SAXSdb — 9iw2

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9iw2
沉积日期 deposition_date	2024-07-25
结构标题 title	Chikungunya virus E protein complexed with C37 Fab
关键词 keywords	chikungunya, antibody, ANTIVIRAL PROTEIN; ANTIVIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	48.95 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	50.17 Å
零角强度 I(0) i0	254067000.00
分子量 molecular_weight	128140.0 kDa
排除体积 excluded_volume	159080 Å³
包络体积 envelope_volume	235110 Å³
水化壳体积 shell_volume	43152 Å³
包络直径 envelope_diameter	177.5 Å
壳层 Rg shell_rg	46.68 Å
包络 Rg envelope_rg	50.10 Å
形状 Rg shape_rg	50.11 Å
总 Rg total_rg	50.23 Å
总原子数 total_atoms	9007
残基数 n_residues	1170
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	169.7 Å
Rg (实空间) rg_real	49.95 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.12 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.5410e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.7620e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	48.96 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	253700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7190
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	31.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.566
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.476
角度范围 angular_range	— – 0.1600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	16350000.0000
实空间数据点数 n_real_points	33
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.546; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.374; Smooth: 0.331

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	CHIKV E1
分子量 formula_weight	46030.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F
原子数 atom_count	9007

GGGGSGGGGSGGGGSGGGGSYEHVTVIPNTVGVPYKTLVNRPGYSPMVLEMELLSVTLEPTLSLDYITCEYKTVIPSPYVKCCGTAECKDKNLPDYSCKVFTGVYPFMWGGAYCFCDAENTQLSEAHVEKSESCKTEFASAYRAHTASASAKLRVLYQGNNITVTAYANGDHAVTVKDAKFIVGPMSSAWTPFDNKIVVYKGDVYNMDYPPFGAGRPGQFGDIQSRTPESKDVYANTQLVLQRPAAGTVHVPYSQAPSGFKYWLKERGASLQHTAPFGCQIATNPVRAVNCAVGNMPISIDIPEAAFTRVVDAPSLTDMSCEVPACTHSSDFGGVAIIKYAASKKGKCAVHSMTNAVTIREAEIEVEGNSQLQISFSTALASAEFRVQVCSTQVHCAAECHPPKDHIVNYPASHTTLGVQDISATAMSWVQK

来源 Source

来源生物 organism	Chikungunya virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	37124
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	C37 Heavy Chain
分子量 formula_weight	28556.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

EFATMETDTLLLWVLLLWVPGSTGDQVQLQESGPGLVKPSETLSLTCTVSGGSIGSSSYYWGWIRQPPGKGLQWIGSFHYSGTTYYNPSLKSRVTISVDTSKNHFSLKLSSVTAADTAVYYCASRQNWNDGYFDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDKTHTCPPCPHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	C37 light chain
分子量 formula_weight	25950.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

METDTLLLWVLLLWVPGSTGDDIQMTQSPATLSLSPGERATLFCRASQSVSSSLAWYQQKPGQAPRLLIYDASNRATGIPARFSGSGSGTDFTLTISSLEPEDFAVYYCQQRGNWPPITFGQGTRLDTKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGECS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 polymer

描述 description	Togavirin
分子量 formula_weight	45882.1 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.90
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P

MSLAIPVMCLLANTTFPCSQPPCTPCCYEKEPEETLRMLEDNVMRPGYYQLLQASLTCSPHRQRRSTKDNFNVYKATRPYLAHCPDCGEGHSCHSPVALERIRNEATDGTLKIQVSLQIGIKTDDSHDWTKLRYMDNHMPADAERAGLFVRTSAPCTITGTMGHFILARCPKGETLTVGFTDSRKISHSCTHPFHHDPPVIGREKFHSRPQHGKELPCSTYVQSTAATTEEIEVHMPPDTPDRTLMSQQSGNVKITVNGQTVRYKCNCGGSNEGLTTTDKVINNCKVDQCHAAVTNHKKWQYNSPLVPRNAELGDRKGKIHIPFPLANVTCRVPKARNPTVTYGKNQVIMLLYPDHPTLLSYRNMGEEPNYQEEWVMHKKEVVLTVPTEGLEVTWGNNEPYKYWPQ

来源 Source

来源生物 organism	Chikungunya virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	37124
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	57.087 Å
晶胞边长 b length_b	118.995 Å
晶胞边长 c length_c	228.048 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.200 Å
最低分辨率 resolution_low	46.850 Å
R 因子 r_factor	0.2246
R_work r_work	0.2218
R_free r_free	0.2773

fit	/app/data/saxs_computation/iw/9iw2/9iw2.fit
pddf	/app/data/pr_computation/iw/9iw2/9iw2.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/iw/9iw2/9iw2.dat

Chikungunya virus E protein complexed with C37 Fab

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)