9jpb

;Cryo-EM structure of a tri-heme cytochrome-associated RC-LH1 complex from a marine photoheterotrophic bacterium, purified with EDTA-containing solutions ;

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 133.0 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9jpb
沉积日期 deposition_date	2024-09-25
结构标题 title	;Cryo-EM structure of a tri-heme cytochrome-associated RC-LH1 complex from a marine photoheterotrophic bacterium, purified with EDTA-containing solutions ;
关键词 keywords	photosynthesis, reaction center, bacteria; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	46.26 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	45.59 Å
零角强度 I(0) i0	1374700000.00
分子量 molecular_weight	396880.0 kDa
排除体积 excluded_volume	530520 Å³
包络体积 envelope_volume	656180 Å³
水化壳体积 shell_volume	111540 Å³
包络直径 envelope_diameter	133.0 Å
壳层 Rg shell_rg	55.87 Å
包络 Rg envelope_rg	44.90 Å
形状 Rg shape_rg	45.61 Å
总 Rg total_rg	45.96 Å
总原子数 total_atoms	28258
残基数 n_residues	2863
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	133.0 Å
Rg (实空间) rg_real	45.87 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.92 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3750e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.4770e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	46.25 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1375000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8531
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	58.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.041
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.544
角度范围 angular_range	— – 0.1700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	173500000.0000
实空间数据点数 n_real_points	35
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.955; Stabil: 0.996; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.979; Smooth: 0.255

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (16)

Entity 1 polymer

描述 description	Antenna pigment protein alpha chain
分子量 formula_weight	6195.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	17

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P,V,S,T,Q,R,1,N,K,J,I,G,F,E,D,B,A
原子数 atom_count	28258

MSKFYKIWLIFDPRRVFVAQGVFLFLLAAMIHLVLLSTEHFNWFELAAANAAM

Entity 2 polymer

描述 description	Reaction center protein O chain
分子量 formula_weight	25206.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	O

MATQRKDMTCTITCWGIGVLLGIMTTVGLMVVGWSFLQGAFMGVLAWLIVGGVLAVAVCGETGRPKDNAEQIRAEMAAARERVRGATPGITPKPAPSVPADVRSKVQPSAALAGEAELAGRKGSWSYDSGAGHASGAGHDAGTDAAKPATLTAARDGKADDLKKIKGVGPKLEEMLHSMGFYHFDQVASWSEQELAWVDENLEGFKGRASRDEWVAQAKLLAQGGETEFSKRVDGGDVY

Entity 3 polymer

描述 description	Antenna pigment protein beta chain
分子量 formula_weight	5578.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	17

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	v,t,s,r,q,p,2,n,k,j,i,g,f,e,d,b,a

MADKSDLSFTGLTDEQAQELHSVYMSGLWLFSAVAVVAHLATFIWRPWF

Entity 4 polymer

描述 description	Reaction center protein M chain
分子量 formula_weight	37583.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

MPEYQNIFTQVQVQGPAELGVDNENNLTEERTTGTGFSQLIGWIGNAQLGPIYLGWFGIISLVTGTLWFNIVGFNMLSQVGYSIPEFIRQLFWLALEPPSPEYGLRMPPLDDGGWFIIASFFLLVSVISWWLRSYQLAEMHKMGKHVAWAFAAAIWLFLVLGLFRPILMGSWSEAVPYGIFPHLDWTTAFSIRYGNLYYNPFHALSIVFLYGSVLLFAMHGATILAVTRFGGDRELEQIYDRGTASERAGLFWRWTMGFNATMEGIHRWAWWFAVLTPITGGIGILLTGTVVDNWFLWAVEHNFAPDYTQDYGYEAYTTYDGFLGREEGN

Entity 5 polymer

描述 description	Reaction center protein L chain
分子量 formula_weight	31197.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

