9j9b

Substrate-engaged TIM23 complex from yeast

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 109.6 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9j9b
沉积日期 deposition_date	2024-08-22
结构标题 title	Substrate-engaged TIM23 complex from yeast
关键词 keywords	Mitochondrial protein import, TOM / TIM23 protein translocation, PROTEIN TRANSPORT; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	33.73 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	33.25 Å
零角强度 I(0) i0	116716000.00
分子量 molecular_weight	85959.0 kDa
排除体积 excluded_volume	107790 Å³
包络体积 envelope_volume	156060 Å³
水化壳体积 shell_volume	40237 Å³
包络直径 envelope_diameter	117.1 Å
壳层 Rg shell_rg	39.10 Å
包络 Rg envelope_rg	32.78 Å
形状 Rg shape_rg	33.21 Å
总 Rg total_rg	33.90 Å
总原子数 total_atoms	6047
残基数 n_residues	790
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	109.6 Å
Rg (实空间) rg_real	33.74 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.10 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1670e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.8220e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	33.74 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	116700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7170
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	37.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.302
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.508
角度范围 angular_range	— – 0.2350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	15450000.0000
实空间数据点数 n_real_points	48
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.925; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.214; Positv: 1.000; Valcen: 0.975; Smooth: 0.924

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM17
分子量 formula_weight	16602.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6047

MSADHSRDPCPIVILNDFGGAFAMGAIGGVVWHGIKGFRNSPLGERGSGAMSAIKARAPVLGGNFGVWGGLFSTFDCAVKAVRKREDPWNAIIAGFFTGGALAVRGGWRHTRNSSITCACLLGVIEGVGLMFQRYAAWQAKPMAPPLPEAPSSQPLQA

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288C
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Saccharomyces cerevisiae

Entity 2 polymer

描述 description	Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM23
分子量 formula_weight	23266.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MSWLFGDKTPTDDANAAVGGQDTTKPKELSLKQSLGFEPNINNIISGPGGMHVDTARLHPLAGLDKGVEYLDLEEEQLSSLEGSQGLIPSRGWTDDLCYGTGAVYLLGLGIGGFSGMMQGLQNIPPNSPGKLQLNTVLNHITKRGPFLGNNAGILALSYNIINSTIDALRGKHDTAGSIGAGALTGALFKSSKGLKPMGYSSAMVAAACAVWCSVKKRLLEK

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288C
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Saccharomyces cerevisiae

Entity 3 polymer

描述 description	Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM44,L-lactate dehydrogenase (cytochrome),sfGFP
分子量 formula_weight	84451.1 kDa
EC 编号 ec_number	1.1.2.3
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MHRSTFIRTSGTSSRTLTARYRSQYTGLLVARVLFSTSTTRAQGGNPRSPLQIFRDTFKKEWEKSQELQENIKTLQDASGKLGESEAYKKAREAYLKAQRGSTIVGKTLKKTGETMEHIATKAWESELGKNTRKAAAATAKKLDESFEPVRQTKIYKEVSEVIDDGESSRYGGFITKEQRRLKRERDLASGKRHRAVKSNEDAGTAVVATNIESKESFGKKVEDFKEKTVVGRSIQSLKNKLWDESENPLIVVMRKITNKVGGFFAETESSRVYSQFKLMDPTFSNESFTRHLREYIVPEILEAYVKGDVKVLKKWFSEAPFNVYAAQQKIFKEQDVYADGRILDIRGVEIVSAKLLAPQDIPVLVVGCRAQEINLYRKKKTGEIAAGDEANILMSSYAMVFTRDPEQIDDDETEGWKILEFVRGGSRQFTPNHPGGQDVIKFNAGKDVTAIFEPLHAPNVIDKYIAPEKKLGPLQGSGSGSKGEELFTGVVPILVELDGDVNGHKFSVRGEGEGDATNGKLTLKFICTTGKLPVPWPTLVTTLTYGVQCFSRYPDHMKRHDFFKSAMPEGYVQERTISFKDDGTYKTRAEVKFEGDTLVNRIELKGIDFKEDGNILGHKLEYNFNSHNVYITADKQKNGIKANFKIRHNVEDGSVQLADHYQQNTPIGDGPVLLPDNHYLSTQSVLSKDPNEKRDHMVLLEFVTAAGITHGSAGLEVLFQGPANGGSAWSHPQFEKGGGSGGGSGGGSWSHPQFEK

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Saccharomyces cerevisiae

Entity 4 polymer

描述 description	Protein MGR2
分子量 formula_weight	12264.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MPPLPQNYAQQQPSNWDKFKMGLMMGTTVGVCTGILFGGFAIATQGPGPDGVVRTLGKYIAGSAGTFGLFMSIGSIIRSDSESSPMSHPNLNLQQQARLEMWKLRAKYGIRKD

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288C
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Saccharomyces cerevisiae

Entity 5 polymer

描述 description	anti-Tim44-Fab H chain
分子量 formula_weight	25635.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MDWTWRVFCLLAVAPGAHSQVQLKQSGPGLVQPSQSLSITCTVSGFSLTTYGVHWVRQSPGKGLEWLGVMWRGGSTDFNAAFMSRLSITKDNSKSQVFFKMNSLQADDTAIYYCARYGNYDAMDYWGQGTSVTVSSAKTTPPSVYPLAPGSAAQTNSMVTLGCLVKGYFPEPVTVTWNSGSLSSGVHTFPAVLQSDLYTLSSSVTVPSSPRPSETVTCNVAHPASSTKVDKKIVPRDC

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288C
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Saccharomyces cerevisiae

Entity 6 polymer

描述 description	anti-Tim44-Fab L chain
分子量 formula_weight	26140.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

MVLQTQVFISLLLWISGAYGDIVLTQSPASLAVSLGQRATISCRASESVDIYGISFMNWFQQKPGQPPKLLIYATSNQGSGVPARFSGSGSGTDFSLNIHPMEEDDTAMYFCQQSKEVPRTFGGGTKLEIKRADAAPTVSIFPPSSEQLTSGGASVVCFLNNFYPKDINVKWKIDGSERQNGVLNSWTDQDSKDSTYSMSSTLTLTKDEYERHNSYTCEATHKTSTSPIVKSFNRNEC

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288C
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Saccharomyces cerevisiae

Entity 7 polymer

描述 description	Substrate
分子量 formula_weight	1294.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

XXXXXXXXXXXXXXX

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288C
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Saccharomyces cerevisiae

Entity 8 non-polymer

描述 description	CARDIOLIPIN
分子量 formula_weight	1464.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.830 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	3.83 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	160770

fit	/app/data/saxs_computation/j9/9j9b/9j9b.fit
pddf	/app/data/pr_computation/j9/9j9b/9j9b.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/j9/9j9b/9j9b.dat

Substrate-engaged TIM23 complex from yeast

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 8 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)