SAXSdb — 9jme

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9jme
沉积日期 deposition_date	2024-09-20
结构标题 title	Cryo-EM structure of BV gB and FAB 16F9 complex
关键词 keywords	Cryo-EM, MBV gB protein, FAB 16F9, Hepes virus, VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex; VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	42.85 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	43.66 Å
零角强度 I(0) i0	104942000.00
分子量 molecular_weight	81436.0 kDa
排除体积 excluded_volume	101420 Å³
包络体积 envelope_volume	162070 Å³
水化壳体积 shell_volume	34580 Å³
包络直径 envelope_diameter	166.7 Å
壳层 Rg shell_rg	41.60 Å
包络 Rg envelope_rg	46.70 Å
形状 Rg shape_rg	43.56 Å
总 Rg total_rg	43.85 Å
总原子数 total_atoms	5749
残基数 n_residues	722
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	160.7 Å
Rg (实空间) rg_real	43.70 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.79 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0490e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.4810e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	42.86 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	104800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7277
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	34.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.771
峰度 Kurtosis kurtosis	0.042
角度范围 angular_range	— – 0.1850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	6600000.0000
实空间数据点数 n_real_points	38
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.471; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.407; Smooth: 0.635

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	16F9 VH
分子量 formula_weight	52536.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H
原子数 atom_count	5749

MGRLTSSFLLLIVPAYVLSEVQLQQSGPELVKPGASVKISCKASGYTFADYTMHWVKQSHGKSLEWIGYINPYSLFIDSNQKFKNKATLTVDNSSYTAYMELRSLTSEDSAVYYCARFPPYYGFDSHFDYWGQGTALTVSSAKTTPPSVYPLAPGCGDTTGSSVTLGCLVKGYFPESVTVTWNSGSLSSSVHTFPALLQSGLYTMSSSVTVPSSTWPSQTVTCSVAHPASSTTVDKKLEPSGPISTINPCPPCKECHKCPAPNLEGGPSVFIFPPNIKDVLMISLTPKVTCVVVDVSEDDPDVRISWFVNNVEVHTAQTQTHREDYNSTIRVVSALPIQHQDWMSGKEFKCKVNNKDLPSPIERTISKIKGLVRAPQVYILPPPAEQLSRKDVSLTCLVVGFNPGDISVEWTSNGHTEENYKDTAPVLDSDGSYFIYSKLDIKTSKWEKTDSFSCNVRHEGLKNYYLKKTISRSPGK

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	16F9 VL
分子量 formula_weight	25464.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

MGWSCIILFLVATATGVHSQIVLSQSPAILSASPGEKVTMTCRASSSVSYIYWYQQKPESSPKPWIYATSNLASGVPGRFSGSGSGTSYSLTISRVEAEDAATYYCQQWSYNPYTFGGGTKLEIRRADAAPTVSIFPPSSEQLTSGGASVVCFLNNFYPKDINVKWKIDGSERQNGVLNSWTDQDSKDSTYSMSSTLTLTKDEYERHNSYTCEATHKTSTSPIVKSFNRNEC

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	Virion glycoprotein B
分子量 formula_weight	98793.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

MRPRAGPLPLPSPLVPLLALALLAATRPLGPAAATPVVSPRASPAPPVPAATPTFPDDDNDGEAGAAPGAPGTNASVEAGHATLRENLRDIKALDGDATFYVCPPPTGATVVQFEQPRPCPRAPDGQNYTEGIAVIFKENIAPYKFKATMYYKDVTVSQVWFGHRYSQFMGIFEDRAPVPFEEVIDKINARGVCRSTAKYVRNNMESTAFHRDDDESDMKLKPAKAATRTSRGWHTTDLKYNPSRIEAFHRYGTTVNCIVEEVEARSVYPYDEFVLATGDFVYMSPFYGYRDGAHAEHTAYAADRFRQVDGYYERDLSTGRRASTPATRNLLTTPKFTVGWDWAPKRPSVCTLTKWQEVDEMLRAEYGPSFRFSSSALSTTFTTNRTEYALSRVDLGDCVGREAREAVDRIFLRRYNGTHVKVGQVQYYLATGGFLIAYQPLLSNALVELYVRELLREQERRPGDAAATPKPSADPPDVERIKTTSSVEFARLQFTYDHIQRHVNDMLGRIAIAWCELQNHELTLWNEARKLNPNAIASATVGRRVSARMLGDVMAVSTCVPVTPDNVIMQNSMRVPARPGTCYSRPLVSFRYEEGGPLVEGQLGEDNEIRLERDALEPCTVGHRRYFTFGAGYVYFEDYAYSHQLGRADVTTVSTFINLNLTMLEDHEFVPLEVYTRQEIKDSGLLDYTEVQRRNQLHALRFADIDTVIKADAHAALFAGLYSFFEGLGDVGRAVGKVVMGIVGGVVSAVSGVSSFLSNPFGALAVGLLVLAGLAAAFFAFRYVMRLQRNPMKALYPLTTKELKSDGPSPAGDGGDGASGGGEEDFDEAKLAQAREMIRYMALVSAMERTEHKARKKGTSALLSAKVTNMVMRKRAKPRYSPLGDTDEEEL

来源 Source

来源生物 organism	Cercopithecine herpesvirus 1
通用名 common_name	CeHV-1, Simian herpes B virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10325
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	2.18 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	109849

fit	/app/data/saxs_computation/jm/9jme/9jme.fit
pddf	/app/data/pr_computation/jm/9jme/9jme.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/jm/9jme/9jme.dat

Cryo-EM structure of BV gB and FAB 16F9 complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)