MALLSFERKYRVRGGTLIGGDLFDFWVGPFYVGFFGVTTAFFALLGTILIFWGASQQGTFNPWLINIAPPDLSYGLGMAPLMEGGLWQIITICAIGAFVSWALREVEICRKLGMGYHVPFAFSVAIFAYVTLVVFRPLLMGAWGHGFPYGIWSHLDWVSNTGYAYLHFHYNPAHMIAVTFFFTTTLALALHGALVLSAANPPKGEEVKGPDNEDTFFRDFIGYSIGTLGIHRVGLLLALNAGFWSAVCIIISGPVWTKGWPEWWNWWLEMPIWPSQVDC

Entity 6 polymer

描述 description	Reaction center protein H chain
分子量 formula_weight	28739.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MEETFFGNFDLASLSLWLFYGFFALLIYYLQTENMREGYPLEDDDGNTAANQGPFPLPKEKTFKLQHGRGELTLPGEDVQRRDNLALRKTAHGNGFPMEPTGDPMLDGVGPASWSKRRDVPELDAHGHPKIVPMSAAEGFGVSAGTDPRGLPVMAGDGEIVGLVSDMWIDEAEQLVRYLEIELDPEWGDGKRLVQREMVRIKSDRVKVRSIYGKHFKNVPKTKSPNQVTLLEEDKIMAYYAGGTLYADESRLEPQL

Entity 7 polymer

描述 description	Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit
分子量 formula_weight	39977.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MLPKWFDEWNSKNPTDIYKPAIVVGVAGGAVFAAALLVSWGQPLATDSMQTGPRGTGMSVPEFVSDLDTPDPTIEVFLASTSDPVIPEEGAQTAGEAYENVDPVLADLTVENYDRLLAAMRSWTGIPDLLEDPDHYQSKVAINMIQMNQTINEEWAGHVYANAEVGVTCFTCHRGQAVPSEVWYRIDPVTENTSGWASVQNRATSLSQFTSLPSDALYQYLLNYEQIAVHDLESRVETLPGDPTWQNTERTYSLMNYFSNSLGRNCVFCHNSRAFYDPAQHTPQWATAMLGISMVQELNNEWIVPIGEAHLPPERLGPVYNDVPKLACKTCHKGYQQPLQGLNVVADWPELATTEGPFYD

Entity 8 non-polymer

描述 description	BACTERIOCHLOROPHYLL A
分子量 formula_weight	911.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	38

Entity 9 non-polymer

描述 description	SPEROIDENONE
分子量 formula_weight	595.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	35

Entity 10 non-polymer

描述 description	(21R,24R,27S)-24,27,28-trihydroxy-18,24-dioxo-19,23,25-trioxa-24lambda~5~-phosphaoctacosan-21-yl (9Z)-octadec-9-enoate
分子量 formula_weight	777.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

Entity 11 non-polymer

描述 description	DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
分子量 formula_weight	510.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 12 non-polymer

描述 description	FE (III) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 13 non-polymer

描述 description	BACTERIOPHEOPHYTIN A
分子量 formula_weight	889.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 14 non-polymer

描述 description	UBIQUINONE-10
分子量 formula_weight	863.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 15 non-polymer

描述 description	CARDIOLIPIN
分子量 formula_weight	1464.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 16 non-polymer

描述 description	HEME C
分子量 formula_weight	618.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	2.80 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	230375

fit	/app/data/saxs_computation/jp/9jpb/9jpb.fit
pddf	/app/data/pr_computation/jp/9jpb/9jpb.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/jp/9jpb/9jpb.dat

;Cryo-EM structure of a tri-heme cytochrome-associated RC-LH1 complex from a marine photoheterotrophic bacterium, purified with EDTA-containing solutions ;

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (16)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

Entity 8 non-polymer

Entity 9 non-polymer

Entity 10 non-polymer

Entity 11 non-polymer

Entity 12 non-polymer

Entity 13 non-polymer

Entity 14 non-polymer

Entity 15 non-polymer

Entity 16 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)