9jry

Crystal structure of FiDCB, a dual-cysteine cyanobacterial phytochrome of Fischerella sp. PCC 9605

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 104.4 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9jry
沉积日期 deposition_date	2024-09-29
结构标题 title	Crystal structure of FiDCB, a dual-cysteine cyanobacterial phytochrome of Fischerella sp. PCC 9605
关键词 keywords	Cyanobacteria, Dual-Cysteine Bacteriophytochrome, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	34.00 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	33.37 Å
零角强度 I(0) i0	160017000.00
分子量 molecular_weight	105180.0 kDa
排除体积 excluded_volume	133340 Å³
包络体积 envelope_volume	170640 Å³
水化壳体积 shell_volume	42783 Å³
包络直径 envelope_diameter	106.8 Å
壳层 Rg shell_rg	40.08 Å
包络 Rg envelope_rg	32.79 Å
形状 Rg shape_rg	33.37 Å
总 Rg total_rg	33.91 Å
总原子数 total_atoms	7430
残基数 n_residues	914
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	104.4 Å
Rg (实空间) rg_real	33.86 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.73 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.6000e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.5430e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	33.95 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	160000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9117
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	44.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.093
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.672
角度范围 angular_range	— – 0.2350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	31640000.0000
实空间数据点数 n_real_points	48
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.965; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.953

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

描述 description	FiDCB
分子量 formula_weight	59569.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	7430

MNTNKNDTAFTVDLTNCDKEPIHIPGFVQPHGVLLAIKEPELTILQVSNNTYNCLGFHPEELLNQPLRKLLESEQIDFLNDCLTQEDIQIVNPVEFTIKTFQEPIIFDGIIHRSNGVVILELEPAILEKNNNYFRFYHLVKLAIGKLQSTKTVTEISQIIVTEVRRITGFDRVMFYRFDRDWNGIVIAEDKQEHLPSYLDLHYPASDIPTPARKLYSQNWLRLIPDADYQAAAIVPTNNPLTDEPLDLSGSVLRSVSPCHIEYLHNMGVKASMSISIIKNNKLWGLIACHHQTPKYVPYEIRHACEFLGQVTSLEIATKEDNEDSESKIEIKSVLAKLVEYMSAEKSFIDGLINKQPNILNLVNAQGAAICFNKELYLLGNTPEKQDIQNLLLWIHNNIDEDIFYTDSLSQVYPEAEKFKDVASGLIALSISKTQNKYVLWFRPEEVQTVNWGGNPNQPVEVSENGGLHLSPRKSFELWKEIVRLKSLPWKSYEVNAAAELRGAIITVVLRKIDEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Fischerella sp. PCC 9605
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1173024
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	;3-[5-[(Z)-(4-ethenyl-3-methyl-5-oxidanylidene-pyrrol-2-ylidene)methyl]-2-[[5-[(Z)-(3-ethenyl-4-methyl-5-oxidanylidene-pyrrol-2-ylidene)methyl]-3-(3-hydroxy-3-oxopropyl)-4-methyl-1H-pyrrol-2-yl]methyl]-4-methyl-1H-pyrrol-3-yl]propanoic acid ;
分子量 formula_weight	584.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	104.551 Å
晶胞边长 b length_b	147.131 Å
晶胞边长 c length_c	88.076 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	99.14 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	3.350 Å
最低分辨率 resolution_low	37.430 Å
R 因子 r_factor	0.2816
R_work r_work	0.2799
R_free r_free	0.2968

fit	/app/data/saxs_computation/jr/9jry/9jry.fit
pddf	/app/data/pr_computation/jr/9jry/9jry.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/jr/9jry/9jry.dat

Crystal structure of FiDCB, a dual-cysteine cyanobacterial phytochrome of Fischerella sp. PCC 9605

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)