9iu5

Cryo-EM structure of the large serine recombinase Bxb1 in complex with attP and attB (CA/CA CDN) in the post-strand exchange state

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 196.5 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9iu5
沉积日期 deposition_date	2024-07-20
结构标题 title	Cryo-EM structure of the large serine recombinase Bxb1 in complex with attP and attB (CA/CA CDN) in the post-strand exchange state
关键词 keywords	large serine recombinase, DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	57.01 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	56.01 Å
零角强度 I(0) i0	1559460000.00
分子量 molecular_weight	280260.0 kDa
排除体积 excluded_volume	330620 Å³
包络体积 envelope_volume	557260 Å³
水化壳体积 shell_volume	87599 Å³
包络直径 envelope_diameter	205.6 Å
壳层 Rg shell_rg	54.04 Å
包络 Rg envelope_rg	54.59 Å
形状 Rg shape_rg	55.95 Å
总 Rg total_rg	56.12 Å
总原子数 total_atoms	19472
残基数 n_residues	2140
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	196.5 Å
Rg (实空间) rg_real	57.03 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.29 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5590e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.1790e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	56.97 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1559000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8747
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	77.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.282
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.300
角度范围 angular_range	— – 0.1400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	54520000.0000
实空间数据点数 n_real_points	29
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.866; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.769

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (10)

Entity 1 polymer

描述 description	Integrase
分子量 formula_weight	56439.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	19472

MRALVVIRLSRVTDATTSPERQLESCQQLCAQRGWDVVGVAEDLDVSGAVDPFDRKRRPNLARWLAFEEQPFDVIVAYRVDRLTRSIRHLQQLVHWAEDHKKLVVSATEAHFDTTTPFAAVVIALMGTVAQMELEAIKERNRSAAHFNIRAGKYRGSLPPWGYLPTRVDGEWRLVPDPVQRERILEVYHRVVDNHEPLHLVAHDLNRRGVLSPKDYFAQLQGREPQGREWSATALKRSMISEAMLGYATLNGKTVRDDDGAPLVRAEPILTREQLEALRAELVKTSRAKPAVSTPSLLLRVLFCAVCGEPAYKFAGGGRKHPRYRCRSMGFPKHCGNGTVAMAEWDAFCEEQVLDLLGDAERLEKVWVAGSDSAVELAEVNAELVDLTSLIGSPAYRAGSPQREALDARIAALAARQEELEGLEARPSGWEWRETGQRFGDWWREQDTAAKNTWLRSMNVRLTFDVRGGLTRTIDFGDLQEYEQHLRLGSVVERLHTGMS

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium phage Bxb1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2902907
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	attP-L
分子量 formula_weight	8315.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E1

GTGGTTTGTCTGGTCAACCACCGCGGT

Entity 3 polymer

描述 description	attP-R
分子量 formula_weight	7668.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E2

CTCAGTGGTGTACGGTACAAACCCA

Entity 4 polymer

描述 description	attP-L
分子量 formula_weight	7678.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	F1

CGCGGTGGTTGACCAGACAAACCAC

Entity 5 polymer

描述 description	attP-R
分子量 formula_weight	8292.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	F2

TGGGTTTGTACCGTACACCACTGAGAC

Entity 6 polymer

描述 description	attB-L
分子量 formula_weight	7412.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	G1

GGCCGGCTTGTCGACGACGGCGCA

Entity 7 polymer

描述 description	attB-R
分子量 formula_weight	6704.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	G2

CTCCGTCGTCAGGATCATCCGG

Entity 8 polymer

描述 description	attB-L
分子量 formula_weight	6699.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	H1

CGCCGTCGTCGACAAGCCGGCC

Entity 9 polymer

描述 description	attB-R
分子量 formula_weight	7404.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	H2

CCGGATGATCCTGACGACGGAGAC

Entity 10 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.630 Å
最低分辨率 resolution_low	3.630 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	3.63 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	149931

fit	/app/data/saxs_computation/iu/9iu5/9iu5.fit
pddf	/app/data/pr_computation/iu/9iu5/9iu5.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/iu/9iu5/9iu5.dat

Cryo-EM structure of the large serine recombinase Bxb1 in complex with attP and attB (CA/CA CDN) in the post-strand exchange state

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (10)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

Entity 9 polymer

聚合体 Polymer

Entity 10 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)