9jab

Transition State Mimic(GMPK in complex with ADP, GMP , Mg2+, K+ and AlF4-)

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 90.0 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9jab
沉积日期 deposition_date	2024-08-24
结构标题 title	Transition State Mimic(GMPK in complex with ADP, GMP , Mg2+, K+ and AlF4-)
关键词 keywords	guanylate kinase, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.73 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.91 Å
零角强度 I(0) i0	34825200.00
分子量 molecular_weight	43034.0 kDa
排除体积 excluded_volume	52885 Å³
包络体积 envelope_volume	64877 Å³
水化壳体积 shell_volume	23418 Å³
包络直径 envelope_diameter	86.3 Å
壳层 Rg shell_rg	30.09 Å
包络 Rg envelope_rg	23.93 Å
形状 Rg shape_rg	23.93 Å
总 Rg total_rg	24.58 Å
总原子数 total_atoms	3013
残基数 n_residues	385
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	90.0 Å
Rg (实空间) rg_real	26.14 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.31 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.5050e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.7420e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.79 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	34820000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6172
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	25.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.550
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.135
角度范围 angular_range	— – 0.3200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	4.3780
最高正则化参数 α highest_alpha	7694000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.743; Stabil: 0.860; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.695; Smooth: 0.581

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Guanylate kinase
分子量 formula_weight	21891.7 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.4.8
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3019

HMSGPRPVVLSGPSGAGKSTLLKRLLQEHSGIFGFSVSHTTRNPRPGEENGKDYYFVTREVMQRDIAAGDFIEHAEFSGNLYGTSKVAVQAVQAMNRICVLDVDLQGVRNIKATDLRPIYISVQPPSLHVLEQRLRQRNTETEESLVKRLAAAQADMESSKEPGLFDVVIINDSLDQAYAELKEALSEEIKKAQRTGA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE
分子量 formula_weight	363.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	TETRAFLUOROALUMINATE ION
分子量 formula_weight	103.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	33.632 Å
晶胞边长 b length_b	44.202 Å
晶胞边长 c length_c	66.695 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	72.73 °
晶胞夹角 β angle_beta	85.35 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	78.76 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.750 Å
最低分辨率 resolution_low	40.520 Å
R 因子 r_factor	0.2296
R_work r_work	0.2268
R_free r_free	0.2774

fit	/app/data/saxs_computation/ja/9jab/9jab.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ja/9jab/9jab.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ja/9jab/9jab.dat