9j5p

Crystal structure of B. subtilis CspR complexed with sinefungin and cellularly expressed tRNA Leu

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 111.4 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9j5p
沉积日期 deposition_date	2024-08-13
结构标题 title	Crystal structure of B. subtilis CspR complexed with sinefungin and cellularly expressed tRNA Leu
关键词 keywords	;Methyltransferase, tRNA post-transcriptional modification, CspR 2'-O-methylribosylation, TRANSFERASE-RNA complex, TRANSFERASE ;; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	34.03 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	33.76 Å
零角强度 I(0) i0	180755000.00
分子量 molecular_weight	62081.0 kDa
排除体积 excluded_volume	54452 Å³
包络体积 envelope_volume	105180 Å³
水化壳体积 shell_volume	27968 Å³
包络直径 envelope_diameter	116.1 Å
壳层 Rg shell_rg	37.25 Å
包络 Rg envelope_rg	33.78 Å
形状 Rg shape_rg	33.51 Å
总 Rg total_rg	34.27 Å
总原子数 total_atoms	4512
残基数 n_residues	400
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	111.4 Å
Rg (实空间) rg_real	34.28 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.20 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.8080e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.2220e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	34.13 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	180700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8071
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	26.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.389
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.780
角度范围 angular_range	— – 0.2350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	8364000.0000
实空间数据点数 n_real_points	48
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.698; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.539; Smooth: 0.856

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	tRNA Leu (89-MER)
分子量 formula_weight	28950.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4512

GCCGGGGUGGUGGAAUUGGCAGACACACAGGACUXAAAAUCCUGCGGUAGGUGACUACCGUGCCGGUUCAAGUCCGGCCCUCGGCACCA

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	224308
宿主生物 host_organism	Escherichia coli K-12

Entity 2 polymer

描述 description	;Putative tRNA (cytidine(34)-2'-O)-methyltransferase ;
分子量 formula_weight	19716.3 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.1.207
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,C

MGSHHHHHHGSNIVALHVVLYQPEIPANTGNIARTCAATNTTLHLIRPLGFSTDDKMLKRAGLDYWEFVNVVYHDSLEELFEAYKKGKFFFITKFGQQPHTSFDYTDLDEDYFFVFGRETSGLPKDLIQNNMDRCLRLPMTEHVRSLNLSNTAAILVYEALRQQNYRDLK

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	224308
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 non-polymer

描述 description	SINEFUNGIN
分子量 formula_weight	381.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	136.833 Å
晶胞边长 b length_b	136.833 Å
晶胞边长 c length_c	184.113 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 65 2 2
空间群编号 int_tables_number	179
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.180 Å
最低分辨率 resolution_low	36.180 Å
R 因子 r_factor	0.2178
R_work r_work	0.2159
R_free r_free	0.2516

fit	/app/data/saxs_computation/j5/9j5p/9j5p.fit
pddf	/app/data/pr_computation/j5/9j5p/9j5p.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/j5/9j5p/9j5p.dat

Crystal structure of B. subtilis CspR complexed with sinefungin and cellularly expressed tRNA Leu

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)