9j2f

Structure of photosynthetic LH1-RC complex from the purple bacterium Blastochloris tepida

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 126.5 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9j2f
沉积日期 deposition_date	2024-08-06
结构标题 title	Structure of photosynthetic LH1-RC complex from the purple bacterium Blastochloris tepida
关键词 keywords	LH1-RC COMPLEX, PHOTOSYNTHESIS, PURPLE BACTERIA; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	47.77 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	46.57 Å
零角强度 I(0) i0	1912430000.00
分子量 molecular_weight	456460.0 kDa
排除体积 excluded_volume	606220 Å³
包络体积 envelope_volume	722150 Å³
水化壳体积 shell_volume	119070 Å³
包络直径 envelope_diameter	137.2 Å
壳层 Rg shell_rg	57.80 Å
包络 Rg envelope_rg	45.97 Å
形状 Rg shape_rg	46.57 Å
总 Rg total_rg	47.03 Å
总原子数 total_atoms	32495
残基数 n_residues	3463
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	126.5 Å
Rg (实空间) rg_real	47.32 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.43 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.9120e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.9870e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	47.76 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1913000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8458
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	61.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.018
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.573
角度范围 angular_range	— – 0.1650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	174200000.0000
实空间数据点数 n_real_points	34
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.997; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (22)

Entity 1 polymer

描述 description	Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit
分子量 formula_weight	39181.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C
原子数 atom_count	32918

MKHMIAKSVATVALASLVSGCFEPPPAISTQTGFRGLSMGEVLHPATVAAKKERDAQYPPALPAVKAEGQPVSKVYKNVKVLGDLTEPEFLRTMTAMTEWVSPKEGCTYCHDEADLSSEAKYPFKVARRMLEMTRHINTDWTSHVAQTGVTCYTCHRGRPVPPYIRYLEPRLPLDNAIKPTFVEADNSGHVVRLAKNTAYSALNYDPFAMFLANDKREIRFVPQTALPPVGVSRGMERRPLSDAYATFALMMFISDAIGTNCTFCHNPQTFESWGNKSTPQRAIAWQGIKMTRDLNMNFLSPLKPVYPANRLGAQGEAPMADCRTCHQGVTKPLFGASRMKDYPELGPVKAAAK

Entity 2 polymer

描述 description	Reaction center protein L chain
分子量 formula_weight	30406.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

MALLSFERKYRVRGGTLIGGDLFDFWVGPFYVGFFGVSAIFFIFLGVSLIGYAASQGPSLDPFAISINPPDLKYGFAGAPLLEGGFWQAITVCAIGAFISWQLREVEISRKLGMGWHVPIAFGVPIFMFLVLQVFRPILMGGWGFAFPYGILSHLDWVNNFGFQYLNWHYNPGHMSSVSFLFANAMALGLHGGLILSVANPGDGDKVKTAEHENAYFRDVVGYSIGALAIHRLGLFLASNIFLTGAFGTIASGPFWTRGWPEWWGWWLDIPFWS

Entity 3 polymer

描述 description	Reaction center protein M chain
分子量 formula_weight	37068.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

MADFQTIYTQIQARGPDHFGPSGQWGDIDRVGKPIFIKWLGRIGDAQIGPVYLGASGVGGIAFGLTAILIIGFNMLAQVSFDPLQFFRQFFWLGLYPPKAQYGMGIPPLNDGGWWLMAGLMMTLSLGCWWIRVYSRARALGLGTHIAWNFAMAIFFVLCIGFFHPVLVGSWSEAVPFGIFPHLDWLTAFSMRYGNFYYCPWHGFSIGFAYGCGLLFAAHGATILAVARFGGDREIEQITDRGTAVERAALFWRWTMGFNATIESIHRWGWFFSFMVMFSASVGILLTGTFVDNWYLWCVKHGAAPDYPAFLPATPDPRAGTFDPRTLTGVPQ

