9jfo

Structure of LaTranC complex bound to 27nt complementary DNA substrate, conformation 1

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 111.0 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9jfo
沉积日期 deposition_date	2024-09-05
结构标题 title	Structure of LaTranC complex bound to 27nt complementary DNA substrate, conformation 1
关键词 keywords	LaTranC complexes, IMMUNE SYSTEM/DNA/RNA, IMMUNE SYSTEM-DNA-RNA complex; IMMUNE SYSTEM/DNA/RNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	33.92 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	32.77 Å
零角强度 I(0) i0	307538000.00
分子量 molecular_weight	102130.0 kDa
排除体积 excluded_volume	111280 Å³
包络体积 envelope_volume	167080 Å³
水化壳体积 shell_volume	43492 Å³
包络直径 envelope_diameter	119.2 Å
壳层 Rg shell_rg	38.62 Å
包络 Rg envelope_rg	32.93 Å
形状 Rg shape_rg	32.70 Å
总 Rg total_rg	33.26 Å
总原子数 total_atoms	6954
残基数 n_residues	597
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	111.0 Å
Rg (实空间) rg_real	33.92 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.78 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.0750e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.8820e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	33.92 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	307500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8773
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	42.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.363
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.185
角度范围 angular_range	— – 0.2350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	15660000.0000
实空间数据点数 n_real_points	48
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.871; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.793

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	LaTranC
分子量 formula_weight	53946.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6954

SLNAKKIRLENYAMKMRLYPSPTQAEQMDKMFLALRLAYNMTFHEVFQQNPAVCGDPDEDGNVWPSYKKMANKTWRKALIDQNPAIAEAPAAAITTNNGLFLSNGQKAWKTGMHNLPANKADRKDFRFYSLSKPRRSFAVQIPPDCIIPSDTNQKVARIKLPKIDGAIKARGFNRKIWFGPDGKHTYEEALAAHELSNNLTVRVSKDTCGDYFICITFSQGKVKGDKPTWEFYQEVRVSPIPEPIGLDVGIKDIAILNTGTKYENKQFKRDRAATLKKMSRQLSRRWGPANSAFRDYNKNIRAENRALEKAQQDPGSSGVGPEAPVLKSVAQPSRRYLTIQKNRAKLERKIARRRDTYYHQVTAEVAGKSSLLAVETLRVKNMLQNHRLAFALSDAAMSDFISKLKYKARRIQVPLVAIGTFQPSSQTCSVCGSINPAVKNLSIRVWTCPNCGTRHNRDINAAKNILAIAQNMLEKKV

来源 Source

来源生物 organism	Lawsonibacter sp.
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2185275
宿主生物 host_organism	Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4

Entity 2 polymer

描述 description	DNA (42-MER)
分子量 formula_weight	12841.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C

GGATCCTAACGTAAGTCCCTCCTACTGTGTTTGAAAATCCCG

来源 Source

来源生物 organism	Lawsonibacter sp.
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2185275
宿主生物 host_organism	Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4

Entity 3 polymer

描述 description	DNA (42-MER)
分子量 formula_weight	13028.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D

CGGGATTTTCAAACACAGTAGGAGGGAAAGTTGTCCAGATCC

来源 Source

来源生物 organism	Lawsonibacter sp.
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2185275
宿主生物 host_organism	Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4

Entity 4 polymer

描述 description	RNA (195-MER)
分子量 formula_weight	62948.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	F

GGUGGGAGGUCUGUCCCCACCAUGGGGUGCGAACCUUGUGUGCUCAUCAUUGCCGUGAGCGUUCGCACGUCCAAACGACCAUAUCAUCGUUGCCCUGCGACCAUUCAGCGGCAAUCAAGACGCAGGCAUGAUAUGUAACCAUGCAUUGGAAAGUGCAUGGAGCAGAAGAAACACAGUAGGAGGGACUUACGUUAG

来源 Source

来源生物 organism	Lawsonibacter sp.
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2185275
宿主生物 host_organism	Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.25 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	2448326

fit	/app/data/saxs_computation/jf/9jfo/9jfo.fit
pddf	/app/data/pr_computation/jf/9jfo/9jfo.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/jf/9jfo/9jfo.dat

Structure of LaTranC complex bound to 27nt complementary DNA substrate, conformation 1

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)