SAXSdb — 9jqx

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9jqx
沉积日期 deposition_date	2024-09-28
结构标题 title	CGP54626-bound-DGABAB
关键词 keywords	COMPLEX, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	47.83 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	48.67 Å
零角强度 I(0) i0	316411000.00
分子量 molecular_weight	152840.0 kDa
排除体积 excluded_volume	193510 Å³
包络体积 envelope_volume	275950 Å³
水化壳体积 shell_volume	49094 Å³
包络直径 envelope_diameter	160.7 Å
壳层 Rg shell_rg	50.16 Å
包络 Rg envelope_rg	47.26 Å
形状 Rg shape_rg	48.68 Å
总 Rg total_rg	48.72 Å
总原子数 total_atoms	10769
残基数 n_residues	1356
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	150.9 Å
Rg (实空间) rg_real	48.29 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.28 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.1640e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.4250e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	47.84 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	316200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8139
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	45.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.403
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.664
角度范围 angular_range	— – 0.1650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	12650000.0000
实空间数据点数 n_real_points	34
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.902; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.855; Smooth: 0.016

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Metabotropic GABA-B receptor subtype 1
分子量 formula_weight	79778.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	10769

ELHIGGIFPIAGKGGWQGGQACMPATRLALDDVNKQPNLLPGFKLILHSNDSECEPGLGASVMYNLLYNKPQKLMLLAGCSTVCTTVAEAAKMWNLIVLCYGASSPALSDRKRFPTLFRTHPSATVHNPTRIKLMKKFGWSRVAILQQAEEVFISTVEDLENRCMEAGVEIVTRQSFLSDPTDAVRNLRRQDARIIVGLFYVVAARRVLCEMYKQQLYGRAHVWFFIGWYEDNWYEVNLKAEGITCTVEQMRIAAEGHLTTEALMWNQNNQTTISGMTAEEFRHRLNQALIEEGYDINHDRYPEGYQEAPLAYDAVWSVALAFNKTMERLTTGKKSLRDFTYTDKEIADEIYAAMNSTQFLGVSGVVAFSSQGDRIALTQIEQMIDGKYEKLGYYDTQLDNLSWLNTEQWIGGKVPQDRTIVTHVLRTVSLPLFVCMCTISSCGIFVAFALIIFNIWNKHRRVIQSSHPVCNTIMLFGVIICLISVILLGIDGRFVSPEEYPKICQARAWLLSTGFTLAYGAMFSKVWRVHRFTTKAKTDPKKKVEPWKLYTMVSGLLSIDLVILLSWQIFDPLQRYLETFPLEDPVSTTDDIKIRPELEHCESQRNSMWLGLVYGFKGLILVFGLFLAYETRSIKVKQINDSRYVGMSIYNVVVLCLITAPVGMVIASQQDASFAFVALAVIFCCFLSMLLIFVPKVIEVIRH

来源 Source

来源生物 organism	Drosophila melanogaster
通用名 common_name	fruit fly
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7227
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 2
分子量 formula_weight	87493.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

RTAKRSDVYIAGFFPYGDGVENSYTGRGVMPSVKLALGHVNEHGKILANYRLHMWWNDTQCNAAVGVKSFFDMMHSGPNKVMLFGAACTHVTDPIAKASKHWHLTQLSYADTHPMFTKDAFPNFFRVVPSENAFNAPRLALLKEFNWTRVGTVYQNEPRYSLPHNHMVADLDAMEVEVVETQSFVNDVAESLKKLREKDVRIILGNFNEHFARKAFCEAYKLDMYGRAYQWLIMATYSTDWWNVTQDSECSVEEIATALEGAILVDLLPLSTSGDITVAGITADEYLVEYDRLRGTEYSRFHGYTYDGIWAAALAIQYVAEKREDLLTHFDYRVKDWESVFLEALRNTSFEGVTGPVRFYNNERKANILINQFQLGQMEKIGEYHSQKSHLDLSLGKPVKWVGKTPPKDRTLIYIEHSQVNPTIYIVSASASVIGVIIATVFLAFNIKYRNQRYIKMSSPHLNNLIIVGCMITYLSIIFLGLDTTLSSVAAFPYICTARAWILMAGFSLSFGAMFSKTWRVHSIFTDLKLNKKVIKDYQLFMVVGVLLAIDIAIITTWQIADPFYRETKQLEPLHHENIDDVLVIPENEYCQSEHMTIFVSIIYAYKGLLLVFGAFLAWETRHVSIPALNDSKHIGFSVYNVFITCLAGAAISLVLSDRKDLVFVLLSFFIIFCTTATLCLVFVPKLVELKRNPQGVVDKRVRATLRPMSKNGRRDSSVCELEQRLRDVKNTNCRFRKALMEKENELQALIRKLGPEARKWIDGVTC

来源 Source

来源生物 organism	Drosophila melanogaster
通用名 common_name	fruit fly
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7227
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 non-polymer

描述 description	(R)-(cyclohexylmethyl)[(2S)-3-{[(1S)-1-(3,4-dichlorophenyl)ethyl]amino}-2-hydroxypropyl]phosphinic acid
分子量 formula_weight	408.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	3.610 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	3.61 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	36119

fit	/app/data/saxs_computation/jq/9jqx/9jqx.fit
pddf	/app/data/pr_computation/jq/9jqx/9jqx.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/jq/9jqx/9jqx.dat

CGP54626-bound-DGABAB

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)