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Crystal structure of GH9l Inulin fructotransferases(IFTase)incomplex with nystose(F3)

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 87.7 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9j4j
沉积日期 deposition_date	2024-08-09
结构标题 title	Crystal structure of GH9l Inulin fructotransferases(IFTase)incomplex with nystose(F3)
关键词 keywords	IFTase, catalytic pathway, HYDROLASE, CARBOHYDRATE; CARBOHYDRATE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.45 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.42 Å
零角强度 I(0) i0	291972000.00
分子量 molecular_weight	133380.0 kDa
排除体积 excluded_volume	165550 Å³
包络体积 envelope_volume	185700 Å³
水化壳体积 shell_volume	50220 Å³
包络直径 envelope_diameter	92.6 Å
壳层 Rg shell_rg	38.75 Å
包络 Rg envelope_rg	28.82 Å
形状 Rg shape_rg	28.43 Å
总 Rg total_rg	29.25 Å
总原子数 total_atoms	9374
残基数 n_residues	1209
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	87.7 Å
Rg (实空间) rg_real	29.23 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.30 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.9200e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.6200e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.33 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	292000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9030
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	39.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.081
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.510
角度范围 angular_range	— – 0.2700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	101600000.0000
实空间数据点数 n_real_points	55
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.935; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.966; Smooth: 0.966

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	DFA-III-forming inulin fructotransferase
分子量 formula_weight	43214.4 kDa
EC 编号 ec_number	4.2.2.18
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	9388

PLNSPNVYDVTAWRIKGQPKVTAESDIGAVINDIIADIKKRQSTPETRPGAVVIIPPGDYDLHTQVVVDVDYLTIAGFGHGFFSRSIKDNVDTTGWLNLQPGGSHIRVLTPPTSPQAFLVRRDGSPRLSGIVFKDFCLDGVSFVPDGNSYKNGKTGIDVASDNDSIHITGMGFVYLEHALIVRGADALRVHDNMVAECGNCVELTGAGQATIVSDNLMGAGPEGVTLLAENHEGLLVTGNNFFPRGRSLLEFTGCNRCSVTSNRFQGFYPGMMRLLNGCKENLITSNHFRRGTEGFPPFIDRTNGLDDLYGVIHAMGDNNLISNNLFAYDVPPGKIAPAGAQPTIMLIAGGDGNVIATNHVISNVDTQHVVLDGSATRSKVLDSGAASTITSYSPDTAIRPTPH

来源 Source

来源生物 organism	Paenarthrobacter aurescens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	43663
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 branched

描述 description	beta-D-fructofuranose-(1-1)-beta-D-fructofuranose
分子量 formula_weight	342.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 branched

描述 description	beta-D-fructofuranose-(2-1)-beta-D-fructofuranose-(2-1)-beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	666.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

Entity 4 branched

描述 description	beta-D-fructofuranose-(2-1)-beta-D-fructofuranose-(2-1)-beta-D-fructofuranose
分子量 formula_weight	504.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	beta-D-fructofuranose
分子量 formula_weight	180.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	14

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	167.642 Å
晶胞边长 b length_b	167.642 Å
晶胞边长 c length_c	85.297 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	18

空间群 space_group	P 65
空间群编号 int_tables_number	170
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.803 Å
最低分辨率 resolution_low	48.441 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1582
R_free r_free	0.2079

fit	/app/data/saxs_computation/j4/9j4j/9j4j.fit
pddf	/app/data/pr_computation/j4/9j4j/9j4j.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/j4/9j4j/9j4j.dat