9jbq

Structure of the complex between h1F3 Fab and PcrV fragment

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 104.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9jbq
沉积日期 deposition_date	2024-08-27
结构标题 title	Structure of the complex between h1F3 Fab and PcrV fragment
关键词 keywords	Complex, Fab, ANTIMICROBIAL PROTEIN, ANTIMICROBIAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex; ANTIMICROBIAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.65 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.44 Å
零角强度 I(0) i0	59243000.00
分子量 molecular_weight	60458.0 kDa
排除体积 excluded_volume	75582 Å³
包络体积 envelope_volume	96575 Å³
水化壳体积 shell_volume	29261 Å³
包络直径 envelope_diameter	109.7 Å
壳层 Rg shell_rg	34.55 Å
包络 Rg envelope_rg	29.61 Å
形状 Rg shape_rg	29.41 Å
总 Rg total_rg	30.01 Å
总原子数 total_atoms	4261
残基数 n_residues	555
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	104.2 Å
Rg (实空间) rg_real	29.89 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.36 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.9240e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0590e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.79 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	59240000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8419
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	31.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.587
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.104
角度范围 angular_range	— – 0.2650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	8648000.0000
实空间数据点数 n_real_points	54
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.721; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.814; Smooth: 0.965

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Heavy chain
分子量 formula_weight	24621.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4570

QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYSFTSYWMHWVRQAPGQGLEWMGEINPSNGRTNYNEKFNTRVTMTRDTSTSTVYMELSSLRSEDTAVYYCVLYGNYVVYYTMDYWGQGTTVTVSSASTKGPSVFPLAPCSRSTSESTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTKTYTCNVDHKPSNTKVDKRVESKYGPP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

Entity 2 polymer

描述 description	light chain
分子量 formula_weight	23446.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

DIQLTQSPSFLSASVGDRVTITCSASTSVSYMEWYQQKPGKAPKLLIYTTSKLASGVPSRFSGSGSGTEFTLTISSLQPEDFATYYCHQWRNYPFTFGQGTKLEIKRAVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

Entity 3 polymer

描述 description	PcrV
分子量 formula_weight	14579.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

ALLDELKALTAELKVYSVIQSQINAALSAKQGIRIDAGGIDLVDPTLYGYAVGDPRWKDSPEYALLSNLDTFSGKLSIKDFLSGSPKQSGELKGLSDEYPFEKDNNPVGNFATTVSDRSRPLNDKVNEKTTLLN

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas aeruginosa
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	287
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	309

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	44.680 Å
晶胞边长 b length_b	52.005 Å
晶胞边长 c length_c	69.964 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	99.02 °
晶胞夹角 β angle_beta	104.61 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	115.21 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	23.499 Å
R 因子 r_factor	0.1718
R_work r_work	0.1694
R_free r_free	0.2156

fit	/app/data/saxs_computation/jb/9jbq/9jbq.fit
pddf	/app/data/pr_computation/jb/9jbq/9jbq.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/jb/9jbq/9jbq.dat

Structure of the complex between h1F3 Fab and PcrV fragment

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)