9iw3

Cryo-EM structure of Lactobacillus casei DdmE bound with guide and target

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 99.3 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9iw3
沉积日期 deposition_date	2024-07-25
最后修订 last_revision	2025-01-01
结构标题 title	Cryo-EM structure of Lactobacillus casei DdmE bound with guide and target
关键词 keywords	Ago, DNA BINDING PROTEIN/DNA, DNA BINDING PROTEIN-DNA complex; DNA BINDING PROTEIN/DNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.57 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.92 Å
零角强度 I(0) i0	181968000.00
分子量 molecular_weight	98546.0 kDa
排除体积 excluded_volume	119680 Å³
包络体积 envelope_volume	154460 Å³
水化壳体积 shell_volume	42384 Å³
包络直径 envelope_diameter	106.2 Å
壳层 Rg shell_rg	37.73 Å
包络 Rg envelope_rg	29.79 Å
形状 Rg shape_rg	29.91 Å
总 Rg total_rg	30.58 Å
总原子数 total_atoms	6879
残基数 n_residues	763
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	99.3 Å
Rg (实空间) rg_real	30.45 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.69 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.8200e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.7330e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.50 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	182000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8964
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	36.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.211
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.442
角度范围 angular_range	— – 0.2600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	25430000.0000
实空间数据点数 n_real_points	53
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.887; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.987

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	DNA (25-MER)
分子量 formula_weight	7707.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C
原子数 atom_count	6879

AGATTAGAGCCGTCACGTATCAAGT

Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PTPGPAPCPGPGPCPTPCPTPAPAPTPCP*T)-3') ;
分子量 formula_weight	4560.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	B

TGACGGCTCTAATCT

Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PCPTPTPGPAPTPAPCPGPAP*C)-3') ;
分子量 formula_weight	3333.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D

CTTGATACGAC

Entity 4 polymer

描述 description	DdmE
分子量 formula_weight	83294.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

MEQQSMIRTTRLDYKINMMQLQADFKFLVVKIIDRSAFKDYNKLLASWSPEAVTSIRGRYKKGDYLMMFRQLPAIPTIAGLELHEILLEDMGEFKIYPNHLLQLLLNQQSANEKSLLEPCKTPELLISGEEWYREFRDMRQQYYALKLKVNWQQDLEMSVQTFTQVTEFQWDKQIYQFDEKRGRFQLCYQPSPGIYFVQGNHSANRNYIDFLSLQNKSSFYKSKVGVVQLVLDNLNLNAEKYLLRPVTFHKSLVEHSSRLKLSKRETIWQQLAGSSLNIYAQVNDRLSQELADQLADHLIRSQLVRKNSVHVVRSQKIQSGFNIQVIRDVRGRAAEDGYEVAKNDQIVQHLTVENFGHYQEGDKEITWKPKVSGKHHDPARDVAIVKLIQELCIKRDLANGKLKTVEPKLASLTQPLEFYYFAFLKKSFDPEVMVIKLAFTPEMELRFSKKKVRLNALTSDDEYTQVCKRVFDSLAAPKFYSAWDSVDCVVRSGNKQLLIQRLNRTIMPDGKQIRKQLELNRPDKTLWRDKVVEELGELRPMVSGDSDYVAAYEQLQALVTGMRPSFPLKDLDEAARKAGLNPKRRDMRQVNQFLTENATFTLKTTLQRELPDSPLAGMKWIGLTRIEEGEGHFNTFYFVGSDKSLKPVVNRAVTLRRLLPLAGDAGIIDELFPKLAAMMSVEFVRSGQYTVVPYPVKYLREYWYSILRQHPEYR

来源 Source

来源生物 organism	Lacticaseibacillus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2759736
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	3.58 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	18580

fit	/app/data/saxs_computation/iw/9iw3/9iw3.fit
pddf	/app/data/pr_computation/iw/9iw3/9iw3.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/iw/9iw3/9iw3.dat

Cryo-EM structure of Lactobacillus casei DdmE bound with guide and target

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)