SAXSdb — 9j0a

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9j0a
沉积日期 deposition_date	2024-08-02
最后修订 last_revision	2025-03-19
结构标题 title	Complex structure of ANKRD11/STAG2/RAD21
关键词 keywords	Complex, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	59.84 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	60.31 Å
零角强度 I(0) i0	795090000.00
分子量 molecular_weight	239230.0 kDa
排除体积 excluded_volume	301030 Å³
包络体积 envelope_volume	449530 Å³
水化壳体积 shell_volume	67859 Å³
包络直径 envelope_diameter	211.7 Å
壳层 Rg shell_rg	54.06 Å
包络 Rg envelope_rg	58.93 Å
形状 Rg shape_rg	60.29 Å
总 Rg total_rg	60.20 Å
总原子数 total_atoms	16792
残基数 n_residues	2063
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	196.9 Å
Rg (实空间) rg_real	60.45 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.99 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.9510e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.7700e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	59.29 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	793600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8167
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	68.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.504
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.303
角度范围 angular_range	— – 0.1300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	21660000.0000
实空间数据点数 n_real_points	27
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.867; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.962; Smooth: 0.050

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Cohesin subunit SA-2
分子量 formula_weight	113875.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D
原子数 atom_count	16806

GPGSENMMLFEVVKMGKSAMQSVVDDWIESYKHDRDIALLDLINFFIQCSGCKGVVTAEMFRHMQNSEIIRKMTEEFDEDSGDYPLTMAGPQWKKFKSSFCEFIGVLVRQCQYSIIYDEYMMDTVISLLTGLSDSQVRAFRHTSTLAAMKLMTALVNVALNLSINMDNTQRQYEAERNKMIGKRANERLELLLQKRKELQENQDEIENMMNAIFKGVFVHRYRDAIAEIRAICIEEIGIWMKMYSDAFLNDSYLKYVGWTMHDKQGEVRLKCLTALQGLYYNKELNSKLELFTSRFKDRIVSMTLDKEYDVAVQAIKLLTLVLQSSEEVLTAEDCENVYHLVYSAHRPVAVAAGEFLYKKLFSRRDPEEDGLMKRRGRQGPNANLVKTLVFFFLESELHEHAAYLVDSMWDCATELLKDWECMNSLLLEEPLSGEEALTDRQESALIEIMLCTIRQAAECHPPVGRGTGKRVLTAKEKKTQLDDRTRITELFAVALPQLLAKYSVDAEKVTNLLQLPQYFDLEIYTTGRLEKHLDALLRQIRNIVEKHTDTDVLEACSKTYHALCNEEFTIFNRVDISRSQLIDELADKFNRLLEDFLQEGEEPDEDDAYQVLSTLKRITAFHNAHDLSKWDLFACNYKLLKTGIENGDMPEQIVIHALQCAHYVILWQLAKITESTSTKEDLLRLKKQMRVFCQICQHYLTNVNTTVKEQAFTILCDILMIFSHQIMSGGRDMLEPLVYTPDSSLQSELLSFILDHVFIEQDDDSNSADGQQEDEASKIEALHKRRNLLAAFCKLIVYTVVEMNTAADIFKQYMKYYNDYGDIIKETMSKTRQIDKIQCAKTLILSLQQLFNEMIQENGYNFDRSSSTFSGIKELARRFALTFGLDQLKTREAIAMLHKDGIEFAFKEPNPQGESHPPLNLAFLDILSEFSSKLLRQDKRTVYVYLEKFMTFQMSLRREDVWLPLMSYRNSLLAGGDDDTMSVI

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	64-kDa C-terminal product
分子量 formula_weight	16308.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E

GPGSDPVEPMPTMTDQTTLVPNEEEAFALEPIDITVKETKAKRKRKLIVDSVKELDSKTIRAQLSDYSDIVTTLDLAPPTKKLMMWKETGGVEKLFFLPAQPLWNNRLLKLFTRCLTPLVPEDLRKRRKGGEADNLDEFLKEF

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	Ankyrin repeat domain-containing protein 11
分子量 formula_weight	4783.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F

GPGSPVKDEYEFDEDDEQDRVPPVDDKHLLKKDYRKEAKAN

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	14

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	280.535 Å
晶胞边长 b length_b	48.773 Å
晶胞边长 c length_c	290.906 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	I 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.300 Å
最低分辨率 resolution_low	31.880 Å
R 因子 r_factor	0.2351
R_work r_work	0.2326
R_free r_free	0.2792

fit	/app/data/saxs_computation/j0/9j0a/9j0a.fit
pddf	/app/data/pr_computation/j0/9j0a/9j0a.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/j0/9j0a/9j0a.dat

Complex structure of ANKRD11/STAG2/RAD21

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)