SAXSdb — 9j99

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9j99
沉积日期 deposition_date	2024-08-22
结构标题 title	Substrate-engaged TOM complex from yeast
关键词 keywords	Mitochondrial protein import, TOM, protein translocation, PROTEIN TRANSPORT; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	37.13 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	36.97 Å
零角强度 I(0) i0	193726000.00
分子量 molecular_weight	126090.0 kDa
排除体积 excluded_volume	164240 Å³
包络体积 envelope_volume	243590 Å³
水化壳体积 shell_volume	54693 Å³
包络直径 envelope_diameter	133.7 Å
壳层 Rg shell_rg	43.27 Å
包络 Rg envelope_rg	36.68 Å
形状 Rg shape_rg	36.97 Å
总 Rg total_rg	37.49 Å
总原子数 total_atoms	8859
残基数 n_residues	980
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	122.7 Å
Rg (实空间) rg_real	37.13 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.12 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.9370e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.2320e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	37.13 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	193700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8803
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	42.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.372
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.238
角度范围 angular_range	— – 0.2150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	21710000.0000
实空间数据点数 n_real_points	44
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.846; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.904

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Mitochondrial import receptor subunit TOM40
分子量 formula_weight	42071.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,I
原子数 atom_count	8859

MSAPTPLAEASQIPTIPALSPLTAKQSKGNFFSSNPISSFVVDTYKQLHSHRQSLELVNPGTVENLNKEVSRDVFLSQYFFTGLRADLNKAFSMNPAFQTSHTFSIGSQALPKYAFSALFANDNLFAQGNIDNDLSVSGRLNYGWDKKNISKVNLQISDGQPTMCQLEQDYQASDFSVNVKTLNPSFSEKGEFTGVAVASFLQSVTPQLALGLETLYSRTDGSAPGDAGVSYLTRYVSKKQDWIFSGQLQANGALIASLWRKVAQNVEAGIETTLQAGMVPITDPLMGTPIGIQPTVEGSTTIGAKYEYRQSVYRGTLDSNGKVACFLERKVLPTLSVLFCGEIDHFKNDTKIGCGLQFETAGNQELLMLQQGLDADGNPLQALPQL

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288C
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Saccharomyces cerevisiae

Entity 2 polymer

描述 description	Mitochondrial import receptor subunit TOM22
分子量 formula_weight	16801.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,J

MVELTEIKDDVVQLDEPQFSRNQAIVEEKASATNNDVVDDEDDSDSDFEDEFDENETLLDRIVALKDIVPPGKRQTISNFFGFTSSFVRNAFTKSGNLAWTLTTTALLLGVPLSLSILAEQQLIEMEKTFDLQSDANNILAQGEKDAAATAN

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288C
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Saccharomyces cerevisiae

Entity 3 polymer

描述 description	Mitochondrial import receptor subunit TOM5
分子量 formula_weight	5993.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,K

MFGLPQQEVSEEEKRAHQEQTEKTLKQAAYVAAFLWVSPMIWHLVKKQWK

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288C
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Saccharomyces cerevisiae

Entity 4 polymer

描述 description	Mitochondrial import receptor subunit TOM6
分子量 formula_weight	6410.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,L

MDGMFAMPGAAAGAASPQQPKSRFQAFKESPLYTIALNGAFFVAGVAFIQSPLMDMLAPQL

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288C
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Saccharomyces cerevisiae

Entity 5 polymer

描述 description	Mitochondrial import receptor subunit TOM7
分子量 formula_weight	6877.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,M

MSFLPSFILSDESKERISKILTLTHNVAHYGWIPFVLYLGWAHTSNRPNFLNLLSPLPSV

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288C
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Saccharomyces cerevisiae

Entity 6 non-polymer

描述 description	UNDECANE
分子量 formula_weight	156.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	26

Entity 7 non-polymer

描述 description	1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
分子量 formula_weight	790.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	25

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	2.94 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	1028127

fit	/app/data/saxs_computation/j9/9j99/9j99.fit
pddf	/app/data/pr_computation/j9/9j99/9j99.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/j9/9j99/9j99.dat

Substrate-engaged TOM complex from yeast

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)