9jlf

Cryo-EM Structure of Bacteriophage FCWL1 head-to-tail interface

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 244.1 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9jlf
沉积日期 deposition_date	2024-09-18
结构标题 title	Cryo-EM Structure of Bacteriophage FCWL1 head-to-tail interface
关键词 keywords	T1-like phage, neck, tail, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	89.53 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	92.68 Å
零角强度 I(0) i0	515427000.00
分子量 molecular_weight	191180.0 kDa
排除体积 excluded_volume	239560 Å³
包络体积 envelope_volume	499070 Å³
水化壳体积 shell_volume	53763 Å³
包络直径 envelope_diameter	309.4 Å
壳层 Rg shell_rg	58.30 Å
包络 Rg envelope_rg	91.60 Å
形状 Rg shape_rg	92.70 Å
总 Rg total_rg	91.90 Å
总原子数 total_atoms	13451
残基数 n_residues	1705
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	244.1 Å
Rg (实空间) rg_real	83.29 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.61 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.9380e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0720e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	80.35 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	501700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7280
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	43.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.421
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.942
角度范围 angular_range	— – 0.0850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.4125
最高正则化参数 α highest_alpha	12770000.0000
实空间数据点数 n_real_points	18
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.001; Oscil: 0.431; Stabil: 0.936; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.396; Smooth: 0.000

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Terminator protein
分子量 formula_weight	15191.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D
原子数 atom_count	13451

MHYELSAAARAAFLSKYRDFPHYMENRNFTPPKDGGMWLRFNYIEGDTLYLSIDRKCKSYIAIVQIGVVFPPGSGVDEARLKAKEIADFFKDGKMLNVGYIFEGAIVHQIVKHESGWMIPVRFTVRVDTKET

Entity 2 polymer

描述 description	Tail tube protein
分子量 formula_weight	24217.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F

MHLPNGAQIFVETSRGEEIEATAVTNEKNPVATVASKGDLAKGDYVIVTQSTWAKMVSRVLIVTDAQETSITLAGIDTSDTLVFPAGGTMSFAKITGWTEIPCVQEIGQDGGEQQYYTYQCLSDDKEQQIPTFKSAISLTYTFAHEFDNPIYQILRKLDSSGQVTAVRMYVPKASEMRMWAGILSFNDIPSTQVNEMETVELAVSLKGDFTFISSTLASPGA

Entity 3 polymer

描述 description	Portal protein
分子量 formula_weight	49969.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	a,A

MRYNQGCQLTAFFIGGNMKIVKHDGYNDIFNGGADGSPKPFFMSDASYHVGSFYNDNATAKRIVDVIPEEMVTAGFKISGVKDEKEFKSLWDSYKIDPSLVDALCWARLYGGAAIVAIINDNRMLTSPVKPGAKLEGVRVYDRFAITIEKRVTNARSPRYGEPEIYKVSPGDNIQPYLIHHTRIFIADGERVTPQMRKQNQGWGASVLNKSLIDAICDYDYCESLATQILRRKQQAVWKVKGLAEMCDDDDAQYAARLRLAQVDDNSGVGRAIGIDAETEEYDVLNSDISGVPEFLSSKMDRIVSLSGIHEIIIKNKNVGGVSASQNTALETFYKLVDRKREEDYRPLLEFLLPFIVDEQEWSIEFEPLSVPSKKEESEITKNNVESVTKAITEQIIDLEEARDTLRSIAPEFKLKDGNNINIREPEEPTEPEPGLGEKLEDEN

Entity 4 polymer

描述 description	Adaptor protein
分子量 formula_weight	15827.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	b,B

MGVIMNQETLIAAVEQMRKLVPALRKVPDETLYAWVEMAELFVCQKTFKDAYVKAIALYALHLAFLDGALKGEDEDLESYSRRVTSFSLSGEFSQTFGEVTKNQSGNMMLSTPWGKMFEQLKARRRGRFALMTGLRGGCH

Entity 5 polymer

描述 description	Connector protein
分子量 formula_weight	13831.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MNYSQIERMARKGVAFFTDPSRPMNLIKQGEYGYDENGFEIPPMEQVIPISGATRRPNAREIDGETIRASDILGIFNNDHEINEGDYIEIDGIRHVVVDARPVQASLEPVAYRPVLRRVSVGG

▶

7. 引用文献 (1)

▶

分辨率 resolution	3.30 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	74400

fit	/app/data/saxs_computation/jl/9jlf/9jlf.fit
pddf	/app/data/pr_computation/jl/9jlf/9jlf.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/jl/9jlf/9jlf.dat

Cryo-EM Structure of Bacteriophage FCWL1 head-to-tail interface

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)