9jox

Cryo-EM structure of the light-driven chloride ion-pumping rhodopsin, NM-R3

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 86.4 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9jox
沉积日期 deposition_date	2024-09-25
结构标题 title	Cryo-EM structure of the light-driven chloride ion-pumping rhodopsin, NM-R3
关键词 keywords	chloride ion-pumping rhodopsin RETINAL CELL-FREE SYNTHESIS Bacterial type rhodopsin, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	32.25 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.00 Å
零角强度 I(0) i0	276227000.00
分子量 molecular_weight	157500.0 kDa
排除体积 excluded_volume	207240 Å³
包络体积 envelope_volume	230660 Å³
水化壳体积 shell_volume	57577 Å³
包络直径 envelope_diameter	91.2 Å
壳层 Rg shell_rg	41.21 Å
包络 Rg envelope_rg	30.64 Å
形状 Rg shape_rg	31.01 Å
总 Rg total_rg	31.90 Å
总原子数 total_atoms	11079
残基数 n_residues	1315
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	86.4 Å
Rg (实空间) rg_real	31.91 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.32 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.7620e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.5720e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.06 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	276300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8729
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	44.1 Å
偏度 Skewness skewness	-0.042
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.557
角度范围 angular_range	— – 0.2450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	72740000.0000
实空间数据点数 n_real_points	50
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.987; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.987; Smooth: 0.395

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (10)

Entity 1 polymer

描述 description	Chloride pumping rhodopsin
分子量 formula_weight	30710.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E
原子数 atom_count	11229

GSSGSSGMKNIESLFDYSAGQFEFIDHLLTMGVGVHFAALIFFLVVSQFVAPKYRIATALSCIVMVSAGLILNSQAVMWTDAYAYVDGSYQLQDLTFSNGYRYVNWMATIPCLLLQLLIVLNLKGKELFSTATWLILAAWGMIITGYVGQLYEVDDIAQLMIWGAVSTAFFVVMNWIVGTKIFKNRATMLGGTDSTITKVFWLMMFAWTLYPIAYLVPAFMNNADGVVLRQLLFTIADISSKVIYGLMITYIAIQQSAAAGYVPAQQALGRIGMDSKAA

来源 Source

来源生物 organism	Nonlabens marinus S1-08
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1454201
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	RETINAL
分子量 formula_weight	284.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 3 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

Entity 4 non-polymer

描述 description	1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
分子量 formula_weight	790.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 5 non-polymer

描述 description	DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE
分子量 formula_weight	622.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 6 non-polymer

描述 description	DODECANE
分子量 formula_weight	170.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 7 non-polymer

描述 description	HEXADECANE
分子量 formula_weight	226.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 8 non-polymer

描述 description	Octadecane
分子量 formula_weight	254.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 9 non-polymer

描述 description	TETRADECANE
分子量 formula_weight	198.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 10 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	150

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	2.500 Å
R 因子 r_factor	0.2667
R_work r_work	0.2667
R_free r_free	—

分辨率 resolution	2.50 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	2081189

fit	/app/data/saxs_computation/jo/9jox/9jox.fit
pddf	/app/data/pr_computation/jo/9jox/9jox.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/jo/9jox/9jox.dat