9jso

Clostridium perfringens iota toxin pore Ib in prepore VIII state

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 82.4 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9jso
沉积日期 deposition_date	2024-09-30
结构标题 title	Clostridium perfringens iota toxin pore Ib in prepore VIII state
关键词 keywords	Toxin, Prepore, Pre-pore, Pore, Translocation; TOXIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	27.25 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	26.20 Å
零角强度 I(0) i0	40283300.00
分子量 molecular_weight	49860.0 kDa
排除体积 excluded_volume	62730 Å³
包络体积 envelope_volume	82600 Å³
水化壳体积 shell_volume	27017 Å³
包络直径 envelope_diameter	84.1 Å
壳层 Rg shell_rg	32.86 Å
包络 Rg envelope_rg	25.98 Å
形状 Rg shape_rg	26.18 Å
总 Rg total_rg	27.03 Å
总原子数 total_atoms	3517
残基数 n_residues	453
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	82.4 Å
Rg (实空间) rg_real	27.17 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.48 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.0280e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.3190e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	27.20 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	40280000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9155
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	32.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.171
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.666
角度范围 angular_range	— – 0.2900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5868000.0000
实空间数据点数 n_real_points	59
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.980; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.960

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

描述 description	Iota toxin component Ib
分子量 formula_weight	76638.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3517

NNFFDVRFFSAAWEDEDLDTDNDNIPDAYEKNGYTIKDSIAVKWNDSFAEQGYKKYVSSYLESNTAGDPYTDYQKASGSIDKAIKLEARDPLVAAYPVVGVGMENLIISTNEHASSDQGKTVSRATTNSKTDANTVGVSISAGYQNGFTGNITTSYSHTTDNSTAVQDSNGESWNTGLSINKGESAYINANVRYYNTGTAPMYKVTPTTNLVLDGETLATIKAQDNQIGNNLSPNETYPKKGLSPLALNTMDQFNARLIPINYDQLKKLDSGKQIKLETTQVSGNYGTKNSQGQIITEGNSWSNYISQIDSVSASIILDTGSQTFERRVAAKEQGNPEDKTPEITIGEAIKKAFSATKNGELLYFNGIPIDESCVELIFDDNTSEIIKEQLKYLDDKKIYNVKLERGMNILIKVPSYFTNFDEYNNFPASWSNIDTKNQDGLQSVANKLSGETKIIIPMSKLKPYKRYVFSGYSKDPSTSNSITVNIKSKEQKTDYLVPEKDYTKFSYEFETTGKDSSDIEITLTSSGVIFLDNLSITELNSTPEILKEPEIKVPSDQEILDAHNKYYADIKLDTNTGNTYIDGIYFEPTQTNKEALDYIQKYRVEATLQYSGFKDIGTKDKEIRNYLGDQNQPKTNYINFRSYFTSGENVMTYKKLRIYAVTPDNRELLVLSVNLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Clostridium perfringens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1502
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

▶

7. 引用文献 (1)

▶

分辨率 resolution	2.90 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	17097

fit	/app/data/saxs_computation/js/9jso/9jso.fit
pddf	/app/data/pr_computation/js/9jso/9jso.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/js/9jso/9jso.dat