9jni

KCMF1 Zn-coordinating domains with RCKG peptide (Sulfonic Cysteine)

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 60.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9jni
沉积日期 deposition_date	2024-09-23
结构标题 title	KCMF1 Zn-coordinating domains with RCKG peptide (Sulfonic Cysteine)
关键词 keywords	Complex, ZZ-domain, C2H2 Zn-finger domain, KCMF1, Arg/N-degon pathway, PEPTIDE BINDING PROTEIN; PEPTIDE BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	17.30 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	16.91 Å
零角强度 I(0) i0	4672730.00
分子量 molecular_weight	13775.0 kDa
排除体积 excluded_volume	16373 Å³
包络体积 envelope_volume	19914 Å³
水化壳体积 shell_volume	11020 Å³
包络直径 envelope_diameter	59.5 Å
壳层 Rg shell_rg	20.94 Å
包络 Rg envelope_rg	17.00 Å
形状 Rg shape_rg	16.89 Å
总 Rg total_rg	17.64 Å
总原子数 total_atoms	1797
残基数 n_residues	123
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	60.8 Å
Rg (实空间) rg_real	17.45 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.42 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.6730e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.4370e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	17.43 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	4673000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8046
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	16.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.503
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.398
角度范围 angular_range	— – 0.4600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1161000.0000
实空间数据点数 n_real_points	77
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.617; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.618; Smooth: 0.987

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	E3 ubiquitin-protein ligase KCMF1
分子量 formula_weight	13539.1 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.2.27
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1830

SRHEGVSCDACLKGNFRGRRYKCLICYDYDLCASCYESGATTTRHTTDHPMQCIGGGGSFTCPYCGKMGYTETSLQEHVTSEHAETSTEVICPICAALPGGDPNHVTDDFAAHLTLEHRAPRDL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	ARG-OCS-LYS-GLY
分子量 formula_weight	512.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

RCKG

Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	33

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	97.592 Å
晶胞边长 b length_b	97.592 Å
晶胞边长 c length_c	97.592 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 43 3 2
空间群编号 int_tables_number	212
晶系 crystal_system	cubic

分辨率 resolution	1.920 Å
最低分辨率 resolution_low	29.430 Å
R 因子 r_factor	0.2005
R_work r_work	0.1974
R_free r_free	0.2293

fit	/app/data/saxs_computation/jn/9jni/9jni.fit
pddf	/app/data/pr_computation/jn/9jni/9jni.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/jn/9jni/9jni.dat

KCMF1 Zn-coordinating domains with RCKG peptide (Sulfonic Cysteine)

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 non-polymer

Entity 4 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)