9iyk

Crystal structure of hSOD1 in C121 space group

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 167.3 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9iyk
沉积日期 deposition_date	2024-07-30
结构标题 title	Crystal structure of hSOD1 in C121 space group
关键词 keywords	hSOD1, SOD1, superoxide dismutase (Cu-Zn), OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	45.27 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	45.43 Å
零角强度 I(0) i0	641566000.00
分子量 molecular_weight	192380.0 kDa
排除体积 excluded_volume	234300 Å³
包络体积 envelope_volume	326140 Å³
水化壳体积 shell_volume	63386 Å³
包络直径 envelope_diameter	180.9 Å
壳层 Rg shell_rg	46.43 Å
包络 Rg envelope_rg	45.21 Å
形状 Rg shape_rg	45.45 Å
总 Rg total_rg	45.43 Å
总原子数 total_atoms	13431
残基数 n_residues	1840
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	167.3 Å
Rg (实空间) rg_real	45.48 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.51 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.4160e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4400e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	45.27 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	641400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.5955
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	57.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.510
峰度 Kurtosis kurtosis	0.226
角度范围 angular_range	— – 0.1750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	32150000.0000
实空间数据点数 n_real_points	36
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.673; Stabil: 0.999; Sysdev: 0.010; Positv: 1.000; Valcen: 0.906; Smooth: 0.784

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Superoxide dismutase [Cu-Zn]
分子量 formula_weight	16184.0 kDa
EC 编号 ec_number	1.15.1.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,K,F,E,D,B,G,I,L,J,H
原子数 atom_count	14391

SHMATKAVCVLKGDGPVQGIINFEQKESNGPVKVWGSIKGLTEGLHGFHVHEFGDNTAGCTSAGPHFNPLSRKHGGPKDEERHVGDLGNVTADKDGVADVSIEDSVISLSGDHCIIGRTLVVHEKADDLGKGGNEESTKTGNAGSRLACGVIGIAQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	COPPER (II) ION
分子量 formula_weight	63.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	13

Entity 4 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 5 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	493

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	178.190 Å
晶胞边长 b length_b	138.250 Å
晶胞边长 c length_c	112.930 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	129.20 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	48

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.340 Å
最低分辨率 resolution_low	48.920 Å
R 因子 r_factor	0.2014
R_work r_work	0.1981
R_free r_free	0.2632

fit	/app/data/saxs_computation/iy/9iyk/9iyk.fit
pddf	/app/data/pr_computation/iy/9iyk/9iyk.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/iy/9iyk/9iyk.dat