SAXSdb — 9j1k

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9j1k
沉积日期 deposition_date	2024-08-05
结构标题 title	Tip region of monocin
关键词 keywords	;Bacteriocin, bacteriophage, Siphoviridae, F-type tailocin, phage tail-like bacteriocins, Listeria monocytogenes, monocin, cryo-EM, VIRUS LIKE PARTICLE ;; VIRUS LIKE PARTICLE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	90.88 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	92.85 Å
零角强度 I(0) i0	9944480000.00
分子量 molecular_weight	853470.0 kDa
排除体积 excluded_volume	1069900 Å³
包络体积 envelope_volume	1699600 Å³
水化壳体积 shell_volume	170610 Å³
包络直径 envelope_diameter	356.3 Å
壳层 Rg shell_rg	69.09 Å
包络 Rg envelope_rg	92.76 Å
形状 Rg shape_rg	92.86 Å
总 Rg total_rg	92.51 Å
总原子数 total_atoms	60066
残基数 n_residues	7818
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	259.1 Å
Rg (实空间) rg_real	85.99 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.51 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.5670e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.9780e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	84.25 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	9746000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8635
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	61.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.527
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.619
角度范围 angular_range	— – 0.0850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.5638
最高正则化参数 α highest_alpha	15000000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	18
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.001; Oscil: 0.758; Stabil: 0.986; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.024

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	AA protein
分子量 formula_weight	18010.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	30

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E,F,G,H,a,b,c,d,g,A,B,C,I,N,S,T,U,V,W,Y,Z,e,f,h,n,o,p,q,r
原子数 atom_count	60066

MAFEENLYCDYTPGAAKAVAGKDVILAVFNAAGDKLLAVAGQQGLTVNRSKDSIEITSKDTVGGWKSKIGGMKEWSIENDGLYVADAESHKELAKYFESDSPVCVKIINQASKKGLFGGLAIVADYSFEAPFDEAMTYSVKLDGMGALVDLTITEGGDQMPGETPVAPAE

来源 Source

来源生物 organism	Listeria monocytogenes
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1639
宿主生物 host_organism	Lactococcus lactis

Entity 2 polymer

描述 description	FtbJ
分子量 formula_weight	65312.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J,O,i

MAESKSITFELNESVLTAQVGRLDEMAMVVERRFSELKMTIEDVGNADPGSKISESLGGLQSGLGTISSAFGQLGSSSEAITSGFGTAVGSVGGITDAFKNLGSSVQNGTLFSSLATGIGGMSTMLGGVSGGVQGITNLASGFMELKNHLGGLMSSIGGVGGIMGKLTSPMGLVIIGIVALVAAFTYLMTTNESFRNTVMSVVTQVAQLFGQLVASLMPIIMQIVTAVMQIGAALMPMVMQFISFFAQLLAQLMPFINMLISMLMPVIMQIVQVVMSLVSALLPSIMTVIQGIMSVIQFLIPIIMQIATVVVQIVVTIISYISKIMPIVMTIIGVIVSIITTIISYVVIIATTIASVIGKIISFIASVITAVIGIVQPIIAFITNIFTTIVTIIGAAFQMVFTVASKIWNSIMSTISGIIDGIKAVITGISTTVSSVFNGVKRIITGVFDGIKSAWGGLTDFVGNIFDGVSSAIQTVVDNVKGFVNVVIRGINGAIGLINKIPGVEIGKIPQLISGTTNFQGGFARMNEGGRGEMVVLPSGSQVIPHDATMKYARESARGNKSMLYTSQGADLARVENLLERLLQKNPVIKMDDKVVAEVVSRNQANSFDQYNYTMGGAAYS

来源 Source

来源生物 organism	Listeria monocytogenes
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1639
宿主生物 host_organism	Lactococcus lactis

Entity 3 polymer

描述 description	FtbK
分子量 formula_weight	31373.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K,k,P,X,j,s

MSDLFLELNGKVHSLSETFPGLSVQEVSRQSPQLSMETAEIAGTDGVIPGMTQFKPFIFSAKCNLQALDIPDYHLAVREIYEFLFQRDSYYIWSDQMPGIRYEVHPKPVDFSRESDRVGLLTIEFDVFKGYAESRGTSLDPMTFEVDLWQMGMNLSNRDDLFYVFRENTFRVYNAGSDRVNPLMRHELDIAMTANGTPTIHNLTTGESFEYRKELQKTDVLLLNNIYPLVNNRRVGKDTNHGIITLEKGWNDFEIKGVTDVTIAFNFPFIYR

来源 Source

来源生物 organism	Listeria monocytogenes
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1639
宿主生物 host_organism	Lactococcus lactis

Entity 4 polymer

描述 description	FtbL
分子量 formula_weight	43228.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,Q,l

MDYVIIQSMDKEVEEILTDIDYGSFSYDYEKNTSRAISFTVNKTKQNAAIFDLVGNEAILTYQGQQFVIKKCTPKSIGGTISKQITAQHICYTVQDHVQYNVKSGRKKYSIQTVLEFALQDNVLGFSYEIQGSFPLVELEDLGNKNGLELVNLCLEEFGAILFADNKKLYFYDEKSWYVRTEKQFRYLYNTEEVSVDTNTDNLKTEIKCYGKQKENADKLTGDNKYMAVVTYTSPNEAIYGKRMANAKSDDKITNNDDLLIFAKKQILDVPETALTIAYKGKEPVSERDVWYFIHEPMGFETEVKVTKIKSSHPWSKKFQEIGFSNSRRDMVRIQTQIANQVKKASVDTNKINSFSSIAMNAYDSRILTEVVGVVDGD

来源 Source

来源生物 organism	Listeria monocytogenes
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1639
宿主生物 host_organism	Lactococcus lactis

Entity 5 polymer

描述 description	CCA-adding enzyme
分子量 formula_weight	10635.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M,R,m

MATEIRVLKNVDDTVFYPKTHVTAVEGLDSATTTTSGLMPASDKTKLNGIEANAEKNNVTAIDIANWNKKQDAILVSENGSNFKITVTNAGELKATKVE

来源 Source

来源生物 organism	Listeria monocytogenes
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1639
宿主生物 host_organism	Lactococcus lactis

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.88 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	44283

fit	/app/data/saxs_computation/j1/9j1k/9j1k.fit
pddf	/app/data/pr_computation/j1/9j1k/9j1k.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/j1/9j1k/9j1k.dat

Tip region of monocin

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)