9jsg

Clostridium perfringens iota toxin pore Ib in pore state

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 98.2 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9jsg
沉积日期 deposition_date	2024-09-30
结构标题 title	Clostridium perfringens iota toxin pore Ib in pore state
关键词 keywords	Toxin, Prepore, Pre-pore, Pore, Translocation; TOXIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	39.32 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	41.28 Å
零角强度 I(0) i0	53693600.00
分子量 molecular_weight	57810.0 kDa
排除体积 excluded_volume	72233 Å³
包络体积 envelope_volume	121480 Å³
水化壳体积 shell_volume	28537 Å³
包络直径 envelope_diameter	177.8 Å
壳层 Rg shell_rg	37.70 Å
包络 Rg envelope_rg	52.31 Å
形状 Rg shape_rg	41.33 Å
总 Rg total_rg	40.82 Å
总原子数 total_atoms	4077
残基数 n_residues	530
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	98.2 Å
Rg (实空间) rg_real	31.73 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.38 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.9110e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.3750e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	40.37 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	53590000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6166
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	31.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.519
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.155
角度范围 angular_range	— – 0.2000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.5306
最高正则化参数 α highest_alpha	3474000.0000
实空间数据点数 n_real_points	41
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.030; Oscil: 0.939; Stabil: 0.988; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.962; Smooth: 0.001

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

描述 description	Iota toxin component Ib
分子量 formula_weight	76638.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4077

NNFFDVRFFSAAWEDEDLDTDNDNIPDAYEKNGYTIKDSIAVKWNDSFAEQGYKKYVSSYLESNTAGDPYTDYQKASGSIDKAIKLEARDPLVAAYPVVGVGMENLIISTNEHASSDQGKTVSRATTNSKTDANTVGVSISAGYQNGFTGNITTSYSHTTDNSTAVQDSNGESWNTGLSINKGESAYINANVRYYNTGTAPMYKVTPTTNLVLDGETLATIKAQDNQIGNNLSPNETYPKKGLSPLALNTMDQFNARLIPINYDQLKKLDSGKQIKLETTQVSGNYGTKNSQGQIITEGNSWSNYISQIDSVSASIILDTGSQTFERRVAAKEQGNPEDKTPEITIGEAIKKAFSATKNGELLYFNGIPIDESCVELIFDDNTSEIIKEQLKYLDDKKIYNVKLERGMNILIKVPSYFTNFDEYNNFPASWSNIDTKNQDGLQSVANKLSGETKIIIPMSKLKPYKRYVFSGYSKDPSTSNSITVNIKSKEQKTDYLVPEKDYTKFSYEFETTGKDSSDIEITLTSSGVIFLDNLSITELNSTPEILKEPEIKVPSDQEILDAHNKYYADIKLDTNTGNTYIDGIYFEPTQTNKEALDYIQKYRVEATLQYSGFKDIGTKDKEIRNYLGDQNQPKTNYINFRSYFTSGENVMTYKKLRIYAVTPDNRELLVLSVNLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Clostridium perfringens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1502
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

▶

7. 引用文献 (1)

▶

分辨率 resolution	2.47 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	161249

fit	/app/data/saxs_computation/js/9jsg/9jsg.fit
pddf	/app/data/pr_computation/js/9jsg/9jsg.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/js/9jsg/9jsg.dat