIYDNRLDRKFPTPEVKEALEAAIKEFKATSNYS

Entity 2 polymer

描述 description	ATP synthase subunit beta
分子量 formula_weight	51755.7 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.2.2
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E,F

MPAKGVIQEIIGVVIRAKFPEDEVPEIYNAIEIPLGNGDRLVCEVQQQLGNGVVKAVAMGSTDGLRRGLEVIDTGRPIAVPVGPATLGRVFNVLGDPIDGMGPIGPEVERRPIHRDPPSFEEQNTQAQIFETGIKVIDLIAPFTRGGKTAIFGGAGVGKTVVIQELIANIAKEQSGFSVFAGVGERSREGNDLIHEMKEARIDENTTVFDKTVMVFGQMNEPPGARLRVGLTALTMAEYFRDEGRDILLFIDNIFRFVQAGSEVSSLLGRMPSQVGYQPTLGTEMGELQERITSTKRGSITSMQAVYVPADDYTDPAPATVFSHLDATISLERSIAERAIFPAVDPLASTSRILDPNIVGEEHYRVAQEVKRVLQRYKDLKDIIAILGMEELSDEDKLTVQRARKIELFFSQPFTVAQQFTGRPGKYVPVKKTVESFARLLNGEGDHIPESFFYMQGDFDDVLAAYEASQK

Entity 3 polymer

描述 description	ATP synthase gamma chain
分子量 formula_weight	32119.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MPSSREIKRRIRSVKNVAQITRAMEMVSASKMRRAQRNVLATRPYADRMREVMANLTARVVGAARRGTLLEKRETVKSVALLVVTPDRGLCGSLVANVLRRAGRFITEQRAMGRTVDVYTFGRKGRDFFLRTGFAPAGEATRLGDAPKLEAILGVAISAINGFQSGKYDELYIIYSEFINTLVQRPAIKQLLPVESPDISTTTNVDYTYEPGEEEVLNSILPRYVETQIYQAVLESIASEHSARMVAMRNATNNAKDLVRDLTLSFNKARQAAITKEVSEIASGAAALTS

Entity 4 polymer

描述 description	ATP synthase epsilon chain
分子量 formula_weight	15694.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	R

MPIHLEIVTAERVILSDDVDMISAPTKDGRVGILPRHAPLMTILEPGELDIIKNGERTPFAVSGGFMEVLPHRVTILADTVERADEIDEARAEQARAEAEARRREAQSERDMALAEAKLRKEMVRLRVAQLHKIKRRQS

Entity 5 polymer

描述 description	ATP synthase subunit delta
分子量 formula_weight	16552.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	S,W

MATTIDARALAAPLVEALLTTAAEQIRAAAPRIAGLSASEAAAVLPADLLPQVRNFLLTMAKEGLTGELNAVAAALPGYLETGSRAVDASVTSAIELSAEQKERITRELQQRYGDVHVTYHVDPTLIGGLIIRVGDQVLDNSLRARLSAIQRVLQAS

Entity 6 polymer

描述 description	ATP synthase subunit b
分子量 formula_weight	18710.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Y,V,U,X

MEALGINPTLFIAQLINFLLLIFILRALLYRPVMNLLNERTRRIEESVRDAEKVREQLANARRDYEAEIARARQEAAKIVAQAQERAKQQEAEIIAQARREAERLKEEARAQAEQERIRMLSEAKSQIADLVTLTASRVLGAELQARGHDALIAESLAALDRRN

Entity 7 polymer

描述 description	ATP synthase subunit c
分子量 formula_weight	7688.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	10

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q

MEGLNLVATALAVGLGAIGPGVGIGIIVSGAVQAIGRNPEIENRVVTYMFIGIAFTEALAIFGLVIAFLIGFGVLQ

Entity 8 polymer

描述 description	ATP synthase subunit a
分子量 formula_weight	34176.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Z,T

MSTRTRNILIIVGALIISIASRFFLYTGPPHVEVAAEVIFDGIPGFPITNSFVVAIIIDIFVIALAVAATRNLQMVPRGLQNVMEFILESLYNLFRNINAKYVATAFPLVATIFLFVLFGNWFGLLPGVGSIGVCHEKKEEHAVVDERLALAAPAAPLSSVAAAEGEEIHDTCAAQGKKLVPLFRAPAADLNFTFAIAVISFVFIEYWGFRALGPGYLKKFFNTNGIMSFVGIIEFISELVKPFALAFRLFGNIFAGEVLLVVMAFLVPLLLPLPFYGFEVFVGFIQALIFALLTYAFLNIAVTGHDEEHAH

Entity 9 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 10 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 11 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 12 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.96 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	58297

fit	/app/data/saxs_computation/it/9itt/9itt.fit
pddf	/app/data/pr_computation/it/9itt/9itt.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/it/9itt/9itt.dat

Chloroflexus aurantiacus ADP-bound ATP synthase, state 2

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (12)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

Entity 9 non-polymer

Entity 10 non-polymer

Entity 11 non-polymer

Entity 12 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)