9jbu

Structure of LAT4 in complex with digitonin

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 76.8 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9jbu
沉积日期 deposition_date	2024-08-27
结构标题 title	Structure of LAT4 in complex with digitonin
关键词 keywords	LAT4, SLC43A2, amino acid transporter, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.61 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.55 Å
零角强度 I(0) i0	28638800.00
分子量 molecular_weight	45819.0 kDa
排除体积 excluded_volume	59371 Å³
包络体积 envelope_volume	66368 Å³
水化壳体积 shell_volume	25290 Å³
包络直径 envelope_diameter	80.7 Å
壳层 Rg shell_rg	28.91 Å
包络 Rg envelope_rg	21.99 Å
形状 Rg shape_rg	21.55 Å
总 Rg total_rg	22.51 Å
总原子数 total_atoms	3219
残基数 n_residues	415
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	76.8 Å
Rg (实空间) rg_real	22.57 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.50 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.8640e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.4820e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.58 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	28640000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6761
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	25.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.306
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.344
角度范围 angular_range	— – 0.3500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	6445000.0000
实空间数据点数 n_real_points	67
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.811; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.130; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.966

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

描述 description	Large neutral amino acids transporter small subunit 4
分子量 formula_weight	62797.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3219

MAPTLATAHRRRWWMACTAVLENLLFSAVLLGWGSLLIMLKSEGFYSYLCTEPENVTNGTVGGTAEPGHEEVSWMNGWLSCQAQDEMLNLAFTVGSFLLSAITLPLGIVMDKYGPRKLRLLGSACFAVSCLLIAYGASKPNALSVLIFIALALNGFGGMCMTFTSLTLPNMFGDLRSTFIALMIGSYASSAVTFPGIKLIYDAGVSFIVVLVVWAGCSGLVFLNCFFNWPLEPFPGPEDMDYSVKIKFSWLGFDHKITGKQFYKQVTTVGRRLSVGSSMRSAKEQVALQEGHKLCLSTVDLEVKCQPDAAVAPSFMHSVFSPILLLSLVTMCVTQLRLIFYMGAMNNILKFLVSGDQKTVGLYTSIFGVLQLLCLLTAPVIGYIMDWRLKECEDASEEPEEKDANQGEKKKKKRDRQIQKITNAMRAFAFTNLLLVGFGVTCLIPNLPLQILSFILHTIVRGFIHSAVGGLYAAVYPSTQFGSLTGLQSLISALFALLQQPLFLAMMGPLQGDPLWVNVGLLLLSLLGFCLPLYLICYRRQLERQLQQRQEDDKLFLKINGSSNQEAFV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 non-polymer

描述 description	Digitonin
分子量 formula_weight	1229.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

▶

7. 引用文献 (1)

▶

分辨率 resolution	3.80 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	177241

fit	/app/data/saxs_computation/jb/9jbu/9jbu.fit
pddf	/app/data/pr_computation/jb/9jbu/9jbu.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/jb/9jbu/9jbu.dat