9jr5

Crystal structure of PCoV-GD receptor-binding domain complexed with squirrel ACE2

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 102.1 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9jr5
沉积日期 deposition_date	2024-09-29
结构标题 title	Crystal structure of PCoV-GD receptor-binding domain complexed with squirrel ACE2
关键词 keywords	PCoV-GD, receptor-binding domain, squirrel ACE2, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.91 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.41 Å
零角强度 I(0) i0	131370000.00
分子量 molecular_weight	90891.0 kDa
排除体积 excluded_volume	113460 Å³
包络体积 envelope_volume	144880 Å³
水化壳体积 shell_volume	40277 Å³
包络直径 envelope_diameter	106.9 Å
壳层 Rg shell_rg	37.23 Å
包络 Rg envelope_rg	30.33 Å
形状 Rg shape_rg	30.38 Å
总 Rg total_rg	31.09 Å
总原子数 total_atoms	6408
残基数 n_residues	773
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	102.1 Å
Rg (实空间) rg_real	30.94 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.75 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3140e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.8730e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.93 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	131400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8672
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	38.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.446
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.053
角度范围 angular_range	— – 0.2550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	35290000.0000
实空间数据点数 n_real_points	52
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.816; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.832

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Spike glycoprotein
分子量 formula_weight	20927.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E
原子数 atom_count	6408

TNLCTFGEVFNATTFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNSTSFSTFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVVRGDEVRQIAPGQTGRIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNNLDSKVGGNYNYLYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGSTPCNGVEGFNCYFPLQSYGFHPTNGVGYQPYRVVVLSFEL

来源 Source

来源生物 organism	Pangolin coronavirus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2708335
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 2 polymer

描述 description	Angiotensin-converting enzyme
分子量 formula_weight	69695.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

PSTIEELAKTFLDKFNQEAEDLDHQRSLAAWNYNTNITKENTEKMNEAEAKWSAFYEEQSKLAKDYPLQEIQNFTLKRQLQALQQSGSSALSANKREQLNTILNTMSTIYSTGKVCNPKKPQECLLLEPGLDEIMANSTDYSERLWVWEGWRSEVGKQLRPLYEEYVVLKNEMARANNYEDYGDYWRGDYEAEGADGYGYNRNQLIEDVERTFAEIKPLYEHLHAYVRAKLMNTYPSYISPTGCLPAHLLGDMWGRFWTNLYSLTVPFPEKPNIDVTDAMINQNWNAVRIFKEAEKFFVSVGLPNMTQGFWENSMLTEPTDGRKVVCHPTAWDLQKGDFRIKMCTKVTMDNFLTAHHEMGHIQYDMAYAMQPYLLRNGANEGFHEAVGEIMSLSASTPKHLKSIGLLPSDFREDNETEINFLLKQALTIVGTLPFTYMLEKWRWMVFKGEIPKDQWMKKWWEMKREIVGVMEPVPHDETYCDPAALYHVSNDFSFIRYYTRTIYQFQFQEALCQAAKHEGPLHKCDISNSTEAGQKLLNMLRLGKSKPWTLALENVVGARNMDVRPLLNYFEPLFGWLKDQNRNSFVGWNTDWSPYTD

来源 Source

来源生物 organism	Petaurus norfolcensis
通用名 common_name	squirrel glider
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	122272
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 3 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 branched

描述 description	beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	586.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	195.143 Å
晶胞边长 b length_b	195.143 Å
晶胞边长 c length_c	145.470 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	I 41 2 2
空间群编号 int_tables_number	98
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.414 Å
最低分辨率 resolution_low	48.786 Å
R 因子 r_factor	0.2217
R_work r_work	0.2185
R_free r_free	0.2821

fit	/app/data/saxs_computation/jr/9jr5/9jr5.fit
pddf	/app/data/pr_computation/jr/9jr5/9jr5.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/jr/9jr5/9jr5.dat

Crystal structure of PCoV-GD receptor-binding domain complexed with squirrel ACE2

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 branched

Entity 4 branched

Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)