9ja5

Cryo-EM structure of Tdk1-Bdf1 complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 122.5 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9ja5
沉积日期 deposition_date	2024-08-24
最后修订 last_revision	2024-11-13
结构标题 title	Cryo-EM structure of Tdk1-Bdf1 complex
关键词 keywords	signaling protein, meiotic cell cycle, CELL CYCLE; CELL CYCLE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	45.74 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	47.03 Å
零角强度 I(0) i0	240043000.00
分子量 molecular_weight	118870.0 kDa
排除体积 excluded_volume	146300 Å³
包络体积 envelope_volume	209590 Å³
水化壳体积 shell_volume	45012 Å³
包络直径 envelope_diameter	201.1 Å
壳层 Rg shell_rg	40.37 Å
包络 Rg envelope_rg	48.32 Å
形状 Rg shape_rg	47.03 Å
总 Rg total_rg	46.67 Å
总原子数 total_atoms	8346
残基数 n_residues	1002
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	122.5 Å
Rg (实空间) rg_real	41.53 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.42 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.2740e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.4490e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	45.74 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	239700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6773
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	39.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.449
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.524
角度范围 angular_range	— – 0.1700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.8012
最高正则化参数 α highest_alpha	15110000.0000
实空间数据点数 n_real_points	35
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.006; Oscil: 0.960; Stabil: 0.987; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.966; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

描述 description	Meiotically up-regulated gene 135 protein,SWR1 complex bromodomain subunit bdf1,Immunoglobulin G-binding protein G
分子量 formula_weight	49340.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	8469

MDEWRKSTDEWRKSTDERLENLLNIVREILDVQRDMRNDLSNLTRKVDRMDMRLSRNNNMIMRSFAQPITEVPFFNGDIPDPNLPRITRIEDIDSLSEENCTRYLKGYGVSYDENDQSLWKRQLAKAVGLTAAYDESYTFSPFSSSESGGGSGGGSGGGSGFKKASSSDNKEQGGGSGGGSGSGGGSQEAETDALFDNGEEEEALMSEEEINGAKFAAVDKQISMLQDTLEAMKAKKMNRMRKPRRRDLTKEYGPITYAMQNELAERCNYLSAEQLSNVAEILREEMPWLRDTDEIEIDVGNMKPEVFHRIYRYVCKPDADSSEPASPVLMPTKPEKKKGRVLSETEQAEKIRRLQQQLDRFAGKTSPTSSGGGSSGGGSTYKLILNGKTLKGETTTEAVDAATAEKVFKQYANDNGVDGEWTYDDATKTFTVTEGSGLEVLFQ

来源 Source

来源生物 organism	Streptococcus sp. group G
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1320
宿主生物 host_organism	Schizosaccharomyces pombe 972h-

Entity 2 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	123

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.70 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	288083

fit	/app/data/saxs_computation/ja/9ja5/9ja5.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ja/9ja5/9ja5.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ja/9ja5/9ja5.dat

Cryo-EM structure of Tdk1-Bdf1 complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)