9j19

The crystal structure of COVID-19 main protease in complex with an inhibitor minocycline

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 83.2 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9j19
沉积日期 deposition_date	2024-08-04
结构标题 title	The crystal structure of COVID-19 main protease in complex with an inhibitor minocycline
关键词 keywords	SARS-CoV-2, Mpro, Protease, Antiviral, ANTIVIRAL PROTEIN; ANTIVIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	26.88 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	25.83 Å
零角强度 I(0) i0	70760200.00
分子量 molecular_weight	65021.0 kDa
排除体积 excluded_volume	81105 Å³
包络体积 envelope_volume	100250 Å³
水化壳体积 shell_volume	32253 Å³
包络直径 envelope_diameter	88.2 Å
壳层 Rg shell_rg	33.17 Å
包络 Rg envelope_rg	25.74 Å
形状 Rg shape_rg	25.81 Å
总 Rg total_rg	26.67 Å
总原子数 total_atoms	4557
残基数 n_residues	583
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	83.2 Å
Rg (实空间) rg_real	26.72 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.45 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.0760e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.1790e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	26.77 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	70760000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9090
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	36.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.110
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.577
角度范围 angular_range	— – 0.2950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	34370000.0000
实空间数据点数 n_real_points	60
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.940; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.993

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (2)

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	67.945 Å
晶胞边长 b length_b	90.763 Å
晶胞边长 c length_c	101.307 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	23.170 Å
R 因子 r_factor	0.2533
R_work r_work	0.2502
R_free r_free	0.3141

描述 description	3C-like proteinase nsp5
分子量 formula_weight	32811.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.22.69
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	4568

The crystal structure of COVID-19 main protease in complex with an inhibitor minocycline

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2697049
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

描述 description	(4S,4AS,5AR,12AS)-4,7-BIS(DIMETHYLAMINO)-3,10,12,12A-TETRAHYDROXY-1,11-DIOXO-1,4,4A,5,5A,6,11,12A-OCTAHYDROTETRACENE-2- CARBOXAMIDE
分子量 formula_weight	457.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

fit	/app/data/saxs_computation/j1/9j19/9j19.fit
pddf	/app/data/pr_computation/j1/9j19/9j19.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/j1/9j19/9j19.dat