SAXSdb — 9jwn

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9jwn
沉积日期 deposition_date	2024-10-10
结构标题 title	Cryo-EM structure of FrCas9 in complex with sgRNA and 43-bp dsDNA substrate
关键词 keywords	FrCas9, high fidelity, off-target, nuclease protein, complex, HYDROLASE, DNA-RNA-HYDROLASE complex; DNA/RNA/HYDROLASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	37.79 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	37.36 Å
零角强度 I(0) i0	628796000.00
分子量 molecular_weight	171820.0 kDa
排除体积 excluded_volume	201060 Å³
包络体积 envelope_volume	285050 Å³
水化壳体积 shell_volume	61363 Å³
包络直径 envelope_diameter	132.2 Å
壳层 Rg shell_rg	45.32 Å
包络 Rg envelope_rg	36.87 Å
形状 Rg shape_rg	37.34 Å
总 Rg total_rg	37.83 Å
总原子数 total_atoms	11891
残基数 n_residues	1215
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	122.8 Å
Rg (实空间) rg_real	37.63 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.03 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.2880e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1750e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	37.73 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	628900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8935
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	46.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.215
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.425
角度范围 angular_range	— – 0.2100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	55790000.0000
实空间数据点数 n_real_points	43
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.892; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.989; Smooth: 0.946

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	DNA (13-mer)
分子量 formula_weight	3996.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D
原子数 atom_count	11895

TGTGTATATTGCA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	RNA (125-mer)
分子量 formula_weight	40071.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	B

UGCAAGACAUAGAAAUAACCUGGUUUGAGUGUCUUGUUAAUUGAAAAAUUAACAAGAUGAGUUCAAAUCAGGCUCCUAGAGAGAUCCGAACUUACCUUCAUGGCGGGCAUUGUGCCCUUUUUUUU

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Faecalibaculum rodentium

Entity 3 polymer

描述 description	DNA (43-mer)
分子量 formula_weight	13269.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C

TGCAATATACACAGGTTATTTCTATGTCTTGCAGTGAAGTGTT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 polymer

描述 description	CRISPR-associated endonuclease Cas9
分子量 formula_weight	159661.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.-.-
突变 mutation	H877A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

MCTKESEKLNKNADYYIGLDMGTSSAGWAVSDSEYNLIRRKGKDLWGVRQFEEAKTAAERRGFRVARRRKQRQQVRNRLLSEEFQNEITKIDSGFLKRMEDSRFVISDKRVPEKYTLFNDSGYTDVEYYNQYPTIYHLRKALIESNERFDIRLVFLGIHSLFQHPGHFLDKGDVDTDNTGPEELIQFLEDCMNEIQISIPLVSNQKVLTDILTDSRITRRDKEQQILEILQPNKESKKAVSQFVKVLTGQKAKLGDLIMMEDKDTEEYKYSFSFREKTLEEILPDIEGVIDGLALEYIESIYSLYSWSLLNSYMKDTLTGHYYSYLAEARVAAYDKHHSDLVKLKTLFREYIPEEYDNFFRKMEKANYSHYIGSTEYDGEKRCRTAKAKQEDFYKSINKMLEKIPECSEKTEIQKEIIEGTFLLKQTGPQNGFVPNQLQLKELRKILQNASKHYPFLTEKDERDMTAIDRIEALFSFRIPYYIGPLKNTDNQGHGWAVRRDGHEQIPVRPWNFEEIIDESASADLFIKNLVNSCTYLRTEKVLPKSSLLYQEFEVLNELNNLRINGMYPDEIQPGLKRMIFEQCFYSGKKVTGKKLQLFLRSVLTNSSTEEFVLTGIDKDFKSSLSSYKKFCELFGVKTLNDTQKVMAEQIIEWSTVYGDSRKFLKRKLEDNYPELTDQQIRRIAGFKFSEWGNLSRAFLEMEGYKDEAGNPVTIIRALRDTQKNLMQLLSNDSAFAKKLQELNDYVTRDIWSIEPDDLDGMYLSAPVRRMIWQTFLILREVVDTIGYSPKKIFMEMARGEQEKKRTASRKKQLIDLYKEAGMKNDELFGDLESLEEAQLRSKKLYLYFRQMGRDIYSGKLIDFMDVLHGNRYDIDAIHPQSKKKDDSLENNLVLTSKDFNNHIKQDVYPIPEQIQSRQKGFWAMLLKQGFMSQEKYNRLMRTTPFTDEELAEFVNRQLVETRQGTKAIISLINQCFPDSEVVYVKAGNTSDFRQRFDIPKSRDLNNYHHAVDAYLNIVVGNVYDTKFTKNPINFIKKMRKSGNLHSYSLRRMYDFNVQRGDQTAWVAENDTTLKTVKKTAFKTSPMVTKRTYERKGGLADSVLIAAKKAKPGVHLPVKTSDSRFANQVSTYGGYDNVKGSHFFLVEHQQKKKTIRSIENVPIHLKEKLKTKEELEHYCAQVLGMVQPDVRLTRIPMYSLLLIDGYYYYLTGRTGGNLSLSNAVELCLPAKEQAHIRMISKIAGGRSTDALSAEAKDDFRKKNLRLYDELAEKHRSTIFSKRKNPIGPKLLKYREAFVKQTIENQCKVILQILKLTSTNCKTSADLKLIGGSGQEGVMSISKLLRAEKYAEFYLICQSPSGIYETRKNLLTI

来源 Source

来源生物 organism	Faecalibaculum rodentium
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1702221
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.89 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	684922

fit	/app/data/saxs_computation/jw/9jwn/9jwn.fit
pddf	/app/data/pr_computation/jw/9jwn/9jwn.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/jw/9jwn/9jwn.dat

Cryo-EM structure of FrCas9 in complex with sgRNA and 43-bp dsDNA substrate

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)