Entity 4 polymer

描述 description	Photosynthetic reaction center subunit H
分子量 formula_weight	28839.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MYYGALANHLDIAQLAWYGHWLVIWTVVLFYLRREDRREGYPLVEPLGLVKLPSPDVQSGELPYPKTFTLYHGGTVQAPNPNRRYETRELKLAQTDGFEGAPLAPTGNPMVDGVGPASWAERSEVVDSTFEGKAKIVPLRAAPEFYIAEGDLDPRGLPVFGADGIEAGTVTDLWVDRSEYYFRYLEISVAGSARTALMPLGFASITKDGVKVQAILASQFANVPRLQSRDQITLREEDKVSAYYAGGLLYATPERAEPLL

Entity 5 polymer

描述 description	Antenna complex alpha/beta subunit domain-containing protein
分子量 formula_weight	7834.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	17

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D,I,N,Q,T,W,Z,3,6,9,b,e,h,k,n,q

MANENPRSASWKLWLILDPRRVLTALFIYLTVIALLIHFGLLSTNRLNWWEFQRGLPAASLVVVPPAVG

Entity 6 polymer

描述 description	Antenna complex alpha/beta subunit domain-containing protein
分子量 formula_weight	7653.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	17

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E,J,O,R,U,X,1,4,7,0,c,f,i,l,o,r

MADLKPSLTGLTEEEAKEFHSVFVSSMVLYLATAVIVHYLVWTARPWIAPIPKGWVNLDGVTTALSYLV

Entity 7 polymer

描述 description	Light-harvesting protein gamma1
分子量 formula_weight	5927.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MKLSFVIGALSAILASTAASAAMVNGVVQPSITDWNLWVPLGILGIPTIWIALLYR

Entity 8 polymer

描述 description	Light-harvesting protein B-1015 gamma chain
分子量 formula_weight	5933.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	15

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,K,P,S,V,Y,2,5,8,a,d,g,j,m,p

MKLSAVIGALSVVLTSTLASAYFAADGSVVPSITDANLWVPLGILGIPTIWIALLYR

Entity 9 non-polymer

描述 description	HEME C
分子量 formula_weight	618.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 10 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 11 non-polymer

描述 description	Ubiquinone-8
分子量 formula_weight	727.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 12 non-polymer

描述 description	DIACYL GLYCEROL
分子量 formula_weight	625.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 13 non-polymer

描述 description	BACTERIOCHLOROPHYLL B
分子量 formula_weight	909.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	38

Entity 14 non-polymer

描述 description	BACTERIOPHEOPHYTIN B
分子量 formula_weight	887.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 15 non-polymer

描述 description	CARDIOLIPIN
分子量 formula_weight	1464.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 16 non-polymer

描述 description	FE (III) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 17 non-polymer

描述 description	MENAQUINONE-7
分子量 formula_weight	649.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 18 non-polymer

描述 description	15-cis-1,2-dihydroneurosporene
分子量 formula_weight	540.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 19 non-polymer

描述 description	DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
分子量 formula_weight	510.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 20 non-polymer

描述 description	(1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE
分子量 formula_weight	749.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 21 non-polymer

描述 description	all-trans-1,2-dihydroneurosporene
分子量 formula_weight	540.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	16

Entity 22 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	423

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.20 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	294012

fit	/app/data/saxs_computation/j2/9j2f/9j2f.fit
pddf	/app/data/pr_computation/j2/9j2f/9j2f.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/j2/9j2f/9j2f.dat

Structure of photosynthetic LH1-RC complex from the purple bacterium Blastochloris tepida

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (22)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

Entity 9 non-polymer

Entity 10 non-polymer

Entity 11 non-polymer

Entity 12 non-polymer

Entity 13 non-polymer

Entity 14 non-polymer

Entity 15 non-polymer

Entity 16 non-polymer

Entity 17 non-polymer

Entity 18 non-polymer

Entity 19 non-polymer

Entity 20 non-polymer

Entity 21 non-polymer

Entity 22 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)