9j9k

Glucosyl transferase NbUGT72AY1 co-crystallized with Scopoletin and UDP2F glucose

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 105.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9j9k
沉积日期 deposition_date	2024-08-22
结构标题 title	Glucosyl transferase NbUGT72AY1 co-crystallized with Scopoletin and UDP2F glucose
关键词 keywords	Glucosyl transferase, scopoletin, UDP glucose, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	33.41 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	32.71 Å
零角强度 I(0) i0	169628000.00
分子量 molecular_weight	106660.0 kDa
排除体积 excluded_volume	134580 Å³
包络体积 envelope_volume	166440 Å³
水化壳体积 shell_volume	41950 Å³
包络直径 envelope_diameter	108.8 Å
壳层 Rg shell_rg	39.89 Å
包络 Rg envelope_rg	32.71 Å
形状 Rg shape_rg	32.71 Å
总 Rg total_rg	33.26 Å
总原子数 total_atoms	7493
残基数 n_residues	938
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	105.2 Å
Rg (实空间) rg_real	33.43 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.78 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.6960e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.6020e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	33.42 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	169600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8819
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	33.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.324
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.570
角度范围 angular_range	— – 0.2350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	91210000.0000
实空间数据点数 n_real_points	48
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.932; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.975; Smooth: 0.692

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Glycosyltransferase
分子量 formula_weight	53288.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.4.1.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	7493

SSQLHVAIVSSPGMGHLIPVLVLGNRLATHHNIKITILAITTTSSSAETEFLKKTTLTNEEKTIEIIPVPSVDISHLINSSTKIFTQLRLLVREALPKIHSTIASMTHRPDALIVDIFCTQILPIAEEFNISKYTYHPTTAWTLALAIYCQVFDKEIEGEYVELKEPLKIPGCKALRPDDVVDPLLDRSDQQYEEYVKLGKEYTDFDGILINTWEDLEPETINALRYNEKLRLLLKVPVFPIGPLRRKVETTLNDEVIQWLDKQNNESVLFVSFGSGGTLSTKQMTELAWGLELSQQKFVWVVRPPSDGDADSAYLNSAGKDTRDMSEYLPEGFLTRTKDMGLVVPMWANQVEILSHSSVGGFLTHCGWNSTVESLTNGVPMIAWPLHAEQKMNAAMLTEELGVAIRPAVLPTKKLVKREEIQGMVRILMQTKEGKRIKEKAKKLKKSAENALSDGGSSYNSICELVKDIRSREL

来源 Source

来源生物 organism	Nicotiana benthamiana
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4100
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

Entity 2 non-polymer

描述 description	7-hydroxy-6-methoxy-2H-1-benzopyran-2-one
分子量 formula_weight	192.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-2-DEOXY-2-FLUORO-ALPHA-D-GLUCOSE
分子量 formula_weight	568.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	101.607 Å
晶胞边长 b length_b	114.919 Å
晶胞边长 c length_c	104.249 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	103.12 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	I 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.150 Å
最低分辨率 resolution_low	46.830 Å
R 因子 r_factor	0.1925
R_work r_work	0.1895
R_free r_free	0.2583

fit	/app/data/saxs_computation/j9/9j9k/9j9k.fit
pddf	/app/data/pr_computation/j9/9j9k/9j9k.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/j9/9j9k/9j9k.dat

Glucosyl transferase NbUGT72AY1 co-crystallized with Scopoletin and UDP2F glucose

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction