SAXSdb — 9j9e

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9j9e
沉积日期 deposition_date	2024-08-22
结构标题 title	Cryo-EM structure of the type VII CRISPR-Cas14 effector complex
关键词 keywords	beta-CASP, RNA BINDING PROTEIN, RNA BINDING PROTEIN-RNA complex; RNA BINDING PROTEIN/RNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	58.70 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	59.46 Å
零角强度 I(0) i0	2598430000.00
分子量 molecular_weight	406420.0 kDa
排除体积 excluded_volume	500500 Å³
包络体积 envelope_volume	719000 Å³
水化壳体积 shell_volume	106250 Å³
包络直径 envelope_diameter	239.1 Å
壳层 Rg shell_rg	56.63 Å
包络 Rg envelope_rg	59.47 Å
形状 Rg shape_rg	59.44 Å
总 Rg total_rg	59.44 Å
总原子数 total_atoms	28391
残基数 n_residues	3398
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	211.4 Å
Rg (实空间) rg_real	59.18 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.65 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.5970e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.0310e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	58.22 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2594000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8382
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	62.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.635
峰度 Kurtosis kurtosis	0.172
角度范围 angular_range	— – 0.1350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0103
最高正则化参数 α highest_alpha	151700000.0000
实空间数据点数 n_real_points	28
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.723; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.885; Smooth: 0.838

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	crRNA
分子量 formula_weight	19080.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	28391

GGUUAAAACUAAGCUUUUUAACAGUGGCCUUAUUAAAUGACUUCUCGUUUAAGUCCCAUA

Entity 2 polymer

描述 description	tgRNA
分子量 formula_weight	31727.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	B

GGUUUCAGGAGCUAAGGAAGCUAAAAUGGCCGAGAAGUCAUUUAAUAAGGCCACUGUUAAAAAGCUUUCAAAAUUGGAGAAAAAAAUCACUGGAUAUA

Entity 3 polymer

描述 description	Cas5
分子量 formula_weight	27139.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MKEIKGILESITGFSIPLDNGEYALYPAGRHLRGAIGYIAFNLDLPISSKFLDFDFDDIIFRDLLPISKCGKIFYPEKNSNSLKCPSCNEIYGSSVLRNIMARGLSYKEVIEGKKYRLSIIVKDEKYLNEMEAIIRYILSYGIYLGNKVSKGYGKFKIKEYSIVDILPVKDSEVLLLSDAIIDNGEKDIVFSKKEISSSKFEIIRKRGKAKGDIIRDNNHNGFYIGKYGGLGFGEIISLK

来源 Source

来源生物 organism	Spirochaetota bacterium
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2202144
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 polymer

描述 description	Cas7
分子量 formula_weight	22255.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D1,D2,D3,D4,D5,D6,D7,D8

MAKTMKKIYVTMKTLSPLYTGEVRREDKEAAQKRVNFPVRKTATNKVLIPFKGALRSALEIMLKAKGENVCDTGESRARPCGRCVTCSLFGSMGRAGRASVDFLISNDTKEQIVRESTHLRIERQTKSASDTFKGEEVIEGATFTATITISNPQEKDLSLIQSALKFIEENGIGGWLNKGYGRVSFEVKSEDVATDRFLK

来源 Source

来源生物 organism	Spirochaetota bacterium
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2202144
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 5 polymer

描述 description	Cas14
分子量 formula_weight	70580.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E1,E2,E3,E4

MIKFIGGASKVTGSAFLLETGNAKILIDCGIEQEKGIEKDNNEIIEKKINEIGKADICILTHAHLDHSGLVPLLVKKRKVNKIISTPATKELCRLLFNDFQRIQEENNDIPLYSYDDIESSFEIWDEIDDRNTIELFDTKITFYNNSHIIGSVSVFIETHNGNYLFSGDIGSKLQQLMDYPPDMPDGNVDYLILESTYGNKSHDSSDRDRLLEIAKTTCENGGKVLIPSFAIGRLQEVLYTFSNYNFNFPVYIDSPMGSKVTNLIKEYNIYLKKKLRRLSITDDLFNNKYIAINTSNQSKELSNSKEPAVIISASGMLEGGRILNHLEQIKNDENSTLIFVGYQAQNTRGRKILDGEEKVRCRIEKLNSFSAHADQDELIDYIERLKYTPYKVFLVHGEKEQREILAKRIISKKIRVELPENYSQGKEILIEKKVVLNINTDNMCNFASYRLMPFSGFIVEKDDRIEINDKNWFDMIWNEEYNKMRSQIVAEDFSTDQNEDSMALPDMSHDKIIENIEYLFNIKILSKNRIKEFWEEFCKGQKAAIKYITQVHRKNPNTGRRNWNPPEGDFTDNEIEKLYETAYNTLLSLIKYDKNKVYNILINFNPKL

来源 Source

来源生物 organism	Spirochaetota bacterium
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2202144
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 6 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	13

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.970 Å
最低分辨率 resolution_low	2.970 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	2.97 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	74619

fit	/app/data/saxs_computation/j9/9j9e/9j9e.fit
pddf	/app/data/pr_computation/j9/9j9e/9j9e.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/j9/9j9e/9j9e.dat

Cryo-EM structure of the type VII CRISPR-Cas14 effector complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)