9jqa

;Cryo-EM Structure of Fructose Dehydrogenase Variant from Gluconobacter japonicus Truncating Heme 1c and C-Terminal Hydrophobic Regions ;

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 98.9 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9jqa
沉积日期 deposition_date	2024-09-27
最后修订 last_revision	2025-08-06
结构标题 title	;Cryo-EM Structure of Fructose Dehydrogenase Variant from Gluconobacter japonicus Truncating Heme 1c and C-Terminal Hydrophobic Regions ;
关键词 keywords	Complex, OXIDOREDUCTASE Membrane-bound protein, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.65 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.10 Å
零角强度 I(0) i0	187420000.00
分子量 molecular_weight	105820.0 kDa
排除体积 excluded_volume	130670 Å³
包络体积 envelope_volume	151600 Å³
水化壳体积 shell_volume	41526 Å³
包络直径 envelope_diameter	103.6 Å
壳层 Rg shell_rg	37.59 Å
包络 Rg envelope_rg	30.66 Å
形状 Rg shape_rg	30.15 Å
总 Rg total_rg	30.52 Å
总原子数 total_atoms	7431
残基数 n_residues	946
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	98.9 Å
Rg (实空间) rg_real	30.61 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.55 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.8740e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.7380e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.63 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	187400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8988
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	34.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.296
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.479
角度范围 angular_range	— – 0.2600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	66040000.0000
实空间数据点数 n_real_points	53
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.910; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.957

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Fructose dehydrogenase large subunit
分子量 formula_weight	59798.3 kDa
EC 编号 ec_number	1.1.99.11
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	7431

MSNETLSADVVIIGAGICGSLLAHKLVRNGLSVLLLDAGPRRDRSQIVENWRNMPPDNKSQYDYATPYPSVPWAPHTNYFPDNNYLIVKGPDRTAYKQGIIKGVGGTTWHWAASSWRYLPNDFKLHSTYGVGRDYAMSYDELEPYYYEAECEMGVMGPNGEEITPSAPRQNPWPMTSMPYGYGDRTFTEIVSKLGFSNTPVPQARNSRPYDGRPQCCGNNNCMPICPIGAMYNGVYAAIKAEKLGAKIIPNAVVYAMETDAKNRITAISFYDPDKQSHRVVAKTFVIAANGIETPKLLLLAANDRNPHGIANSSDLVGRNMMDHPGIGMSFQSAEPIWAGGGSVQMSSITNFRDGDFRSEYAATQIGYNNTAQNSRAGMKALSMGLVGKKLDEEIRRRTAHGVDIYANHEVLPDPNNRLVLSKDYKDALGIPHPEVTYDVGEYVRKSAAISRQRLMDIAKAMGGTEIEMTPYFTPNNHITGGTIMGHDPRDSVVDKWLRTHDHSNLFLATGATMAASGTVNSTLTMAALSLRAADAILNDLKQG

来源 Source

来源生物 organism	Gluconobacter japonicus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	376620
宿主生物 host_organism	Gluconobacter oxydans

Entity 2 polymer

描述 description	Fructose dehydrogenase small subunit
分子量 formula_weight	20106.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MEKIADSGPVQIFLSRRKLLAFSGASLTVAAIGAPSKGSTQDVVASNRDSISDFMQLSAFATGHKNLDLNIGSALLLAFEAQKHDFSTQIKALREHITKNNYQDVEALDAAMKDDPLHPTLIQIIRAWYSGVIEDETNAKVYAFEKALMYQPSRDVVVIPTYAHNGPNYWVSEPASVDVMPAF

来源 Source

来源生物 organism	Gluconobacter japonicus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	376620
宿主生物 host_organism	Gluconobacter oxydans

Entity 3 polymer

描述 description	Fructose dehydrogenase cytochrome subunit
分子量 formula_weight	34431.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MRYFRPLSATAMTTVLLLAGTNVRAQAARIEGKPYVFDHTHNDDWNRGRYLVDELAHCGECHTPRNFLLAPNQSAYLAGADIGSWRAPNITNAPQSGIGSWSDQDLFQYLKTGKTAHARAAGPMAEAIEHSLQYLPDADISAIVTYLRSVPAKAESGQTVANFEHAGRPSSYSVANANSRRSNSTLTKTTDGAALYEAVCASCHQSDGKGSKDGYYPSLVGNTTTGQLNPNDLIASILYGVDRTTDNHEILMPAFGPDSLVQPLTDEQIATIADYVLSHFGNAQATVSADAVKQVRAGGKQVPLAKLASPLISRRKKRSA

来源 Source

来源生物 organism	Gluconobacter japonicus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	376620
宿主生物 host_organism	Gluconobacter oxydans

Entity 4 non-polymer

描述 description	FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	785.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	FE3-S4 CLUSTER
分子量 formula_weight	295.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	HEME C
分子量 formula_weight	618.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.15 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	1703212

fit	/app/data/saxs_computation/jq/9jqa/9jqa.fit
pddf	/app/data/pr_computation/jq/9jqa/9jqa.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/jq/9jqa/9jqa.dat

;Cryo-EM Structure of Fructose Dehydrogenase Variant from Gluconobacter japonicus Truncating Heme 1c and C-Terminal Hydrophobic Regions ;

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)