9j32

Crystal structure of aminotransferase-like protein from Variovorax paradoxus mutant N174K

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 99.0 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9j32
沉积日期 deposition_date	2024-08-07
结构标题 title	Crystal structure of aminotransferase-like protein from Variovorax paradoxus mutant N174K
关键词 keywords	transaminase, aminotransferase, Variovorax paradoxus, aminotransferase-like protein, catalytic lysine, PLP, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.98 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.43 Å
零角强度 I(0) i0	151979000.00
分子量 molecular_weight	96091.0 kDa
排除体积 excluded_volume	119570 Å³
包络体积 envelope_volume	148070 Å³
水化壳体积 shell_volume	40318 Å³
包络直径 envelope_diameter	98.0 Å
壳层 Rg shell_rg	37.84 Å
包络 Rg envelope_rg	30.60 Å
形状 Rg shape_rg	30.44 Å
总 Rg total_rg	31.04 Å
总原子数 total_atoms	6759
残基数 n_residues	899
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	99.0 Å
Rg (实空间) rg_real	30.94 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.75 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5200e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.2920e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.96 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	152000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9023
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	35.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.286
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.528
角度范围 angular_range	— – 0.2550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	47650000.0000
实空间数据点数 n_real_points	52
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.926; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.989; Smooth: 0.958

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Aminotransferase, class 4
分子量 formula_weight	34173.6 kDa
突变 mutation	N174K
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	6973

MHADSAPSTTSSQAYAPDARNDAVLVYVNGQFVPRHQAVVSVFDAGYVCGDGVWEGVRLVDGRIVSFDAHIDRMYEGAKSIALDIGMTRAQTKQVVVDTFLRNGMRDGAHARLMVTRGVKKTPNQDPRFIIGGATVVCVAEHKVVTPEAKRNGLKLFTSTLRCSGPDVFDLRLKSHSRLNLIQALIQAIQAGADEALMLDPNGFVSSCNSTNFFAVRNGALWTSSGRYCFNGITRATVVRLAREAGIPVHEGDFTLAEVYAADEAFVTGTLAGLTPVSSVDGRALVPLGPLTQRLDALYRAYIASANEAHGALPAAA

来源 Source

来源生物 organism	Variovorax paradoxus B4
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1246301
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

Entity 2 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	203

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	94.245 Å
晶胞边长 b length_b	87.340 Å
晶胞边长 c length_c	104.655 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	99.45 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	I 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	21.810 Å
R 因子 r_factor	0.2171
R_work r_work	0.2144
R_free r_free	0.2691

fit	/app/data/saxs_computation/j3/9j32/9j32.fit
pddf	/app/data/pr_computation/j3/9j32/9j32.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/j3/9j32/9j32.dat

Crystal structure of aminotransferase-like protein from Variovorax paradoxus mutant N174K

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction