SAXSdb — 9ivk

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9ivk
沉积日期 deposition_date	2024-07-23
结构标题 title	cryo-EM structure of a tmFAP
关键词 keywords	;de novo protein design; transmembrane protein; ligand binding; fluorogenic; membrane; fluorescent protein., MEMBRANE PROTEIN/IMMUNE SYSTEM, MEMBRANE PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex ;; MEMBRANE PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	35.86 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	37.35 Å
零角强度 I(0) i0	46611600.00
分子量 molecular_weight	57468.0 kDa
排除体积 excluded_volume	73160 Å³
包络体积 envelope_volume	94741 Å³
水化壳体积 shell_volume	23822 Å³
包络直径 envelope_diameter	134.4 Å
壳层 Rg shell_rg	37.92 Å
包络 Rg envelope_rg	37.39 Å
形状 Rg shape_rg	37.35 Å
总 Rg total_rg	37.39 Å
总原子数 total_atoms	4059
残基数 n_residues	507
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	129.1 Å
Rg (实空间) rg_real	36.76 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.80 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.6610e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.2090e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	36.20 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	46590000.0000
解质量估计 total_estimate	0.4399
解质量评级 solution_quality	SUSPICIOUS a SUSPICIOUS solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	26.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.737
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.324
角度范围 angular_range	— – 0.2200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3758000.0000
实空间数据点数 n_real_points	45
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.282; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.101; Positv: 1.000; Valcen: 0.102; Smooth: 0.464

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	HBC599 membrane protein binder
分子量 formula_weight	33037.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4077

DEERLKEILFFLLLIIIFVVFLLIVDYKFLEEFKEKNVTDKEEFNEVIKIDEAVMLISAFLLAIAAALLKELEELIRKRFEEWEKEEETLKKLEDNWETLNDNLKVIEKADNAAQVKDALTKMRAAALDAQKATPPKLEDKSPDSPEMKDFRHGFDILVGQIDDALKLANEGKVKEAQAAAEQLKTTRNAYIQKYLEKAKETMEKRKEIRRELEKILGVLAGLYVGAAFLMVIAKFLTKKIKEENTTDKEKLNEWYEFVYVLLIFAFFIILAIAVVLLKLLEILG

来源 Source

来源生物 organism	artificial sequences
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	81077
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Heavy chain, Fab fragment
分子量 formula_weight	24321.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

EISEVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFNVVDFSLHWVRQAPGKGLEWVAYISSSSGSTSYADSVKGRFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCARWGYWPGEPWWKAFDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	Light Chain, Fab fragment
分子量 formula_weight	23353.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

SDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSVSSAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASSLYSGVPSRFSGSRSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQYLYYSLVTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDSQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 non-polymer

描述 description	4-[(Z)-1-cyano-2-{6-[(2-hydroxyethyl)(methyl)amino]-1-benzothiophen-2-yl}ethenyl]benzonitrile
分子量 formula_weight	359.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	2.74 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	453223

fit	/app/data/saxs_computation/iv/9ivk/9ivk.fit
pddf	/app/data/pr_computation/iv/9ivk/9ivk.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/iv/9ivk/9ivk.dat

cryo-EM structure of a tmFAP

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)